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标题: Amber20 GPU版速度比NAMD2 GPU版快5倍有余 [打印本页]

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Author: darkseal 时间: 2021-11-26 15:05
标题: Amber20 GPU版速度比NAMD2 GPU版快5倍有余
本帖最后由 darkseal 于 2021-11-26 15:39 编辑

历经千辛万苦终于在ubuntu 20.04上面安装好了amber20 pmemd. 中间的折腾不提了。i9 11900KF， 3080Ti 12GB.
立刻运行了一个测试，atom 39万，由MOE建模和制作amber输入文件。
速度达到47 ns/d。GPU利用率100%，功率满载。CPU只用了1个core。

对比namd2 2.15 gpu加速版，同样的体系和参数，速度大约 0.11 days/ns，换算成小时：1ns==2.6 小时。GPU利用率只能达到35%，同时cpu要用满8个core。

看来amber确实很快！看起来速度快和单精度有关？等MD结果出来再对比。

(, 下载次数 Times of downloads: 13)
(, 下载次数 Times of downloads: 12)

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Author: 牧生 时间: 2021-11-26 15:26
只希望gromacs单任务也能跑满GPU，而不要60~70%左右浮动。

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-26 15:49
两个程序开发的思想就不一样，Gromacs现在可以在GPU运行非键短程，成键，PME，更新坐标这些运算，但是包括构建和更新邻居列表之类的还是在cpu运行的，NAMD2类似

但是Amber在GPU运行的时候真的是全在GPU上运行，CPU基本在瞧。NAMD3貌似也是这样

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Author: Entropy.S.I 时间: 2021-11-26 16:43
话说你最后是咋申请到的pmemd，我这edu邮箱发给Gmail总是被退信……

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Author: darkseal 时间: 2021-11-26 19:43

Entropy.S.I 发表于 2021-11-26 16:43
话说你最后是咋申请到的pmemd，我这edu邮箱发给Gmail总是被退信……

我是这样说的：namd2试过了速度太慢，老板推荐amber20，说是速度很快，所以想试试。此外承诺了个人使用和发文章的时候会引用。
对方二话不说就同意了。大概一周拿到软件。

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Author: rpestana94 时间: 2021-11-27 06:29
Amber runnning is quite fast, you should try acemd3 from acellera can work with amber filles and is pretty fast, I tested a few systems and is faster than amber

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Author: MolAICal 时间: 2021-11-27 15:33
你试试NAMD3 cuda版，看看哪个快

，我没有测试

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Author: tjuptz 时间: 2021-11-27 16:50
请问gromacs还在第一梯队嘛

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-27 19:41

tjuptz 发表于 2021-11-27 16:50
请问gromacs还在第一梯队嘛

确实不如Amber和OpenMM，NAMD3

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Author: exity 时间: 2021-11-28 08:32
gmx速度优势丧失的话....

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Author: fhh2626 时间: 2021-11-28 09:12

darkseal 发表于 2021-11-26 19:43
我是这样说的：namd2试过了速度太慢，老板推荐amber20，说是速度很快，所以想试试。此外承诺了个人使用和 ...

你要用namd3来比，会比amber慢一点，但是没这么多，amber又会比openmm慢一点

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-28 11:02

exity 发表于 2021-11-28 08:32
gmx速度优势丧失的话....

同时功能还是最简单的，但不妨碍现在用户基数巨大和使用比较简单

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Author: exity 时间: 2021-11-28 11:12

喵星大佬发表于 2021-11-28 11:02
同时功能还是最简单的，但不妨碍现在用户基数巨大和使用比较简单

审美疲劳之后，搞一点NAMD感觉很舒服：D

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Author: Entropy.S.I 时间: 2021-11-28 11:24

tjuptz 发表于 2021-11-27 16:50
请问gromacs还在第一梯队嘛

gmx已经落后很多，目前最快的应该是Schordinger的Desmond，比gmx快2倍多，AMBER由于GPU利用效率高，也比GMX快不少，因为这事我已经收拾收拾准备用AMBER和Desmond了，下一步估计就是怂恿学校买Schordinger（bushi

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-28 11:59
而且速度并不是跟单精度有关，FP32有40T的RTX A6000/A40速度就没有FP32只有19T的A100快

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