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标题: 下载的pdb文件里面，如何加氢 [打印本页]

作者
Author: 978142355 时间: 2016-2-3 18:06
标题: 下载的pdb文件里面，如何加氢
从PDB数据库里下载的pdb文件里缺少H原子，不知道如何加进去。尝试了一些方法，比如本论坛里的倒入GaussView中，但是并没有显示出H原子，采用软件DS加H是好使，但是感觉加完H原子的结构，有些奇怪（化学直觉告诉我有些地方不太合理），所以加完了我也不太相信，而且那么大的结构去用Gaussian优化也不现实。不知道各位老师有什么好的方法为pdb文件加氢原子？烦劳知道的老师，不吝惜赐教。
附件为下载的pdb文件。

作者
Author: bomsaude 时间: 2016-2-3 18:29
我对这不是很懂，原先用hyperchem画分子结构保存时，似乎总涉及到氢的问题，现在我用它打开你的文件时，似乎都有氢啊，所以，你可以再保存一次，把氢加上。你试一下，不知是否行？

作者
Author: 978142355 时间: 2016-2-3 19:28

bomsaude 发表于 2016-2-3 18:29
我对这不是很懂，原先用hyperchem画分子结构保存时，似乎总涉及到氢的问题，现在我用它打开你的文件时，似 ...

确实是可以，谢谢。不过肽面并不是180度，所以还是有一些问题的，不知道这个问题您知不知道能不能有软件可以解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-3 20:51
gview打开时把这个选上
(, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: 978142355 时间: 2016-2-3 22:07

sobereva 发表于 2016-2-3 20:51
gview打开时把这个选上

这个方法好使（PS：先前看见论坛里类似的，此功能也试了，但没选yes，以为if presents就可以），不过sob老师，还是同样的问题，肽面的二面角并不是180度，因此，GaussView加的H是不是并不太准确啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-3 22:09

978142355 发表于 2016-2-3 22:07
这个方法好使（PS：先前看见论坛里类似的，此功能也试了，但没选yes，以为if presents就可以），不过sob ...

如果你的目的是做动力学，到时候一优化自动就平了

作者
Author: 978142355 时间: 2016-2-4 10:04

sobereva 发表于 2016-2-3 22:09
如果你的目的是做动力学，到时候一优化自动就平了

是的，就是做动力学。谢谢sob老师指导。

作者
Author: zzxxcc 时间: 2021-7-17 16:23

sobereva 发表于 2016-2-3 20:51
gview打开时把这个选上

sob老师我按照您的方法选择了YES选项但是还是没有自动加氢应该怎么办？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-17 18:31

zzxxcc 发表于 2021-7-17 16:23
sob老师我按照您的方法选择了YES选项但是还是没有自动加氢应该怎么办？

Tools - Atom list，然后Edit - Add hydrogens to all atoms

作者
Author: zzxxcc 时间: 2021-7-18 09:51

sobereva 发表于 2021-7-17 18:31
Tools - Atom list，然后Edit - Add hydrogens to all atoms

sob 老师，我按照这样来操作，还是没有加上H，该怎么办呢？

作者
Author: zsu007 时间: 2021-7-18 11:17
可以用药物设计软件（比如MOE、Sybyl、DS等软件）打开pdb，自动加氢、处理残基等问题。

作者
Author: zzxxcc 时间: 2021-7-18 14:08

zsu007 发表于 2021-7-18 11:17
可以用药物设计软件（比如MOE、Sybyl、DS等软件）打开pdb，自动加氢、处理残基等问题。

好的谢谢！我的mol2格式的文件拖到Gauss View里也是无法自动加氢，也可以用这几种方式来解决吗？

作者
Author: zsu007 时间: 2021-7-18 14:13

zzxxcc 发表于 2021-7-18 14:08
好的谢谢！我的mol2格式的文件拖到Gauss View里也是无法自动加氢，也可以用这几种方式来解决吗？

这些专业软件，都可以解决你面临的问题。

作者
Author: zzxxcc 时间: 2021-7-18 15:44

zsu007 发表于 2021-7-18 14:13
这些专业软件，都可以解决你面临的问题。

好的谢谢！我之前在MS软件里自动加氢后拖进高斯，测量加氢的键长是1.53998，但是我需要的氢键键长是1.47，我应该怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-19 02:27

zzxxcc 发表于 2021-7-18 09:51
sob 老师，我按照这样来操作，还是没有加上H，该怎么办呢？

你这种体系程序根本不知道怎么加氢，什么程序加氢功能都不是万能的、碰见稀奇古怪的体系都能按你希望的方式加氢。只有成键方式普通的有机体系通常各个程序才能正常加氢。

作者
Author: naoki 时间: 2021-7-19 08:09

zzxxcc 发表于 2021-7-18 15:44
好的谢谢！我之前在MS软件里自动加氢后拖进高斯，测量加氢的键长是1.53998，但是我需要的氢键键长是1.47 ...

用M$的Select功能选中所有目标键统一修改键长

作者
Author: zzxxcc 时间: 2021-7-19 10:23

sobereva 发表于 2021-7-19 02:27
你这种体系程序根本不知道怎么加氢，什么程序加氢功能都不是万能的、碰见稀奇古怪的体系都能按你希望的方 ...

好的谢谢sob老师

作者
Author: zzxxcc 时间: 2021-7-19 10:24

naoki 发表于 2021-7-19 08:09
用M$的Select功能选中所有目标键统一修改键长

好的谢谢你

作者
Author: Joely 时间: 2021-7-19 11:04
amber或者其他动力学软件都可以有模块自动补氢的

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