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标题: 构建DPPC双层膜在md时体系崩溃了该怎么办 [打印本页]

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作者
Author: LiJiatong    时间: 2021-11-29 10:49
标题: 构建DPPC双层膜在md时体系崩溃了该怎么办


在进行mdrun的时候，总是报错，Fatal error ：
1 of the 9386 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.211 nm) or the two-body cut-off distance (1.211 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck
是我的mdp设置有问题吗？（下为md.mdp）
title                    = Martini MD
integrator               = md
dt                       = 0.02  
nsteps                   = 250000000
nstcomm                  = 100               
comm-grps                         = DPPC W           

nstxout                  = 5000
nstvout                  = 5000
nstfout                  = 5000
nstlog                   = 1000
nstenergy                = 1000
nstxout-compressed       = 1000
compressed-x-precision   = 100
compressed-x-grps        = DPPC W   
energygrps               = DPPC W   

cutoff-scheme            = Verlet
nstlist                  = 20
ns_type                  = grid
pbc                      = xyz  
verlet-buffer-tolerance  = 0.005

coulombtype              = reaction-field
rcoulomb                 = 1.1
epsilon_r                = 15        ; 2.5 (with polarizable water)
epsilon_rf               = 0
vdw_type                 = cutoff  
vdw-modifier             = Potential-shift-verlet
rvdw                     = 1.1


tcoupl                   = v-rescale
tc-grps                  = DPPC W   
tau_t                    = 1.0  1.0
ref_t                    = 305 305
Pcoupl                   = parrinello-rahman
Pcoupltype               = semiisotropic
tau_p                    = 12.0 ;parrinello-rahman is more stable with larger tau-p, DdJ, 20130422
compressibility          = 3e-4  3e-4
ref_p                    = 1.0  1.0

gen_vel                  = no
gen_temp                 = 305
gen_seed                 = 473529

Dispcorr         =  Enerpres     
nstcalcenergy    = -1         
continuation     =  yes         
constraints              = none
constraint_algorithm     = Lincs
;lincs_order      =  4            
;lincs_warnangle= 30        

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