计算化学公社

标题: 求助autodock和autodock vina处理受体和小分子的加氢问题 [打印本页]

作者
Author: crush 时间: 2021-12-2 22:08
标题: 求助autodock和autodock vina处理受体和小分子的加氢问题
请问，autodock和vina在处理受体和小分子时什么时候加全氢、什么时候加极性氢呢

作者
Author: MolAICal 时间: 2022-1-9 18:34
vina全加极化氢。

建议可以试试MolAICal做对接，简单方便 https://molaical.gitee.io/MolDocking.html

作者
Author: crush 时间: 2022-1-10 19:12

MolAICal 发表于 2022-1-9 18:34
vina全加极化氢。

建议可以试试MolAICal做对接，简单方便 https://molaical.gitee.io/MolDocking.html

可是我在官方的手册里看到蛋白和小分子在选为受体之前必须加全氢，包括极性氢和非极性氢。但是在文献里看到有人用Vina时加的是极性氢。所以就很疑惑

作者
Author: MolAICal 时间: 2022-1-10 23:49

crush 发表于 2022-1-10 19:12
可是我在官方的手册里看到蛋白和小分子在选为受体之前必须加全氢，包括极性氢和非极性氢。但是在文献里看 ...

vina是先加氢，最后处理的时候，自动算成极化氢。

MolAICal的精度目前测试显示比vina稍高一点。

作者
Author: crush 时间: 2022-1-12 20:12

MolAICal 发表于 2022-1-10 23:49
vina是先加氢，最后处理的时候，自动算成极化氢。

好的，非常感谢您的解答

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-4-1 21:26
请问一下，我发现vina对接后的小分子配体也只有极性氢，其他非极性氢在进行分子动力学模拟时要手动加吗

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-4-2 00:48

雨中宇发表于 2024-4-1 21:26
请问一下，我发现vina对接后的小分子配体也只有极性氢，其他非极性氢在进行分子动力学模拟时要手动加吗

要，vina可以使用ad4打分函数，那基本就是个联合原子力场+隐式溶剂模型，vina和vinardo打分函数都是更简单的形式，这几个都是只要极性氢的。

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-4-4 10:58

喵星大佬发表于 2024-4-2 00:48
要，vina可以使用ad4打分函数，那基本就是个联合原子力场+隐式溶剂模型，vina和vinardo打分函数都是更简 ...

谢谢大佬

作者
Author: wxy0725 时间: 2024-7-6 22:57

雨中宇发表于 2024-4-1 21:26
请问一下，我发现vina对接后的小分子配体也只有极性氢，其他非极性氢在进行分子动力学模拟时要手动加吗

你好，请问你最后弄懂了吗？是不是说vina在进行对接的时候只需要极性氢，那分子动力学模拟的时候呢？是手动加非极性氢原子吗

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-7-7 10:09

wxy0725 发表于 2024-7-6 22:57
你好，请问你最后弄懂了吗？是不是说vina在进行对接的时候只需要极性氢，那分子动力学模拟的时候呢？是手 ...

蛋白质部分用pdb2gmx后的ignh命令会自动加氢，小分子配体需要通过其他软件加氢，加氢后最好检查一下结构对不对，因为有的软件苯环加氢总不判断加氢，在用新的mol2文件生成gr和top文件

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