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标题: 重要的新的图形化研究弱相互作用方法IGMH的介绍文章已经在ChemRxiv上发布！ [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 14:49
标题: 重要的新的图形化研究弱相互作用方法IGMH的介绍文章已经在ChemRxiv上发布！
后记：此文已经正式发表在J. Comput. Chem., 43, 539 (2022)，见DOI: 10.1002/jcc.26812
(, 下载次数 Times of downloads: 211)

笔者对IGMH专门写了个很详细的文章，务必一读：《使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用》（http://sobereva.com/621）

IGM已经被Multiwfn用户广泛用于图形化考察弱相互作用，见《使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用》（http://sobereva.com/588）和《通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用》（http://sobereva.com/407）。

我于2020年提出了IGM的变体IGMH（基于Hirshfeld分子密度划分的IGM方法），并实现在了Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）当中。最近我终于找时间写完了非常详细的IGMH方法的介绍文章（ Independent gradient model based on Hirshfeld partition (IGMH): A new method for visual study of interactions in chemical systems）并发在了ChemRxiv预印本网站上，链接为：https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/619e3e807c89166dba431bd0。里面包含非常详细的背景知识介绍，并给出了十几个例子，充分展现了IGMH实际价值，也充分体现了相对于IGM、NCI方法的优点。
同时我还写了40页的非常详细的使用Multiwfn做IGMH分析的教程：http://sobereva.com/multiwfn/res/IGMH_tutorial.zip
非常欢迎大家查看！

IGMH比IGM的关键好处是图像效果理想得多。IGM的等值面过于肥厚，这往往导致等值面上的颜色不合理，既难看又往往造成对相互作用本质的误判。而且IGM是基于准分子密度的，物理意义不严格，特别是在展现化学键作用的时候可能有严重误导性。上面提到的我的论文里对二者的差异做了充分的说明和展示。

IGM分析只需要坐标信息，而IGMH分析需要波函数。对某个体系，但凡你能做得动DFT计算来得到波函数，都吐血建议用IGMH代替IGM，效果好得多，而且物理意义更严格！

NCI（也叫RDG）是已经很流行的弱相互作用图形化展现方法。如果你在考察弱相互作用时只关心特定片段间的相互作用，不希望其它原子对图像产生干扰，那么也吐血推荐用IGMH代替NCI！而且IGMH还能给出原子、原子对对相互作用的贡献，明显便于定量讨论

现阶段，如果使用IGMH方法发表文章，目前请暂时引用上面提到的发在ChemRxiv上的IGMH介绍文章，使用比如下面的格式
Tian Lu, Qinxue Chen, Independent gradient model based on Hirshfeld partition (IGMH): A new method for visual study of interactions in chemical systems, ChemRxiv (2021) DOI: 10.26434/chemrxiv-2021-628vh
近期我会把这篇IGMH的文章投到学术期刊，等在学术期刊上正式发表后，届时请务必改为引用期刊上的正式版本。

与此同时，最近我对Multiwfn中IGM和IGMH相关的分析做了一定更新，改进了计算公式，使得结果更理想，并令输出信息更丰富。请需要做IGM、IGMH的人都尽快升级到Multiwfn最新版。

作者
Author: 牧生 时间: 2021-11-26 15:12
鸽了那么久，终于出来了。我也做过来小块冰的IGHM分析，但我用的ORCA获取波函数信息

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 15:33

牧生发表于 2021-11-26 15:12
鸽了那么久，终于出来了。我也做过来小块冰的IGHM分析，但我用的ORCA获取波函数信息

没想到最后写了12000多词。一篇顶两篇

作者
Author: kay 时间: 2021-11-26 16:48
sob老师还会像IGM那样出一篇详细理论方法和操作的博文介绍IGMH么，万分期待。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-26 17:33

kay 发表于 2021-11-26 16:48
sob老师还会像IGM那样出一篇详细理论方法和操作的博文介绍IGMH么，万分期待。

实际上上面帖子里提到的40页的IGMH教程已经超级详细了

期刊上发表后我大概率会再写一个中文的博文做全面的介绍（无奈很多人死活不肯看英文的，哪怕写得再友好、再详细）

作者
Author: Tonycjlu 时间: 2021-11-27 09:46
有一篇正准备投稿，那着手换成IGMH，原来用的是IGM

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2021-11-27 11:17

Tonycjlu 发表于 2021-11-27 09:46
有一篇正准备投稿，那着手换成IGMH，原来用的是IGM

作者
Author: Tonycjlu 时间: 2021-11-27 17:07

lijiayisjtu 发表于 2021-11-27 11:17

，李博士

作者
Author: captain 时间: 2021-11-28 13:10
本帖最后由 captain 于 2021-11-28 13:12 编辑

大神，相对于IGMH，IRI方法的优势是能够很好地同时展现各种类型的相互作用吧？
如果只想研究弱相互作用，应该用IGMH吧！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-28 13:39

captain 发表于 2021-11-28 13:10
大神，相对于IGMH，IRI方法的优势是能够很好地同时展现各种类型的相互作用吧？
如果只想研究弱相互作用， ...

通常来说是

作者
Author: captain 时间: 2021-11-28 20:25

sobereva 发表于 2021-11-28 13:39
通常来说是

明白了！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-3 19:40
IGMH的介绍文章已经正式发表在J. Comput. Chem.上，见DOI: 10.1002/jcc.26812
之后我会专门写个中文的介绍IGMH的博文

作者
Author: Tonycjlu 时间: 2022-2-4 09:28

sobereva 发表于 2022-2-3 19:40
IGMH的介绍文章已经正式发表在J. Comput. Chem.上，见DOI: 10.1002/jcc.26812
之后我会专门写个中文的介绍 ...

祝贺，等稿件修回的时候替换掉chemrxiv。

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