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标题: 求助如何在MS dmol3里处理pdos的分轨道图 [打印本页]

作者
Author: hjrtion 时间: 2021-11-26 16:28
标题: 求助如何在MS dmol3里处理pdos的分轨道图
看到一篇文献可以得到分轨道的轨道能量，初步理解是通过d轨道的pdos得到各个分轨道的态密度，想知道要得到这一数据是不是只能通过VASP呢，目前我用MS的dmol3模块得到了d轨道的pdos，没法往下做了，请前辈赐教，感激不尽！文献Fig 2E，链接：https://doi.org/10.1002/anie.201907399
另外也有一篇类似的文献Fig S39，链接：https://doi.org/10.1016/j.chempr.2020.10.027
主要就想知道这里面这类图的数据是如何得到的呢，感谢
特别想请教大神@卡开发发

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-27 02:00
不是周期性边界计算的情况做布居分析应该可以打印出每个轨道占据数目你可以找找看，这个和态密度一一对应。

作者
Author: hjrtion 时间: 2021-11-27 10:44

卡开发发发表于 2021-11-27 02:00
不是周期性边界计算的情况做布居分析应该可以打印出每个轨道占据数目你可以找找看，这个和态密度一一对应。

可是我现在只能得到d轨道的pdos，有办法拆分成五个裂分轨道得到能量的高低吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-27 11:27
本帖最后由卡开发发于 2021-11-27 11:31 编辑

hjrtion 发表于 2021-11-27 10:44
可是我现在只能得到d轨道的pdos，有办法拆分成五个裂分轨道得到能量的高低吗

如果不是周期边界条件，那么不是看PDOS的结果，要去outmol看布居分析；周期边界条件我印象中无论怎样也得不到这些信息，就别折腾了。前面就提到过那个东西完全依赖体系朝向，即便得到也不见得有意义。

作者
Author: hjrtion 时间: 2021-11-27 12:57

卡开发发发表于 2021-11-27 11:27
如果不是周期边界条件，那么不是看PDOS的结果，要去outmol看布居分析；周期边界条件我印象中无论怎样也得 ...

感谢老师的回答！为了没有歧义解释一下，该文献里的能量图是中心金属的3d轨道，而且我与他体系类似，所以才不断追问。另外，我看了布居分布的结果，对于其中我想看的轨道数据能找到了，但好像没有对应energy的数据，这里面有什么方法换算吗；此外还有一个问题就是为什么每个分d轨道都有两套数据呢再次表示感激！
                  spin up down charge spin
Ni(  59) 32-2 0.450 0.450    0.901 0.000
Ni(  59) 32-2 0.018 0.018    0.036  -0.000
Ni(  59) 32-1 0.964 0.964    1.927 0.000
Ni(  59) 32-1 0.004 0.004    0.009  -0.000
Ni(  59) 32 0 0.946 0.946    1.892 0.000
Ni(  59) 32 0 0.011 0.011    0.022  -0.000
Ni(  59) 32 1 0.934 0.934    1.868 0.000
Ni(  59) 32 1 0.005 0.005    0.010  -0.000
Ni(  59) 32 2 0.980 0.980    1.960 0.000
Ni(  59) 32 2 0.007 0.007    0.014  -0.000

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-27 13:20

hjrtion 发表于 2021-11-27 12:57
感谢老师的回答！为了没有歧义解释一下，该文献里的能量图是中心金属的3d轨道，而且我与他体系类似，所以 ...

你再找找看，有没有能级这点我记得不是特别清楚，如果没有那应该没啥好的办法了，其实迄今为止你也没具体回答我你的体系是否是周期边界的。分两套数据的原因是因为你考虑了自旋极化之后，spin up和spin down的轨道系数不一定是一样的。

作者
Author: hjrtion 时间: 2021-11-27 13:48

卡开发发发表于 2021-11-27 13:20
你再找找看，有没有能级这点我记得不是特别清楚，如果没有那应该没啥好的办法了，其实迄今为止你也没具体 ...

不好意思，并非不回答，而是因为刚接触计算领域，并不是太理解这一个问题，简单来说我的体系就是与文献里的一样，只是卟啉钴换成了镍，但是一直在尝试复现这一数据无从下手

作者
Author: hjrtion 时间: 2021-11-27 13:49

卡开发发发表于 2021-11-27 13:20
你再找找看，有没有能级这点我记得不是特别清楚，如果没有那应该没啥好的办法了，其实迄今为止你也没具体 ...

还是要感谢老师！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-27 14:42

hjrtion 发表于 2021-11-27 13:48
不好意思，并非不回答，而是因为刚接触计算领域，并不是太理解这一个问题，简单来说我的体系就是与文献里 ...

周期性边界和非周期性边界的差别就在于有没有晶胞那个盒子。一般来说，DMol3对没有盒子或者有盒子但采用Gamma点应该能拿到信息，你可以检查一下input文件是否有print eigenvectors这样的关键字。理论上可以知道各个能级的轨道贡献。

作者
Author: hjrtion 时间: 2021-11-28 01:02

卡开发发发表于 2021-11-27 14:42
周期性边界和非周期性边界的差别就在于有没有晶胞那个盒子。一般来说，DMol3对没有盒子或者有盒子但采用G ...

看了看确实是有的，但是得到的outpul里面只有charge，看了看前面orbital有eigval但是不知道对应哪个轨道，就算按照顺序对了数值也很奇怪，有点晕了

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-11-28 01:27

hjrtion 发表于 2021-11-28 01:02
看了看确实是有的，但是得到的outpul里面只有charge，看了看前面orbital有eigval但是不知道对应哪个轨道 ...

里面数值应该是轨道系数，你要看个能量高低应该不用理会。

作者
Author: granvia 时间: 2021-11-28 07:51
好奇图中的alpha和beta轨道能量完全一样，难道做的是限制性开壳层计算？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-28 11:10

granvia 发表于 2021-11-28 07:51
好奇图中的alpha和beta轨道能量完全一样，难道做的是限制性开壳层计算？

DMol应该做不了RO，他算的这玩意应该本来就是闭壳层的，这样的话就算点了自旋极化最后SCF完了alpha和beta也是一毛一样的

作者
Author: granvia 时间: 2021-11-28 12:22

喵星大佬发表于 2021-11-28 11:10
DMol应该做不了RO，他算的这玩意应该本来就是闭壳层的，这样的话就算点了自旋极化最后SCF完了alpha和beta ...

我看图中有单占轨道，难道只是为了说明问题的示意图？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-28 12:31

granvia 发表于 2021-11-28 12:22
我看图中有单占轨道，难道只是为了说明问题的示意图？

文献里的图是Co，楼主算的是Ni

作者
Author: hzj 时间: 2024-3-25 09:59
老师们好，请问一下怎样在vasp里将分轨道和能级对应呢

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