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标题: cp2k优化晶胞分子为何跑散了？ [打印本页]

作者
Author: Mentary 时间: 2021-11-26 21:45
标题: cp2k优化晶胞分子为何跑散了？
在用cp2k进行晶胞优化后，体系跑散了，不知为何原因，普通的CHON体系。请大家解答一下。输入文件和以及VMD显示如下

作者
Author: Mentary 时间: 2021-11-27 11:26
问题找到了，发现初始结构就错了。该结构在Multiwfn中使用cif格式文件生成cp2k的输入文件时不能正确载入晶胞和分子结构信息，而使用pdb格式的文件却可以正确载入晶胞和结构信息。具体原因不了解。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-27 12:43
Multiwfn（最新版本）载入cif后在主功能0里看看结构和晶胞显示的对不对
没理由用cif有问题，我也从没遇到过问题

作者
Author: Mentary 时间: 2021-11-27 13:51

sobereva 发表于 2021-11-27 12:43
Multiwfn（最新版本）载入cif后在主功能0里看看结构和晶胞显示的对不对
没理由用cif有问题，我也从没遇到 ...

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-28 14:23

Mentary 发表于 2021-11-27 13:51
能麻烦社长试一下吗，CCDC号 1056644https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/Search?Doi=10.1039%2FC6NJ0 ...

至少对于今天Multiwfn官网上更新的最新版来说，cif能正常载入，产生的CP2K输入文件也没问题。

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作者
Author: Mentary 时间: 2021-11-28 14:52

sobereva 发表于 2021-11-28 14:23
至少对于今天Multiwfn官网上更新的最新版来说，cif能正常载入，产生的CP2K输入文件也没问题。

社长，cif是可以载入但是分子结构已经不对了，下图是pdb格式文件输入后Multiwfn显示的分子结构（不知为何只显示了一个分子）。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-2 05:56

Mentary 发表于 2021-11-28 14:52
社长，cif是可以载入但是分子结构已经不对了，下图是pdb格式文件输入后Multiwfn显示的分子结构（不知为何 ...

说清楚怎么不对
5L里我的截图体现毫无问题
pdb里如果只有一个分子当然也只显示一个分子

作者
Author: Mentary 时间: 2021-12-2 20:24
本帖最后由 Mentary 于 2021-12-2 20:34 编辑

sobereva 发表于 2021-12-2 05:56
说清楚怎么不对
5L里我的截图体现毫无问题
pdb里如果只有一个分子当然也只显示一个分子

社长，分子结构散架了，下图分别是以pdb格式和cif格式作为输入文件时Multiwfn（最新版，刚下载的）的显示，二者显示不同,cif格式显示不对。输入文件也已上传。也试了其他几个有机物分子的cif,发现Multiwfn也不能正常读取。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-2 23:03

Mentary 发表于 2021-12-2 20:24
社长，分子结构散架了，下图分别是以pdb格式和cif格式作为输入文件时Multiwfn（最新版，刚下载的）的显示 ...

载入cif文件在主功能0显示的，没有任何问题。Multiwfn 2021-Nov-28版

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说清楚你发的两张图各是什么情况的，标清楚，并且盒子边界显示出来

晶胞把分子截断是自然而然的事情，这和散架完全是两码事。

作者
Author: Mentary 时间: 2021-12-3 08:25
本帖最后由 Mentary 于 2021-12-3 08:27 编辑

sobereva 发表于 2021-12-2 23:03
载入cif文件在主功能0显示的，没有任何问题。Multiwfn 2021-Nov-28版

社长，这是带盒子的两个图，分别是cif和pdb为载入。pdb格式没有出现截断。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-3 08:38

Mentary 发表于 2021-12-3 08:25
社长，这是带盒子的两个图，分别是cif和pdb为载入。pdb格式没有出现截断。

搞清楚什么叫周期边界条件，截断了又如何，只不过是显示问题，计算起来难道还能不一样？

作者
Author: Mentary 时间: 2021-12-3 10:45

sobereva 发表于 2021-12-3 08:38
搞清楚什么叫周期边界条件，截断了又如何，只不过是显示问题，计算起来难道还能不一样？

好的，谢谢社长耐心的回复。

作者
Author: kingbb 时间: 2023-10-29 10:55
老师您好，我也遇见了使用cp2k优化晶面发现结构散架的问题，请问您当时是怎么解决的，我载入的是cif。

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