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标题: 求助VMD计算分子质心的径向分布函数的问题 [打印本页]

作者
Author: KKH 时间: 2021-12-1 15:48
标题: 求助VMD计算分子质心的径向分布函数的问题
轨迹文件是由lammps的dump命令生成的，里面包含了原子id type mol x y z，其中分子一共有512个，一共有250帧的轨迹。导入VMD，如何计算指定分子质心的RDF?
我的体系里包含了好几种烷烃，其中C24H50分子有40个，长链分子有的跨过了盒子，我想计算这四十个分子的RDF?
该如何写脚本，或者如何在Aanalysis中的对话框中选择？求求各位大神支个招。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-3 01:56
VMD直接给的rdf功能没法以质心为参考点来算rdf，需要额外专门写rdf计算脚本，这需要了解rdf的定义、tcl语言、VMD内置命令的使用。

GROMACS的gmx rdf命令倒是可以直接实现。

另外，算这么长链分子质心的rdf不太可能有什么实际意义，一点关于分子形态的信息都不体现

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