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标题: 求助请问力场选择相关问题 [打印本页]

作者
Author: peng 时间: 2021-12-2 10:56
标题: 求助请问力场选择相关问题
[求助]各位老师们，我主要想做卤素小分子和蛋白质的模拟，但是我发现很多力场根本不支持溴，用这样的力场模拟会不会出现问题呢，而且是不是卤素显示要加额外电荷或者虚拟位点，这是不是也需要找特殊的力场呢？而且我知道OPLS-AA/M力场是支持卤素的，但是好像这个力场对于蛋白质模拟不太好？然后我又看到了最新的OPLS3 力场，这个新加了很多原子类型，这个可以用吗，但是在哪里下载力场呢？求助各位老师们帮忙解答一下谢谢

作者
Author: 牧生 时间: 2021-12-2 11:48
OPLS-AA/M应该也可以用于蛋白质吧

http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html
CHARMM and Gromacs formatted parameter files for the OPLS-AA/M force field for proteins are provided below. These files have been prepared for all standard amino acids and patches. For non-standard systems, check that parameter choices are appropriate. To ensure proper implementation of the force field, geometric Lennard-Jones combining rules and 1,4 intra-nonbonded scaling should be used. A description of the parameterization procedure can be found in the following citation。

OPLS3似乎不免费公开

作者
Author: peng 时间: 2021-12-2 13:55

牧生发表于 2021-12-2 11:48
OPLS-AA/M应该也可以用于蛋白质吧

http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html

非常感谢

因为我之前看到似乎这个OPLS-AA/L力场对蛋白质模拟不是那么好,所以对OPLS-AA/M力场就有些担心

作者
Author: 牧生 时间: 2021-12-2 14:02

peng 发表于 2021-12-2 13:55
非常感谢因为我之前看到似乎这个OPLS-AA/L力场对蛋白质模拟不是那么好,所以对OPLS-AA/M力场就有些担 ...

http://zarbi.chem.yale.edu/publications.html

近年来，该组发了很多相关的OPLS-AA/M模拟相关的论文，应该是足够支撑了

作者
Author: peng 时间: 2021-12-2 14:26

牧生发表于 2021-12-2 14:02
http://zarbi.chem.yale.edu/publications.html

近年来，该组发了很多相关的OPLS-AA/M模拟相关的论文 ...

太感谢您了，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-3 02:04
必须用虚拟点考虑额外点电荷，否则卤键根本描述不好，肯定糟质疑

(, 下载次数 Times of downloads: 32)

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: peng 时间: 2022-9-14 09:55

sobereva 发表于 2021-12-3 02:04
必须用虚拟点考虑额外点电荷，否则卤键根本描述不好，肯定糟质疑

谢谢老师，我还想问一下卤离子和卤键模拟是否一样呢，是否可以都用OPLS3这个力场来模拟呢（蛋白质与配体的模拟）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-14 16:13

peng 发表于 2022-9-14 09:55
谢谢老师，我还想问一下卤离子和卤键模拟是否一样呢，是否可以都用OPLS3这个力场来模拟呢（蛋白质与配体 ...

二者完全是两码事，一个是离子，一个是相互作用。
如果你已经买了相应程序，用OPLS3原理上可以

作者
Author: peng 时间: 2022-9-14 19:59
本帖最后由 peng 于 2022-9-14 20:11 编辑

sobereva 发表于 2022-9-14 16:13
二者完全是两码事，一个是离子，一个是相互作用。
如果你已经买了相应程序，用OPLS3原理上可以

啊，老师，不好意思，原来OPLS3不公开，所以能用OPLS/AA-M模拟卤键小分子配体和蛋白质吗？如果不能的话还需要自己做哪些操作吗？仅仅模拟卤离子与蛋白质可以用OPLS/AA-M力场吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-15 02:51

peng 发表于 2022-9-14 19:59
啊，老师，不好意思，原来OPLS3不公开，所以能用OPLS/AA-M模拟卤键小分子配体和蛋白质吗？如果不能的话还 ...

原本的OPLS-AA/M没有描述卤键的能力。描述卤离子本身可以

作者
Author: peng 时间: 2022-9-15 08:56

sobereva 发表于 2022-9-15 02:51
原本的OPLS-AA/M没有描述卤键的能力。描述卤离子本身可以

谢谢老师

作者
Author: peng 时间: 2022-9-27 14:14

sobereva 发表于 2022-9-15 02:51
原本的OPLS-AA/M没有描述卤键的能力。描述卤离子本身可以

老师，我使用OPLS-AA/M力场模拟蛋白质和溴离子相互作用，使用的是分子动力学讲座文件里的mdp模板，但是发现模拟效果不好，模拟报错1 particles communicated to PME rank o are more than 2/3 times the cut-off out
of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.我想换个力场但是其他力场不支持溴，有没有办法换个力场但是依旧研究溴离子呢？将溴离子作为配体可行吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-28 09:35

peng 发表于 2022-9-27 14:14
老师，我使用OPLS-AA/M力场模拟蛋白质和溴离子相互作用，使用的是分子动力学讲座文件里的mdp模板，但是发 ...

模拟效果好不好和有没有程序上的报错完全是两码事，把问题交代清楚

作者
Author: peng 时间: 2022-9-28 10:14

sobereva 发表于 2022-9-28 09:35
模拟效果好不好和有没有程序上的报错完全是两码事，把问题交代清楚

老师我用的是OPLS-AA/M力场想要模拟蛋白质和溴离子相互作用，使用的mdp文件都是您讲座里的模板mdp文件，但是跑正式md总是报错lincs warning 或者1 particles communicated to PME rank o are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated总是模拟出错

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-28 10:44

peng 发表于 2022-9-28 10:14
老师我用的是OPLS-AA/M力场想要模拟蛋白质和溴离子相互作用，使用的mdp文件都是您讲座里的模板mdp文件， ...

按课上“GROMACS的使用基础”部分我讲的排查原因

作者
Author: 凛爵 时间: 2024-4-19 09:42

peng 发表于 2022-9-28 10:14
老师我用的是OPLS-AA/M力场想要模拟蛋白质和溴离子相互作用，使用的mdp文件都是您讲座里的模板mdp文件， ...

您好博主，请问您解决了这个问题了吗

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