计算化学公社

标题: 是不是必须要装linux跑Gaussian呢 [打印本页]

作者
Author: northink 时间: 2016-2-4 13:04
标题: 是不是必须要装linux跑Gaussian呢
因为windows已经用习惯了，包括Endnote里面的大量文献，现在再去从头学习linux感觉很难。
windows跑Gaussian算一些简单的分子，有时候会报错2070.
是不是到linux下这种错误会少一些？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-4 13:36
2070一般都是输入文件有毛病，不是windows版高斯自身的问题。
linux下输入文件有毛病一样会在一开始就报错不继续算。
小型任务用windows版跑就行，但目前网上流传的windows版都是32bit的，对计算资源限制过多（最多4核并行、最多用2GB内存和16GB硬盘），所以大型任务一般还是linux跑。但如果只有一台机子，你就用vmware装个linux虚拟机跑高斯就完了，速度和实体linux基本没差异。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-2-4 16:12

sobereva 发表于 2016-2-4 13:36
2070一般都是输入文件有毛病，不是windows版高斯自身的问题。
linux下输入文件有毛病一样会在一开始就报错 ...

sob老师，windows下Gaussian09并行如何设置？我百度了一下，说是将Gaussian安装目录的Scratch中的Default.Rou中加-p -n。我的笔记本是4个核的，我在里面写的是-p -4，但是计算丙烷（计算命令是opt b3lyp/6-311g(d,p)）写与不写此命令，看见最终log文件最后结束时间，仅仅相差2s。
是不是这样设定不对，还是其他什么原因造成的？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-4 16:28

978142355 发表于 2016-2-4 16:12
sob老师，windows下Gaussian09并行如何设置？我百度了一下，说是将Gaussian安装目录的Scratch中的Default ...

你查到的做法完全不对，被坑了
应当在scratch目录里的default.rou中诸如这么写默认设置
-P- 4
-M- 1500MB （这是32bit Gaussian windows版能用的最大内存设定）

作者
Author: 978142355 时间: 2016-2-4 16:46

sobereva 发表于 2016-2-4 16:28
你查到的做法完全不对，被坑了
应当在scratch目录里的default.rou中诸如这么写默认设置
-P- 4

唉，小木虫也不能百分之百的相信，看来查到的东西，一定要自己测试后才放心。根据sob老师给的指令，CPU使用率和使用记录都清晰看出是跑4个核，谢谢sob老师，赞

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-4 20:01

978142355 发表于 2016-2-4 16:46
唉，小木虫也不能百分之百的相信，看来查到的东西，一定要自己测试后才放心。根据sob老师给的指令，CPU使 ...

别提百分之百了，小木虫上关于计算化学的东西，我看可信度至多也就10%。比如问xxx不收敛，肯定有人回：加大循环次数

作者
Author: 978142355 时间: 2016-2-5 10:03

sobereva 发表于 2016-2-4 20:01
别提百分之百了，小木虫上关于计算化学的东西，我看可信度至多也就10%。比如问xxx不收敛，肯定有人回： ...

唉………………我百度查了一下windows下Gaussian多核计算，就小木虫里有，没想到还是错的。算了，以后多看咱的论坛多谷歌。提起收敛，那天sob老师发的菜鸟进夹子的图我是深有体会，3年前一位师兄告诉我，只要做优化，最好加大循环次数；一年前，我们老师留的作业里（从高斯实际操作的那本书里弄到的一些例子），擅自加个两句话，但凡不收敛，要加opt（maxcycle=500）；若遇到L502，上面提示不收敛，加iop(5/13=1)。。。。。。。。。。。。。

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