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标题: VMD中水包聚合物的显示问题 [打印本页]

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Author: wudiazhu 时间: 2021-11-29 17:02
标题: VMD中水包聚合物的显示问题
本帖最后由 wudiazhu 于 2021-11-29 21:49 编辑

老师好，我用packmol构建了一个水包聚合物的球形结构后，在gmx里跑能量极小化em，用vmd查看em后的em.gro文件显示的是8个1/8个球，怎么样才能显示一个完整的体系，还是说在开始构建体系时就不要把分子放在0 0 0 的位置，而是放在比如60 60 60的位置？下面图第一个是em之前的，第二个图就是em之后的。多谢各位了！

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Author: sobereva 时间: 2021-12-3 02:53
gro里的坐标要求是正值，如果为负值，GROMACS就认为是在相邻的负方向的镜像盒子里，程序自动按照PBC记录的时候会把那部分挪到当前盒子里，自然就是你看到的情况

可以计算前把结构文件里的体系平移令其坐标数值都为正

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Author: wudiazhu 时间: 2021-12-3 08:51

sobereva 发表于 2021-12-3 02:53
gro里的坐标要求是正值，如果为负值，GROMACS就认为是在相邻的负方向的镜像盒子里，程序自动按照PBC记录的 ...

了解了，谢谢老师！

作者
Author: 刘铮12 时间: 2021-12-26 22:45

wudiazhu 发表于 2021-12-3 08:51
了解了，谢谢老师！

能问一下你的聚合物力场是怎么搭建的吗。我是先写单体的rtp文件，然后再用pdb2gmx命令生成，一直出现警告Residue 2 named MID of a molecule in the input file was mapped to entry in the topology database,but the atom C11 used in an interaction of type dihedrals in that entry is not found in the input file想问问您遇到过这种问题吗

作者
Author: wudiazhu 时间: 2021-12-27 09:26

刘铮12 发表于 2021-12-26 22:45
能问一下你的聚合物力场是怎么搭建的吗。我是先写单体的rtp文件，然后再用pdb2gmx命令生成，一直出现警告 ...

抱歉我没怎么用过pdb2gmx，经验不多。我用的是acpype的GAFF力场。但看上去像是你结构文件有C11原子但你rtp文件里的二面角项没有C11，我猜的，可能你得请教一下别人

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