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标题: 求助如何在VMD中计算一个不太规则的小区域的体积 [打印本页]

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-12-1 08:00
标题: 求助如何在VMD中计算一个不太规则的小区域的体积
我在VMD中通过下面的命令定义了一块小的区域。

(within 10 of resname INSIDE) and (not (within [expr 10-${delta}] of resname INSIDE))

复制代码

这个区域内的原子数目通过VMD的命令是可以很容易得到的，但是因为我的INSIDE部分，不是一个规则的形状，我定义的这块小的区域的截面不是一个圆形，想向大家求教下，有办法可以通过VMD得到这块区域的体积吗？先谢谢了！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-3 03:48
没法得到
一个勉强可行的做法是自己写个程序，产生的结构文件里让体系中均匀排布诸如H原子（视为格点），然后把这些氢加入到原有的文件里。之后用选择语句选择满足条件的氢的数目，乘上格子体积获得被选区域的体积

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-12-18 01:20

sobereva 发表于 2021-12-3 03:48
没法得到
一个勉强可行的做法是自己写个程序，产生的结构文件里让体系中均匀排布诸如H原子（视为格点）， ...

非常感谢卢老师的解答！抱歉，后面忘记再上论坛回复晚了。
您说的方法很好但是我自己写代码能力有限实现起来有点难度，我还是按照比较简单的近似来算吧，整体的趋势应该和用圆形的近似差不多。

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