公社群聊Q&A整理：2015.10.04 11 ~ 2015.10.11 11.txt - 计算化学公社

2015.10.04 11:35:39
Q:
请问这样的命令正确么：#p opt freq rcis/genecp ...
就是优化激发态结构与频率的时候，cis可以这样用么@Elaine
A:
可以
Q:
谢谢老师这样子计算的时候，我就经常出现Erroneous write.的问题，就是硬盘空间分配不足，加了maxdisk还是这样子
谢谢您，我在genecp对一些部分是采用了赝势基组的
A:
尝试cis(direct)
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2015.10.04 11:41:23
Q:
用L按ldz对Cu，6-31g**对CNBrH，做AIM分析应该大致合理吧？使用了wfx文件，BCP与Cu中间可以出现键径。
A:
合理
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2015.10.04 12:08:41
Q:
噢，那天sob老师说，如果用td计算频率耗费时间太长，用cis计算也可以，只要最后检查没有虚频就可以了
老师，打搅您了。请问我刚才命令行写的是#p opt freq rcis(direct)/genecp,我也可以先写#p opt rcis(direct)/genecp,优化完激发态机构之后，再用cis算freq吧？那请问这样的话，与opt+freq一起算，有什么区别呢？
。。
因为我把opt和freq放在一起用cis算，总是出现硬盘空间分配不足的问题
A:
freq本来就对资源使用量远大于opt，硬盘耗得多
凡是这种大任务，opt freq都别连在一起，省得freq出错后把输出文件搞恶心了
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2015.10.04 12:34:30
Q:
好了
就是我写了一段命令：[图片]
我优化好一个结构之后，想计算这个结构的能量，于是采用了cbs-qb3的方法...
别这样...我用这个方法，计算了一个小分子，然后得到了想要的数据，于是在此小分子基础上，又加了一个小分子。对其优化，优化成功，再用cbs-qb3计算的时候，就出现了这个错误[图片]
A:
没必要事先优化，本来就是组合算法。
CBS-QB3涉及到许多高级别后HF计算，占硬盘多，硬盘不足
CBS-QB3搞不动就用便宜点的热力学组合算法，诸如其中最烂的CBS-4M比较便宜
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2015.10.04 12:36:50
Q:
[图片]
亲们，我用Gaussian算晶体的超极化率，提交任务后出现这个错误是什么原因
A:
高斯PBC算不了超极化率
Q:
高斯只能算分子的超极化率吗
A:
对
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2015.10.04 12:55:14
Q:
老师，打搅您了。刚才学生按照您的建议，先opt优化激发态的结构，就是#p opt rcis/genecp，输出结果还是显示硬盘空间不足。在这种情况下，我想尝试您刚才的建议，cis(direct)，于是#p opt rcis(direct)/genecp，请问在这一串命令内，还需不需要加上maxdisk=NGB这样的命令呢？
A:
不用
顺带一提，别忘了先把scratch目录里原先任务失败时留的临时文件清掉，否则占很大地方
Q:
谢谢您。老师，我用的是SSH Secure这个平台，请问您提高的scratch目录里我的临时文件，应该怎样去找呀？
临时文件计算完了之后会留在我的根目录，我一般都是把临时文件计算完毕之后直接删除了。请问这样就算清除内存了么我刚刚接触SSH平台不久，打搅您了
A:
如果你清的就是那些rwf、d2e之类的，就是我说的
Q:
老师，请问如何在ssh里清除您说的scratch目录下的临时文件呢？学生也正在网上找
A:
就是GAUSS_SCRDIR环境变量设的目录
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2015.10.04 14:03:50
Q:
B站发起了2015葛炮祭，什么时候出现了这么鬼畜的事情
A:
有什么大惊小怪的
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2015.10.04 16:06:35
Q:
使用了Multiwfn，在文章怎么中怎么引用
cite paper
A:
程序刚启动的时候就写了
这里也写了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
手册里也写了、官网上也写了
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2015.10.04 16:15:04
Q:
求一篇文献，A DFT-PBC study of infinite single-walled carbon nanotubes with various tubular diameters
A:
要求文献就给链接，并且确认是scihub无法下载的
Q:
各种链接都打不开，sci-hub也打不开[图片]
A:
这里下http://www.123seminarsonly.com/Seminar-Reports/018/42237646-Carbon-Tube.pdf
[图片]
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2015.10.04 16:22:21
Q:
百度学术一股浓浓地山寨气味儿
A:
我也很鄙夷之
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2015.10.04 16:31:32
Q:
6-31++G应该和6-31G++不一样吧？
我也觉得第二个是错的
[图片]
但手册中有
A:
所以说嘛，网上的中文的计算化学资料错误百出
Q:
[图片]
那这也是错误的吧？
A:
显然是错的
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2015.10.04 16:34:07
Q:
Photographers: Can we go to your lab?
Me: I just have an office.
P: Do you have any equipment?
Me: There’s a computer…
P: …Is that it?
Me: …
A:
虚拟实验室
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2015.10.04 16:49:44
Q:
请问老师，在计算ICSS时出现这样的错误，Quad4: NSgDBf= 803 but NBsAll= 760.
NSgDBf>NBsAll in Quad4.
Error termination via Lnk1e in g09/l401.exe 前8个文件都出现这样的错误，从9以后计算normal ，这是为什么啊？谢谢老师指正！
A:
guess=huckel
Q:
没有写
A:
[图片]
multiwfn手册里说明了
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2015.10.04 16:53:40
Q:
请教一个问题，我想在VMD中把水分子的原子标号，输出到一个文件中，但是想一行输出15个，这个puts语句怎么写比较好？[图片]
A:
输出指定选择范围内的原子的index，规则与gromacs相同，从0开始，保存到range-index.txt，六个一换行
例如：rangeindex {name CA and not within 13 of index 964}
proc rangeindex {range {fps 0}} {
set sel [atomselect top $range frame $fps]
set result [open /sob/range-index.txt w]
set k 0
foreach i [$sel list] {
incr k
puts -nonewline $result [expr $i+1]\
if {$k%6==0} {puts $result " "}
}
close $result
$sel delete
puts "total $k atoms"
}
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2015.10.04 19:23:50
Q:
[图片]请问老师，我要计算像这样的多中心键成分的分析，有专门的指导帖子吗？
A:
用NBO做3c-2e搜索，会输出这些
Q:
# b3lyp/6-31+G* NMR pop=NCSall IOp(6/65=-1)
这样的命令对吗？
A:
目的是什么？
Q:
[图片]文件这样就自动结束了，是不是缺少什么？
对3c-2e键成分分析，类似那个文献那样
计算NLMO
A:
NLMO和这个根本没关系
pop=nboread
末尾空一行写$NBO 3cbond $END
Q:
[图片]这个文献是这样的
那我要是计算nc-2e末尾就写多少，并列的n=3,4,5就用空格隔开吗？
A:
just按我说的做
Q:
OK谢谢老师
A:
NBO 3.1最多只能搜索三中心的，更多中心的必须用Multiwfn做AdNDP分析
Q:
AdNDP分析已经做了，就是想知道45中心的所参加的原子的成分各占多少
A:
做完AdNDP，导出为molden文件，然后再载入Multiwfn，就可以做AdNDP轨道成分分析，跟分析MO步骤一样
Q:
OK
A:
只不过NBO里能表示为NHO、NAO的展开罢了
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2015.10.05 02:25:50
Q:
原则上我们计算出来的E(HOMO），不应该对应电化学实验中的氧化势吧（无论符号）
是我写得不对。其实我想说的是数值不应一致，哪怕计算水平很高
至于HOMO能级越高，氧化势越低，这个是正常的
A:
氧化势严格计算需要计算溶液下失电子的自由能变，-E(HOMO)对其是个近似，基本趋势是其数值越大氧化势越高。差异在于没有考虑其它轨道的弛豫效应、没有考虑溶剂自由能、没有考虑气相自由能热校正。其中溶解自由能这点影响很大。
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2015.10.05 02:25:50
Q:
我还想问问gaussian能不能直接计算某个反应的速率常数的？
A:
自行计算自由能垒或者反应物和过渡态的配分函数，代入到TST公式里算
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2015.10.05 02:27:50
Q:
请问各位老师一个动力学模拟的问题。
我用的是粗粒化模型，跑了七十多万步，然后就挂掉了：错误显示：fatal error: 1 of the 16106 bonded interactions could not be calculaated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.5nm) or the two-body cut-off distance (1.5nm).
然后看结构，发现死掉前的结构断开了，就是蛋白分成了两段....
所以，这应该是某个原子运动过快导致的。
搜google，有些人建议mdrun [options] -rdd 1.6
就是增加maximum distance for bonded interactions.
我增加到1.6，的确有效，程序又跑了很长时间，结果在500万步的时候又挂掉了....
我想请问各位老师，如果用mdrun -rdd 这样增加下去，比如增加到2.0，这样的动力学结果是否依然可靠？
A:
这种情况多半是力场设置或者模拟设定有问题，要不然也不会断开，
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2015.10.05 11:22:00
Q:
老师顺势交叉到反式交叉可以算过渡态吗
A:
什么叫反式交叉？
Q:
类似于正丁烷的顺交叉式和反交叉式
这样的构象翻转可以算过渡态吗
A:
可以啊
Q:
直接从顺到反可以吗，中间的重叠式就是过渡态吗
A:
是
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2015.10.05 12:33:44
Q:
初次学习Fortran求手把手指导：阅读了Fortran90程序设计教程第一章.pdf，并且刚安装了silverfrost ftn95编译器(非正版可以使用么？)。试着采用编译器的Plato窗口的File菜单编辑了一个名叫FreeFormat1.f95的文件(见截屏图)，并用Build下拉的Compile和Build命令产生了FreeFormat1.exe文件(之后没有找到Execute命令:(()。点击FreeFormat1.exe后出现一个黑色窗口，只出现光标但没有提示我输入R的数值。随便输入一个数值拍回车后黑色窗口闪退。情况截屏如下：
A:
在END前面加个PAUSE，要不然程序执行完了自动就关闭了
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2015.10.05 12:39:48
Q:
请问轨道正交化前后密度的梯度会变化么
A:
这个问题不严谨，意义不明
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2015.10.05 12:44:12
Q:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022328X00912774求助文献谢谢
我这边下不了a
A:
已经触犯过一次群规了，上次就求scihub能下的文献
[图片]
下次再求scihub能下的直接踢
Q:
老师我这边今天真的下不了不好意思啊@Sobereva
A:
上面有截图为证
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2015.10.05 12:48:57
Q:
rohf不能做过渡态么？
A:
没二阶导数，改用UHF
Q:
[图片]
用uhf有自旋污染啊
A:
用DFT啊，HF这么烂
很多人老是过度宣扬、夸大、妖魔化自旋污染
Q:
任何方法都能算过渡态
关键是有没有解析导数的问题
Q:
Sob 有时候有一个虚频，也未必是过度太吧
还需要看震动方向
A:
对
Q:
我算了过渡态，每次都变化一点点
A:
有一个虚频，不一定是想要的过渡态，甚至可能根本就不是过渡态
Q:
没办法完全与文献对上
但是都只有一个虚频
虚频数值每次都变化一点
十几个波数的的频率，变来变去都无大碍没反正不是过渡态
A:
对
极有可能只不过是因为几何优化不够彻底，导致的整体转动而已
出现这种情况应当用int=ultrafine结合tight几何优化收敛限再试
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2015.10.05 13:01:59
Q:
请问guassian 能预测反应位点吗？
A:
Gaussian本身只能用某些原子电荷和前线轨道讨论反应位点
更好地讨论需要结合multiwfn才能实现，看群共享里Predicting reactive sites_EN、亲电取代反应中活性位点预测方法的比较
Q:
好的，谢谢[Emoticon]
Multiwfn 这个软件没接触过，有教程之类的文件吗？
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
手册有400页，相关帖子有好几十万字
Q:
感谢感谢。
A:
手册包含80多个教程
每一或两年还会有一次Multiwfn培训班
Q:
这个软件在win下运行？
A:
Win+linux+macOSX
tips博文里都写了，看完就都明白了
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2015.10.05 15:16:19
Q:
请教：当gjf文件这样写进行CCSD(T)下的BSSE修正，可有什么错误[图片]，可是最后得到的（E_A-E_A,bAB）+（E_B-E_B,bAB）不等于BSSE energy，不知道是什么地方出现了问题？
A:
不等于是你读取那四个数值时候没找对
Q:
哦，我再找一下，谢谢sob老师了
[图片] 【活跃】蝶澈分享文件 15:32:04
"water.out" 下载
A:
你这是优化任务啊
Q:
[图片] 【活跃】蝶澈分享文件 15:33:14
"water-energy.out" 下载
A:
你取的是HF能量，必须取CCSD(T)能量
[图片]
2015-10-05 15:35:34
[图片] 删除群动态15:35:33
2015-10-05 15:35:37
[图片] 删除群动态15:35:36
[图片]
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2015.10.05 16:25:56
Q:
Multiwfn的AIM分析中，如果隐藏电子密度小于0.01的BCP?
A:
[图片]
Q:
Thanks
除了用wfx文件，还有没办法令过渡金属和BCP之间产生键径？
A:
全电子基组
Q:
嗯，直接用全电子基组计算过渡金属，准确性会不会比用ECP的小一点？
A:
或者用.fch/.wfn/.molden的时候，从原子的.wfx里把EDF字段借过来描述内核电子
不可能小啊，只要考虑了标量相对论，结果肯定是要比ECP要更准的
Q:
[图片]如果-1之后没有9的选项，说明什么？
A:
版本太老
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2015.10.05 16:55:06
Q:
[图片]优化了一个结构，在炭片上吸附了一个S，正常结束，但是优化后的结构发现炭片翘起来了，请问各位老师这是因为什么呢？应该如何应对呢？
sob劳烦您看看我的那个优化扭曲的问题吧，不知道应该从哪里下手解决
A:
尝试其它计算级别，都这样说明就是这样
Q:
那就是吸附后就是这样的？
炭片是一个活性炭的团簇模型，不能因为吸附了一个S原子就导致了整体的扭曲啊
[图片]一共28个原子
五个碳环
C25上没有氢原子么？
A:
要有正确的化学直觉
哪能让碳直接悬在那
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2015.10.05 17:20:36
Q:
请教一下，对于gaussian09 A01版本是不是不能用jul-cc-pVTZ或者may-cc-pVTZ基组？
A:
对，不能直接写
Q:
哦，那就是说只能用cc-pVTZ和aug-cc-pVTZ基组，对吧
A:
手动修改aug-cc-pVTZ就能用了
Q:
请教，要是在Linux系统下手动修改aug-cc-pVTZ，具体怎么操作呀？
A:
第5节写明了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
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2015.10.05 17:43:38
Q:
Multiwfn 需要和其他软件配合使用的吗？
A:
需要
确切来说是分析工具，你得提供被分析的素材
素材就是波函数，或者几何结构
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2015.10.05 19:15:00
Q:
期待五年后化学奖花落sob老师@Sobereva
A:
[图片]
Q:
中国必须摆脱靠钱来领取诺贝尔奖这样的思路，不是钱，也不是IF就可以拿到诺贝尔奖。如果靠点数来拿奖，我们把SCI排个对下来不就可以颁奖了。
A:
不应把诺贝尔奖看得太重
搞科研的目的不应是SCI也不是诺贝尔奖
终究只是很少一部分人评出来的带有很大主观性的东西
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2015.10.05 19:28:49
Q:
[图片]
98
[图片]
A:
不要太水
Q:
[Emoticon]
[表情]
[图片]
A:
不要频繁发意义不明的图
很多人都很反感
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2015.10.05 19:32:17
Q:
请问我们为什么要计算NBO，算NBO可以干嘛
[图片]
[图片]
A:
看这里的一些综述 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2015.10.05 19:48:24
Q:
老师，有个问题想问一下，[图片]这是我用multiwfn画的DOS图，想知道带隙的具体数值，是不包括这种峰宽的真正的数值，就像紫外谱里那些竖线的那样的数值，类似这种图[图片]，麻烦大家给看看~
A:
对于分子体系，没有带隙(band gap)的概念，DOS图也只是人为地模拟一下而已。gap就用E(LUMO)-E(HOMO)就完了
Q:
从DOS图上中间平平的那一段的精确长度怎么得到呢
A:
导出曲线数据，然后你看数值非常接近0的长度是多少
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2015.10.06 04:28:27
Q:
Fortran入门问题求指导：先用Silverfrost FTN 95的Plato窗口的file-New写了一个名为MYMAX.f95子程序文件，内容如下：
FUNCTION MYMAX(X,Y)
! search for a maxnumber
IF (X>Y) THEN
MYMAX=X
ELSE
MYMAX=Y
ENDIF
RETURN
END
然后用Plato的Build-Compile对MYMAX.f95进行操作(若接下来执行Build则会出现No main, WinMain or LibMain function，所以子程序暂不执行Build)。然后写了名称为MAINMAX的主程序如下：
! The main program of the maxfunction
REAL A,B
READ *,A,B
PRINT *,A,B,MYMAX(A,B)
PAUSE
END
接着对主程序执行Compile,正常结束，然后再执行Build会出现Executable is up to date(我认为这是正常结束的信号).然后点击生成的MAINMAX.exe文件，弹出一个黑色窗口。接着输入1,2后拍回车，则出错信息如下图(输入1 2后拍回车出错信息相似)：
[图片]
若对MAINMAX主程序点击Build下的Rebuild按钮，则出现如下信息：
Compiling and linking file: MAINMAX.f95
WARNING the following symbols are missing:
MYMAX D:\Program Files\Silverfrost\FTN95\lgotemp
(D:\PROGRAM FILES\SILVERFROST\FTN95\MAINMAX.F95)
Creating executable: D:\Program Files\Silverfrost\FTN95\MAINMAX.EXE
Compilation and linking completed.
A:
你用的那个编译器太小众向太诡异了，不建议用。你是XP系统，用CVF6.5或6.6很理想，是非常经典、十分普及的编译器。
你的程序在IVF里能正常编译通过。
另外，建议你看彭国伦的fortran95程序设计，肯定比你看的那本好得多。你的代码的写法不够主流
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2015.10.06 10:02:40
Q:
各位老师请教一下 [图片]这些方法用来分析色散主导的范德华作用合适不？
A:
不合适，这些讨论的都是用于静电作用、轨道相互作用主导的
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2015.10.06 10:05:07
Q:
大神，把gaussview背景变成白色，感觉很模糊啊，怎么就清楚又美观？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
用ctrl+I来保存图像
然后粘贴到其它程序里。或者file-save image file
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2015.10.06 10:13:40
Q:
sob老师，我在转化fchk文件时，出现这个错误是怎么个情况？查看out文件显示正常终止来着。还请sob老师帮我看看
A:
确保所用的formchk和生成chk文件的高斯版本一致
实在不行重新做一次单点重新生成chk
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2015.10.06 10:20:03
Q:
我在gjf文件写入fchk=all，为啥的不到fchk文件呢
A:
在scratch目录下找
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2015.10.06 10:28:37
Q:
老师，有个困扰很久的问题请教您，其中字母分别表示为总能量,零点能,焓变，吉布斯自由能数值，
[图片]
请问从以上数据如何得到下图玻尔兹曼分布的？
[图片]
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
Q:
老师，已经拜读过了，是说用得到的相对自由能和吉布斯能做玻尔兹曼计算。我的问题没问好，是想问如何得到的相对自由能和吉布斯能？
A:
每个构象的吉布斯自由能减去其中数值最低的就是相对吉布斯自由能
Q:
以前理解高斯频率计算数据中的Zero-point correction= A
Thermal correction to Energy= B
Thermal correction to Enthalpy= C 注意这一项不是ΔH，而是ZPE+ΔH
Thermal correction to Gibbs Free Energy= D，
以为其中D就是吉布斯自由能，应该错了，那每个构象的吉布斯自由能是怎么算的呢
A:
[图片]
最后一项
[图片]
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2015.10.06 11:13:45
Q:
[图片]老师，请问上图中能分析得到frag3相比2和4来说易发生跃迁吗？容易发生跃迁与否用什么标准来评判
A:
没法说片段容不容易跃迁
对于电子跃迁，显然是看振子强度
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2015.10.06 11:15:44
Q:
计算化学有反推反应物的作用吗？比如A+H2生成 H2O，然后给A一些限制条件，能通过计算化学推出A是O2吗？@Sobereva
A:
不要反复发问...
发了都三遍了
很莫名其妙的问题
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2015.10.06 11:58:01
Q:
grid密一点有时可以避免小虚频。这个有文献说这个吗？
A:
高斯官方的Thermochemistry in Gaussian末尾有对比讨论
Q:
官方Thermochemistry in Gaussian搜grid没搜到。
http://www.gaussian.com/g_whitep ap/thermo.htm
A:
说错了，是Vibrational Analysis in Gaussian
Q:
默认的opt 配合 ultrafine，能否消掉一些不必要的虚频，特别是对一些高对称的体系。我认为是可以的。但手册里面没有明说。
谢谢sob老师
A:
要用ultrafine建议同时用tight，效果最佳。
对于消除小虚频是有益的
Q:
请问什么全电子基组在计算过渡金属时会考虑标量相对论？
有篇文章直接用6-31g**之类计算铜。
[图片]
A:
肯定考虑不了啊。用什么基组和是否考虑相对论无关，是否考虑相对论效应取决于哈密顿，只不过有些基组适合相对论计算而已
Q:
我只用了ultrafine的grid，但是没有用opt=tight。
A:
铜是第一周期过渡金属，相对论效应可以忽略
也有好处，尤其是对于meta-(hybrid)GGA系列
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2015.10.06 12:13:18
Q:
请教各位老师一个问题:用VASP作第一性原理MD求MSD，可否求得不同同位素的MSD?比如通过加大质量差？？
A:
Days 肯定可以，质量不同，轨迹也不同，MSD也不同
Q:
那用VASP中如何来实现呢？如果计算是不是会很贵？
A:
就是模拟时改个同位素设定就完了，我不熟VASP，但肯定可以改。比起默认设定不会增加任何计算量。
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2015.10.06 12:34:11
Q:
能量计算时加上关键字nosymn，int=grid=ultrafine scf=xqc后与不加的激发态结果有些出入，想请问哪一个的模拟结果比较可靠？
A:
你先对比一下是哪个关键词导致的影响
int=ultrafine肯定比默认好一点
至于scf=xqc，如果产生了影响，先看此时基态能量和默认情况下是否都收敛到了相同值
nosymm原理上不会产生影响
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2015.10.06 12:38:20
Q:
[图片]老师，计算频率出现这样的错误是怎么回事呢
A:
内存不够
Q:
内存？太惊悚了
哦，看到了内存的提示了，谢谢老师
老师，优化几何的时候内存都足够，怎么计算频率就报错了呢
A:
频率计算对内存要求明显高于几何优化
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2015.10.06 13:44:23
Q:
Hirshfeld 和 mullike电荷有什么区别？我想看电荷转移，这两个用哪一个
A:
看群共享原子电荷计算方法的对比
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2015.10.06 13:51:55
Q:
[图片]请教一个问题最近想算NICS 但是程序只能给出chemical shift tensor
就是这个图里面的那个矩阵，我想问怎么通过这个矩阵算出图里面的isotropic 的值？
A:
对角元加和取平均
Q:
谢谢sob！ NICS 是不是这个值乘以-1？
A:
对
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2015.10.06 14:23:13
Q:
老师我在做激发态的wfn 时计算后的结果只有log文件没有wfn文件是什么原因呢而且log文件太大还打不开请老师指点
A:
写out=wfn，末尾空一行写明输出的路径
Q:
老师这个写了其他文件都出结果了只有一个没有wfn文件我检查过应该没问题
A:
看末尾的提示
Q:
就是显示log太大打不开我算了三四遍了还是没有wfn文件还打不开
A:
用ultraedit之类打开
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2015.10.06 14:44:02
Q:
sobereva老师，multiwfn支持度Dmol3产生的density.grd
格式的文件吗
A:
支持
Q:
[图片]
我出现了这个，是我哪里弄错了
A:
所以啊，三个方向格点间距必须相同
Q:
我想了半天，sobereva老师，我这个是现有的MOF材料，单晶数据来的，单晶数据空间群定了，我把a=b=c改成一样的，会不会影响这个材料的结构？
A:
边长除以格点数等于格点间距
三个方向不需要边长一样，但得让格点间距一样，即立方格子
dmol3我不常用，你想办法弄一样了就行
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2015.10.06 15:03:13
Q:
请问，有没有什么方法可以在linux下用高斯生成一个大分子在fine精度的EPS的cube文件呢？windows系统里太慢。
A:
cubegen在windows和linux下速度不会有明显区别
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2015.10.06 15:44:38
Q:
老师 L124错误是什么？
Leave Link 601 at Wed Sep 23 12:04:00 2015, MaxMem= 2147483648 cpu: 96.4
(Enter /public3/home/external/gansu/guser003/Program/g09/l124.exe)
SC-PCM: Using the CI density.
Using charges instead of weights in PCMQM.
SC-PCM: The equilibrium contribution to the free energy is -0.082465598 a.u.
SC-PCM: The total energy including the PCM contribution is -2347.511792721 a.u.
SC-PCM: Erms= 0.48522D-04 Emax= 0.27825D-03 Qconv= 0.10000D-06
SC-PCM: Iterating to achieve self-consistent PCM reaction field, IExtIt= 50.
SC-PCM: Convergence not achieved within 50 iterations ... aborting job.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/external/gansu/guser003/Program/g09/l124.exe at Wed Sep 23 12:04:04 2015.
Job cpu time: 15 days 18 hours 22 minutes 31.8 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 2784 Int= 0 D2E= 0 Chk= 190 Scr= 4
A:
你用外迭代了？
Q:
没有吧输入什么的和其他结构的一样
A:
关键词帖出来
Q:
#p M062x/genecp out=wfn iop(5/13=1) td(root=1,singlet) nosymm density SCRF=ExternalIteration
A:
明显用了外迭代
Q:
老师，何为外迭代？
用scrf=(read,ExternalIteration...)什么的会不会好
ExternalIteration
A:
如果你当前用外迭代是为了得到更好地考虑了溶剂效应的激发能，这么用根本不对
Q:
是不对
都没看到拥挤效应
....溶剂
拥挤效应
[图片]
被溶剂拥挤
干嘛用外迭代啊
那我应该是去掉 iop(5/13=1) 输入其他关键字计算就可以了
干嘛用外迭代啊干嘛用外迭代啊干嘛用外迭代啊
A:
iop(5/13=1)必须去掉，但这未必是导致错误的原因
外迭代如果不清楚怎么用就索性别用
Q:
老师激发态分子算wfn时不用外迭代还是出现了124错误仍然没有wfn文件
A:
别说lxxx错误，看提示分析
Q:
(Enter /public3/home/external/gansu/guser003/Program/g09/l124.exe)
SC-PCM: Using the CI density.
Using charges instead of weights in PCMQM.
SC-PCM: The equilibrium contribution to the free energy is -0.082465599 a.u.
SC-PCM: The total energy including the PCM contribution is -2347.511792722 a.u.
SC-PCM: Erms= 0.48522D-04 Emax= 0.27825D-03 Qconv= 0.10000D-06
SC-PCM: Iterating to achieve self-consistent PCM reaction field, IExtIt= 50.
SC-PCM: Convergence not achieved within 50 iterations ... aborting job.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/external/gansu/guser003/Program/g09/l124.exe at Wed Oct 7 15:47:23 2015.
Job cpu time: 15 days 12 hours 31 minutes 39.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 2784 Int= 0 D2E= 0 Chk= 190 Scr= 4
A:
关键词交出来
Q:
#p M062x/genecp out=wfn td(root=1,singlet) nosymm density SCRF=ExternalIteration
A:
ExternalIteration你翻译一遍
Q:
其实…外迭代到底有什么好处？
A:
更好地考虑溶剂效应
[图片]
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2015.10.06 16:25:20
Q:
[图片]请问各位老师，图中的C和Hg成的是什么键啊？是共价键还是离子键，享用LBO分析键级，但是LBO说明写着适于共价键，所以问问各位老师。
A:
做AIM分析，考察BCP的性质，有很多指标
[图片]
Q:
就是看了说明猜想问问的，这个C和Hg的成键类型是什么样的？
A:
[图片]
Q:
哦哦，还不会做AIM分析[Emoticon]，有帖子吗？
哦哦，还不会做AIM分析[表情]，有帖子吗？
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2015.10.06 16:25:56
Q:
请问，chemdraw能输入小型大写字母么？我找了半天没找到
A:
[图片]
[图片]
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2015.10.06 16:31:00
Q:
我想说，今年还有木有multiwfn的培训，暑假没去成啊，感觉一大憾事，后悔莫及。。。笔记也卖没了，没得买。。[Emoticon]
A:
没有
Q:
还有单独卖笔记这回事？
A:
没有
Q:
sob老师，能发给我一份mutiwfn的培训材料么(ppt)
A:
不公开
Q:
想系统学一学mutiwfn，但是看帖子都是片段串不起来
A:
手册啊，原理、实例都有
Q:
那有付费可以得到也可以
有中文手册么
A:
前年第一届的幻灯片在官网上有，但是是英文版。今年第二届的完全重做了一遍，内容有很大不同
没有
所有资源在这里都汇总了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Q:
我看过里面关于aim和nbo的帖子，但是感觉在对数据分析不够详细，多举例子或许更容易让新手模仿如何去更好运用该软件(个人看法，大牛勿喷)
多数情况会面临算出数据但不知如何去分析的情况@
A:
AIM学习资料和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
NBO分析资料汇总
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
资料已经提供得足够丰富了
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2015.10.06 18:15:35
Q:
老师，怎样才能在VMD中删除一个原子呢
A:
没办法
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2015.10.06 22:09:12
Q:
sob老师您好，我是计算配合物荧光的，实验得到的荧光谱图显示出现两个峰，但是我用计算模拟出来的是一个峰（我优化的是第一激发态s1，计算完毕后，我将除了s1以外的state，振子强度f都改为0，然后导入GV5作图，发现只是一个峰）。请问如果我想模拟得到两个峰的话，应该如何处理呢？
Zou, L. Y.; Ren, A. M.; Feng, J. K.; Liu, Y. L.; Ran, X. Q.; Sun, C. C. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 12172– 12178zhficcas[图片]求一篇
[图片]
A:
先考虑另一个峰是怎么来的，比如是不是S2来的，计算一下激发能对比就可以确定。
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2015.10.06 22:09:12
Q:
[图片]请教一下，该图是不是说明[图片]中O-H键与O之间的氢键被削弱？
哦，那你分析这种图形不，电子密度差图
就是问的在线的各位老师
哦哦，那也谢谢你
A:
不是这么解释。因为之前就不存在氢键，所以没法说对它削弱了。应该说形成氢键，导致电子结构怎么变化。
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2015.10.06 22:42:06
Q:
我想问一个很基础的问题，Linux下高斯的系统的默认参数怎么看！请问哪位可以帮忙回答一下，谢谢
比如不指明的时候一个COM文件用几核运行，默认运行时内存
A:
默认单核，除非你在default.route里面设默认参数
Q:
Win下我能找到default.route，但是Linux下我找不到default.route这个文件，那是不是就意味着单核。
A:
Default.Route就在g09目录下。如果没有自己写一个
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2015.10.07 06:38:27
Q:
[图片] 建议更新一下链接
A:
看最新版手册，链接早就更新了
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2015.10.07 10:54:22
Q:
[图片]
A:
别老发这图了
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2015.10.07 10:57:19
Q:
请教各位一个问题，我下载的pdb文件用discovery studio突变了两个氨基酸，这两个氨基酸在我关心的活性区域内，接下来想做蛋白质与小分子的对接，及动力学模拟，是否需要将突变以后的蛋白质先单独进行下动力学模拟，再对接。
A:
可以先单独做做，看看结构变化多大
Q:
如果比较结构变化情况的话，是不是不需要加抗衡离子和溶剂呀？
只单独模拟下蛋白质？
A:
是的
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2015.10.07 13:45:22
Q:
请问自由价FREE VALENCE可用来描述自由基反应的哪些性质？，比如，反应活性位点还是别的性质之类的。
另外，怎么计算可得呢？
A:
反映不了这些，只是表明原子还有多少闲着的单电子可以用于成键
Multiwfn计算Mayer键级的时候会显示
Q:
那对于分子来讲，就没有自由价一说了？
A:
闭壳层体系自由价为0
Q:
恩恩。
多谢。
请问这个用高斯可以计算出结果吗
就是说分子中的每个原子都会有一个数值，像分子中各个原子所带电荷分布那样吗？
A:
对
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2015.10.07 14:19:39
Q:
老师，请问NBO分析的结果是否可以用来判断化合物中某个键的稳定性，一般按什么方法选取轨道进行分析？
A:
没法简单地基于那个判断
对于同类键，计算键级进行比较
Q:
是否可以选取两个轨道看其重叠程度来辅助判断
A:
更没法判断
键级的一些讨论见群共享 Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space、Multiwfn与波函数分析简介(2015-Jun-11)
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2015.10.07 14:31:17
Q:
Gaussian在末段都会有一段至理名言么..[图片]
A:
高斯有个名言库
Multiwfn启动的时候也会随机显示信息，也是有相应的库，随机抽一个
----------------------------------------------------
2015.10.07 14:33:56
Q:
高斯opt收敛结束之后，把每步的E画出来，发现收敛的结构的能量并不是优化过程中能量最低的，这样的结果是否能用？
A:
跑到了局部极小点呗
Q:
把能量最低的拉出来减小步长再跑？
A:
对
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2015.10.07 15:05:11
Q:
我的体系元素只含有Sb和Au,目前优化用的方法和基组分别是B3lyp/SDD,现在要用Multiwfn做CDA，老师您觉得这个方法和基组怎样？有什么建议吗？谢谢！[Emoticon]
我的体系元素只含有Sb和Au,目前优化用的方法和基组分别是B3lyp/SDD,现在要用Multiwfn做CDA，老师您觉得这个方法和基组怎样？有什么建议吗？谢谢！[表情]
A:
没问题
Q:
恩[Emoticon] 好的！谢谢老师！[Emoticon][Emoticon]
如果是从计算效率和质量上来考虑，请问您推荐的计算方法和基组是？
A:
最low：都用lanl2DZ
不错：Lanl2TZ（Au）+Lanl08（Sb），或者都用SDD
理想：Lanl2TZ(f)+Lanl08(d)
我是对DFT而言的，后HF另当别论
Q:
后HF用cc-pVTZ-PP？
A:
low就cc-pVDZ-PP，或者def2SVP
好点就你说的，或者def2TZVPP
----------------------------------------------------
2015.10.07 15:25:15
Q:
大神，运用oniom方法[图片]
添加溶剂之后，好几天都收敛不了，怎么办？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
不加溶剂，很快就算完了
A:
还是老生常谈的解决不收敛的方法
----------------------------------------------------
2015.10.07 15:31:19
Q:
研究含有Fe Cu N B O H 元素体系的化学反应，目前方法是 DFT/ubpw91/6-311+G* 太慢了！哪位大侠推荐一个好的计算方法！
A:
BP86或B3LYP
主族def2SV(P)或6-31G*，过渡金属lanl2TZ
Q:
还有过渡金属 lanl2TZ 是不是 lanl2DZ 改成 T 即可哟？老师
A:
自行去EMSL拷定义
Q:
自行去EMSL拷定义中的 EMSL 在哪里？
A:
https://bse.pnl.gov/bse/portal
----------------------------------------------------
2015.10.07 15:36:56
Q:
对于B3LYP，我的体系的磁性计算准确不？[图片]老师
A:
磁性具体指什么？
Q:
请问alpha-CH2-CH2-beta这样的双自由基会有EPR信号吗？
A:
能算
Q:
alpha-ch2-ch2-beta表示左边碳带一个alpha电子，右边带beta电子
A:
应该没有
Q:
那EPR是否有信号的得是总自选是不是0吗
A:
对
----------------------------------------------------
2015.10.07 15:46:26
Q:
老师，请问您在284中提到的这幅图[图片]，是怎么画出来的呀？
A:
multiwfn手册4.18.1节
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2015.10.07 15:51:37
Q:
请问Sobereva老师文献中的IrO2+中的O-Ir-O键为180度，为什么我使用同种基组和方法优化出的结构为129度呢？是文献不正确吗？
A:
或许
----------------------------------------------------
2015.10.07 16:14:50
Q:
同样的输入文件，在同样的机子算，能量的计算结果是不是有可能有微小的差别
A:
并行的话会如此
Q:
如果不是并行，我自是只是在不同的时间段进行这样的计算，是否也会出现这样的情况？
难道只用了一个核上的一个线程？
A:
不会
除非你做的是诸如量子蒙特卡罗之类，本身涉及随机数
Q:
那在不同的机子算呢？
我试过同一台机器上linux和windows系统算出来的最后一位不一样
A:
那极可能会有微小差异
Q:
***.*******38和***.*******40这样的
A:
这是必然的
----------------------------------------------------
2015.10.07 16:20:13
Q:
大神，用oniom方法时，用IEFPCM还是CPCM溶剂模型？哪种溶剂模型计算的更快更省时间?[表情][表情]
A:
半斤八两
一般用SMD
----------------------------------------------------
2015.10.07 16:50:47
Q:
娃娃，你用过multiwfn么
是不是要配合另外一个软件用呢？我打开multiwfn，是那种很原始的界面，就是自己输代码的界面
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
----------------------------------------------------
2015.10.07 17:03:49
Q:
各位老师，请问我使用oniom模型进行计算时，最后体系的总能量是用： SCF Done[图片]的能量呢？还是最后输出的HF的能量呢？[图片]发现两个能量不同额。谢谢各位老师
A:
哪个都不是。
取ONIOM: extrapolated energy。这也是gview的summary里显示的能量
----------------------------------------------------
2015.10.07 17:05:31
Q:
咨询一下，这个pai-conjugated和pai-stacking 是一会事吗？有什么区别吗？谢谢指点
A:
不是一码事。pi共轭在结构化学或者有机化学书里都讲。pi-stacking就是pi-pi堆积，是有pi电子体系（一般都是芳环体系）之间的一种分子间作用类型，是pi共轭区域与pi共轭区域大面积接触。
----------------------------------------------------
2015.10.07 18:12:31
Q:
我都不知道你说的是啥啊？我是原始人啊。
建议你看黑子的篮球，三部，特别好看。
A:
[图片][图片][图片]
前两天刚说完
----------------------------------------------------
2015.10.07 18:15:54
Q:
老师，有没有可能考虑到ZPE后，过渡态的能量不是最高的了呢？@Sobereva
A:
可能啊，少算了一个振动模式，ZPE自然比极小点要小
电子能垒很低的情况这很常见
Q:
那这样的话如果需要作反应路径图的时候，是用E作为纵坐标还是用E+ZPE作为纵坐标好点呢？
A:
用电子能量或者用自由能
可以都给出
----------------------------------------------------
2015.10.07 21:06:24
Q:
我有fchk文件，怎么用gaussian 09v将其转换为Cube文件呢
[图片]
A:
cube格式只是个容器，取决于你要算什么函数的cube文件。
用Multiwfn载入fch进主功能5产生cube文件，算什么函数任选，近百种函数
Q:
该怎么输入命令呢
[图片]
这里的prompt 1% 和后面的40 h是什么意思呢
我早都知道你的Multiwfn ，但是我也做实验的，理论计算我只懂一点皮毛
我只会用高斯做简单的运算
你的Multiwfn哪儿可以下载啊
A:
搜索啊
无论是百度还是google第一条就是啊
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
----------------------------------------------------
2015.10.07 21:07:55
Q:
请问各位高斯报这样的错是什么原因呢？
Leave Link 202 at Wed Oct 7 03:38:11 2015, MaxMem= 1342177280 cpu: 0.0
(Enter /home-gk/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l301.exe)
General basis read from cards: (5D, 7F)
======================================================================================================
Pseudopotential Parameters
======================================================================================================
Center Atomic Valence Angular Power
Number Number Electrons Momentum of R Exponent Coefficient SO-Coeffient
======================================================================================================
Unrecognized potential number 6 in GetPot.
Error termination via Lnk1e in /home-gk/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l301.exe at Wed Oct 7 03:38:13 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 7.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
A:
赝势设定可能不对
Q:
%mem=10GB
%nproc=16
%chk=./s.chk
#P BP86/genecp scf=conver=6 out=wfx
Generated by Multiwfn
0 1
S 6
S
6-31G*
****
./s.wfx
这是输入
A:
没定义赝势还写genecp]
Q:
那我只写BP86就可以了对么老师
A:
直接写BP86/6-31G*就完了
Q:
# b3lyp/6-31G opt=(ts,noeigen,calcfc) freq gfinput scfcyc=300命令用这个合适么
A:
6-31G太烂
scfcyc=300不要写
Q:
老师你推荐个机组吧
没有(d)怎么行
A:
[图片]
[图片]
Q:
问下sob老师，SVP基组是不是就是def-SVP呢，但是在高斯里面是SVP，对不对。
A:
是
----------------------------------------------------
2015.10.07 21:12:22
Q:
[图片]sob大神，我想算一下氢原子向羧酸根转移的过渡态，请问H和羧酸的O原子的距离和键角设置多少合适
？
A:
取两个氧正中
----------------------------------------------------
2015.10.07 21:42:58
Q:
[图片]，这是multiwfn manual 中对电子密度差的解释，能否再具体点？
A:
还怎么具体？
Q:
如[图片]，同一原子中电子密度有增加，也有减少，如何解释？
A:
很正常嘛，被极化了，所以有增有减
电子某些区域增加了，必然伴随着某些区域的减少，否则不平衡
----------------------------------------------------
2015.10.07 21:52:43
Q:
[图片]这个问题该怎么解决呢？请高手帮忙看看
A:
用Multiwfn不就完了，操作比这简单多了，都不用记命令行
速度还比cubegen快N倍
有了Multiwfn，cubegen >90%的价值已经不存在了
Q:
[图片]
怎么又两个我该下载哪儿
好，我下载开始用用你的这个软件
A:
[图片]
博文都写了啊
Q:
[图片]
sob 接下来我该怎么弄呢
A:
手册4.5节，都是主功能5的使用例子
格点数据算完了选导出cube文件就完了
Q:
好，我来看看手册
看了手册，还是一头雾水
现在我就想把这个fchk转换为cube 然后看看HOMO，LUMO
A:
details 用主功能0就完了
一进去自然而然就知道怎么看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2015.10.07 22:06:59
Q:
Sob 老师，我刚刚在 Gaussian 09 D01 上试了试 def2-TZVP 基组，结果语法错误……
[图片]
A:
def2TZVP
Q:
哦哦，谢谢！
如果要在 def2TZVP 上加弥散，是不是用
ma-def2TZVP 呢？
A:
高斯不支持这么写，得手动去改，或者到truhlar它们网站上下载
http://comp.chem.umn.edu/basissets/basis.cgi
----------------------------------------------------
2015.10.07 22:11:04
Q:
麻烦求篇老文献 http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cr00005a007
DOI: 10.1021/cr00005a007
Marshall D. Newton
A:
[图片]
违规一次，已记录
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.07 22:14:12
Q:
那也就是说，G09 默认的 def2 系列基组是不带弥散的咯。
谢谢！
A:
[图片]
Q:
谢谢Sob 老师的详细介绍！
报告Sob 老师，红框内是不是笔误？
应为 (n-1) 吧？
[图片]
A:
笔误
Q:
了解～
A:
刚才还发现个笔误
[图片]
这里应该没有点
----------------------------------------------------
2015.10.07 22:30:09
Q:
很好奇sobereva是什么意思
sober eva
百度了一下，sober意思是头脑清醒朴素的冷静
清醒的新世纪福音战士[Emoticon]
eva意思查不到的
A:
evangelion
----------------------------------------------------
2015.10.07 22:49:45
Q:
请问下高斯计算出现这样错误是什么原因？
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link 601 at Wed Oct 07 23:10:13 2015, MaxMem= 134217728 cpu: 0.0
(Enter E:\G09W\l9999.exe)
1|1|UNPC-CFD-A|SP|UBP86|6-31G(d)|H1S1(2)|ADMINISTRATOR|07-Oct-2015|0||
#P BP86/6-31G* scf=conver=4 out=wfx||Generated by Multiwfn||0,2|S,0,0.
307025018,1.086232844,7.88477464|H,0,-0.89313078,1.704791459,7.8852354
38||Version=IA32W-G09RevD.01|HF=-398.7600325|S2=0.752081|S2-1=0.|S2A=0
.750001|RMSD=3.690e-006|Dipole=-0.3811995,0.1964697,0.0001464|Quadrupo
le=0.9026644,0.2769824,-1.1796468,-0.4386141,0.3950124,0.7681406|PG=C*
V [C*(H1S1)]||@
Input section not terminated by blank line.
Error termination via Lnk1e in E:\G09W\l9999.exe at Wed Oct 07 23:10:13 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 2.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 35 Scr= 1
A:
输入文件格式不对，大抵是莫为部分
大抵是末尾部分
Q:
%mem=10GB
%nproc=16
%chk=./s.chk
#P 6-31G* scf=conver=6 out=wfx
Generated by Multiwfn
0 1
S 6.43717400 -0.70816400 -0.06945500
S
6-31G*
****
./s.wfx
这是输入文件
空格太多么？
A:
%mem=10GB
%nproc=16
%chk=./s.chk
#P B3LYP/6-31G* scf=conver=6 out=wfx
Generated by Multiwfn
0 1
S 6.43717400 -0.70816400 -0.06945500
c:\t.wfx
----------------------------------------------------
2015.10.08 09:30:54
Q:
请问sob老师，用multiwfn计算不同电子态的电子电子密度差时，激发态不需要优化吗？@Sobereva
[图片]
我看这个实例采用的是基态的垂直激发，而不是优化之后的激发态构型啊
A:
不能优化，否则坐标就都不对应了，必须只用同一个结构
Q:
谢谢sob老师，那就是说只能用垂直激发的激发态电子密度减去优化后的基态密度了？是不是都要加上nosymm？ @Sobereva
A:
先优化基态，然后用激发态密度减去基态密度
不用加nosymm
Q:
好的谢谢sob老师，那如果想计算电离前后的电子基态的之间电子密度差，可以得到吗？
A:
可
这根计算福井函数一样，手册4.5.4节有实例
Q:
请问怎样得到呢？如果分别优化S0和D0态，不是坐标会变化吗？@Sobereva
A:
当然不能分别优化
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2015.10.08 09:30:54
Q:
算反应能垒：
1、E（过渡态）-E（反应物1）-E（反应物2）……
算反应能垒：
1、E（过渡态）-E（反应物1）-E（反应物2）……
2、E（过渡态）-E（跑IRC得到的结构进一步opt优化得到的结构）
哪种更合理呢，一般采用哪种做法呢
A:
/aini E(过渡态)-E(反应复合物)，也就是2
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2015.10.08 09:30:54
Q:
大家好，想请教大家一个问题：[图片]这样的图中虚化部分是通过怎样的方式处理的呢？
谢谢小的用的是chem3D ，不知道怎么处理[Emoticon]
谢谢小的用的是chem3D ，不知道怎么处理[表情]
看Supporting information 确定是CYLview
我用3d不同原子显示不同颜色好像并没有设置过，具体怎么设置也并没有探究过，抱歉[Emoticon]
A:
CYLview里可以设定景深
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2015.10.08 09:46:09
Q:
sob老师，MS里Dmol3可以计算液体的介电常数吗？
sob老师，MS里Dmol3可以计算液体的介电常数吗？@Sobereva
A:
不知道，估计不能
Q:
恩，我也没找到相关的性质关键词
A:
介电常数可以通过动力学模拟获得，量化上没听说有办法能得到
Q:
奥，CASTEP模块有一个光学性质，里面有介电常数
我做的这个物质没有实验数据
A:
那个就不是算液体了
Q:
是算固体的吗老师
A:
恩
Q:
奥，那就只能通过动力学模拟获得了？
A:
恩
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2015.10.08 09:51:13
Q:
sob老师，frozen core basis set和effective core potential basis set差别主要在哪里呢？
A:
没听说过frozen core basis set
冻核是后HF计算时候的设定，和基组没关系
顶多说基组是否能充分考虑核相关
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2015.10.08 10:32:39
Q:
小的也想问一个蠢萌的问题[Emoticon]有过渡态到产物释放71kcal/mol能量的反应是极易实现还是？[Emoticon][Emoticon]望老师可以指点小的一下[Emoticon][Emoticon]
A:
看正向反应势垒
Q:
老师，我的正向能垒是8kcal
然后产物与过渡态差距太大[Emoticon]
A:
还算容易反应
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2015.10.08 11:11:20
Q:
老师，在用Multiwfn画DOS的时候。在手册的4.10中例子[图片]这个px atomic orbital是什么意思，在绘制DOS的时候，可以单独的画出某个元素的P轨道，或者d轨道吗？
A:
px原子轨道，结构化学书里都讲了
可以画
Q:
也是在手册4.10里吗？老师，能具体一点给我点资料自己去看看怎么画吗？
A:
先把手册的例子看完
注意理解例子，举一反三
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2015.10.08 11:32:09
Q:
请问sob老师，我按照4.5.4中的描述计算出的电子密度差如图所示，能否说明亲电反应容易发生在N和对位的C上？
[图片]
@Sobereva
A:
能
Q:
或者是能否说明当发生光电离的时候，电离主要发生在N原子上，而不是发生在苯环上？
A:
得看光子把哪个轨道的电子打跑，需要考察相应轨道的分布
你当前做的图只是说电离后（不管从哪个轨道电离），电子密度经过充分的弛豫后，相较中性状态下密度的变化。
Q:
请问sob老师，这张图能否间接说明当发生光电离的时候，电离主要发生在N原子上，而不是发生在苯环上？但是计算密度差的时候，并没有对离子基态进行构型优化，能说明这个问题吗？
A:
电离是瞬间的事（垂直电离过程），核运动远比电离过程要慢，不需要优化
如果你就是想考察核弛豫后相较中性时电子分布的变化，应该用原子电荷求差，而没法作密度差图
Q:
哦谢谢您，那理论上来说，这个图是不是也能基本反映电离发生在哪个位置
A:
前面已经说了
Q:
老师好，想请教一下这个动画是怎么做出的
A:
VMD
Q:
请问sob老师，如果用multiwfn作等值线图时，怎样确保所画的分子的坐标平面值XZ平面？就像您的例子里面所说。[图片]
A:
病句
要画哪个面就选哪个面
Q:
但是怎么确定我想研究的苯环就是在xz平面呢？[Emoticon]
A:
进主功能0看结构
Q:
嗯嗯那我怎样调节可以出现这样呢？
[图片]
发错了不好意思
[图片]
怎样在作图的时候调节结构，能出现图中那样z坐标都为0呢？
A:
没必要那样啊。
如果要作图的平面不在笛卡尔平面上，就用三个原子定义作图平面
Q:
[图片]
奥奥老师是这个功能吗？
define by 3 points
A:
用4啊
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2015.10.08 12:09:39
Q:
老师，当我在确定体系属于电荷转移激发、里德堡激发之后，我在优化体系结构的时候，请问是不是一样可以用M06-2X和wB97XD泛函呢？就是像这个样子[图片]
A:
可以。
但你优化S1没必要算50个态，这样太慢了。用默认一般就够了。
可以
不过你只优化第一激发态，没必要用那么贵的基组。TZVP就足够了
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2015.10.08 12:30:49
Q:
请问您的书什么时候出版啊？
A:
不知道。今年没时间写了
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2015.10.08 12:41:55
Q:
sob老师的书有计划具体出版时间了吗？有点迫不及待[Emoticon]
A:
无
干事随心所欲，没有这种schedule的束缚
想到干什么就干什么
出书的优先级没那么高
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2015.10.08 12:51:30
Q:
Sob在前几天提到：做AIM分析，考察BCP的性质，有很多指标
[图片]
[图片]
[图片]
[图片]
这些图都在会议资料里面吗？还是又补充的新内容？
A:
V/G是后加的，其它都在暑期班的幻灯片里
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2015.10.08 12:54:32
Q:
可是最后一个ppt，我们手里的打印版好像没有到212页呢
A:
在打印版讲义51页
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2015.10.08 14:56:49
Q:
http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/谁那能下这个GAMESS配套的看图软件，或者谁有能传一份吗，我这一直下不了，谢谢，Windows版的
A:
传群共享了
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2015.10.08 15:11:37
Q:
754274923 这个号别老发垃圾邮件了
A:
什么垃圾邮件？如果确有此事就踢
最好能有个截图
Q:
一个个QQ炫舞玩的熟练无比，却打不开一个cmd
截图也太简单粗暴了...
A:
我是说垃圾邮件的截图
A:
经核实，754274923给群里的人私下发邮件宣传商业性培训，已被管理员踢出。
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2015.10.08 15:33:49
Q:
各位老师，根据文献猜测反应过程中可能出现六氯苯负离子，高斯优化后的构型是这样的[图片]，键都断了，是说明不存在吗？谢谢@Sobereva
A:
跟中性状态进行对比，看看键长变化多少
Q:
Protein 是的，感觉是直接成环己烯了
好的
中性条件下1.7，现在是1.9 请问老师这样可以吗
A:
关键词怎么写的？
当前得到的结构是D6h么？
Q:
老师，抱歉，我刚刚开始学习，请问您说的关键词和构型从哪里看
老师，我的关键词：%chk=C:\G09W\HCB-1.chk
# opt b3lyp/3-21g geom=connectivity
A:
用b3lyp/6-31G*
Q:
电荷-1，多重度1
好的，我试下，谢谢老师
10分钟左右吧
A:
用
B3LYP/6-31G* opt freq
-1 2
六氯苯中性状态是D6h，你先把结构随意扭曲一下，并且让平面破坏，然后再优化，省得强行限制到了高对称性。最后检查有无虚频。
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2015.10.08 15:47:23
Q:
老师：您好！在拜读您的"使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键"一文中，您说AdNDP对基组的依赖性很小，即使在Sto-3G这样低级别的基组条件下也能得打很好的结果，我想请问一下：一般来说，我们进行优化的时候使用的基组都比较精确，比较大，那么对于使用AdNDP 分析的时候，您是建议是直接用高的基组得出来的结果进行分析呢？还是在高的基组优化的结束的基础上，再用低基组进行优化，然后用这个低基组优化得出的结果进行AdNAP分析呢？您的建议是？
谢谢老师！
[Emoticon]
A:
没必要再刻意换回小基组。
优化用不着大基组，只有算能量才有必要用大基组
一般的基组诸如6-31G*下做AdNDP就够了。
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2015.10.08 16:04:51
Q:
sobereve老师什么时候还开班？我们这里有几个学生想去学波函数分析。
A:
大概明年下半年
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2015.10.08 16:05:38
Q:
如果对含CuCNHBr的分子用全电子基组6-31g**，是否直接在命令行写 6-31g**？？？
A:
是
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2015.10.08 15:48:35
Q:
老师，我在做复合物轨道图时提示这个错误是什么原因？
[图片]
A:
计算片段用的基组和复合物计算的时候不严格一致
Q:
可是计算片段时候如果基组不变，计算不收敛
A:
那就复合物计算时候也相应地改
基函数数目对不上没法做CDA
Q:
[图片]老师，这项是要考虑电子极化么
A:
你先把手册里CH3NH2的例子弄明白
比如让片段的alpha数加和等于体系alpha电子数，beta加和等于体系beta电子数
Q:
我这就去学例子
[图片]这图···完全出乎意料啊··
A:
慢慢调
不可能一上来就正合适
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2015.10.08 16:17:11
Q:
向各位老师请教一个问题 Alhrichs基组def2-TZVP加aug类型弥散在高斯里面应该怎么写
直接写aug-def2TZVP高斯不能认
A:
自行去EMSL上把aug-cc-pVTZ的弥散拷过来，基组写gen，自定义基组用def2TZVP的时候顺便加上
不知道怎么添加额外的极化或弥散函数看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.10.08 16:47:57
Q:
请问，怎么分析轨道成分，如HOMO中s成分占多少
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2015.10.08 16:57:08
Q:
[图片]
老师这个轨道成分这么大，是不是都不对啊
A:
别管ECDA，先看看CDA的数值是否全都正常
这种结果应该也是有问题
Q:
[图片]
这是CDA的数值
A:
有问题
Q:
是因为我的体系太大了么·
还是我的高斯计算是错的呢
A:
计算有问题
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2015.10.08 16:59:30
Q:
sob老师请问引用multiwfn的文章合集在哪儿下载呢记得以前下过 @Sobereva
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=411
现在将近800篇了，等凑够1000篇再发一次
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2015.10.08 17:03:18
Q:
我也不会啊，这日文...高深莫测的@牛魔王
A:
与其费劲肯那点基础的日文资料还不如搜索有用的英文资料
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2015.10.08 17:04:03
Q:
如果做AIM分析时，想只显示某些原子参与的RCP和CCP，可以怎么设置？
A:
自行把不想要的临界点都删掉。
或者用VMD绘制，绘制的时候selected atom只对应于你想看的那些临界点。
删掉前可以先把临界点导出，省得删完了就没了
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2015.10.08 17:06:46
Q:
老师...想请教一下是否有维基百科的中文网址..我之前的打不开...谢谢啊...
维基百科还有中文网址? 又out了
A:
翻墙就能打开了
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2015.10.08 17:10:48
Q:
请问sob老师电子云密度图可以表示一个分子的配位能力吗？
A:
不能
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2015.10.08 17:12:47
Q:
老师这个问题我也想知道如何定量描述配位键的强弱？能量化嘛
A:
没有专门的参数
但可以考察静电势、局部软度、ELF或LOL函数（比如孤对电子的ELF盆的布居数）等
严格描述就计算配位键键能
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2015.10.08 17:58:20
Q:
老师，关于AdNDP 怎么合理的设定ON值？？是残留值越小越好吗？？
A:
什么叫合理的设定ON值？
Multiwfn做adndp的时候，把你要挑的挑出来就完了
不同挑的方式有的合理有的不合理
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2015.10.08 19:37:16
Q:
这个ca.是啥意思
A:
ca.=circa 大约
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2015.10.08 19:48:14
Q:
[图片]请教各位老师，如图表示的是在加电场和不加电场的情况下两个分子体系的电子密度差图。从图中是不是可以分析得到分子间的O-H和O之间的氢键作用变弱了？还是说明什么？
恩，回答过，但那是没有加电场情况下的，跟加了电场的情况是一致的吗？
这就是说的就是原来就有氢键存在的，但加了电场之后氢键会怎样变化
A:
有可能增强，建议你算算原子电荷，看看是不是H和O的原子电荷差异变得更大了，这样的话表明静电作用会更强
也可以算算BCP的势能密度来考察一下
Q:
[图片] 请教，这里面说的是哪个O-H键之间的作用？是红色椭圆标注的O-H键吧？
A:
然
Q:
恩，照这样分析，是不是共价作用和氢键之间的静电作用不能用同样的方式分析？
A:
然
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2015.10.08 19:56:35
Q:
请教各位老师，高斯里面体系的electron density transfer 如何计算？
A:
片段电荷求差值
片段电荷=片段内原子电荷加和
你这个问题不够具体
Q:
电荷密度差用来反应相互作用强弱，直观么？
反映
我看物理凝聚态计算时候经常把电荷密度差叫差分电荷密度，并且加矢量符号。这有什么深意么？
A:
其实我特讨厌电荷密度差被叫成差分电荷密度
5个字的非要写成6个字
Q:
我是想看HOMO LUMO，然后判断电子转移方向
A:
electron density difference
Q:
文献中报道中基于absolutely
localized molecular orbitals分析电子密度转移与基于布居分析得到的电荷转移之间的差别是什么呢？
A:
不看具体文章没法说
Q:
Sob老师，您说的electron density transfer计算为：片段电荷求差值
片段电荷=片段内原子电荷加和如以中性的水二聚物为例，想求两个水分子之间的电子密度转移。如果应用上面的算法那么二者之间的电子密度转移应该是零吧？可是文献中报道电子密度转移是2.3me.
A:
这种情况要对形成二聚体之前的情况求差值。形成之前单体的净电荷为0，所以水二聚体的电荷转移量就是水分子的原子电荷加和。
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2015.10.08 20:41:39
Q:
请问一下，想画一个这样的[图片]填色条，能用什么软件画，谢谢！
A:
绘制NAO轨道图形就行了
把VMD的color bar设定界面截图，把色彩刻度条抠出来，ps一处理就行了
Q:
我试试
A:
不会就用powerpoint也能干
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2015.10.08 20:55:02
Q:
请问AIM的环临界点是否必定出于构成环的原子所确定的平面上，或至少离这平面很近？
就像单环芳香化合物的RCP是否就在芳香环构成的平面上？
A:
如果周围化学环境如果是上下对称的肯定是在环平面上
平面单环RCP总是离环平面较近
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2015.10.08 21:11:25
Q:
最近在看有机化学，有个问题不懂。是不是只有周环反应才需要满足轨道对称性条件，而离子型反应和自由基反应不需要满足这个条件？
A:
不用管那种条件
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2015.10.08 21:13:56
Q:
最近可有高级班？
A:
无
好事多磨
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2015.10.08 21:14:41
Q:
好吧
A:
[Emoticon]
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2015.10.08 21:25:37
Q:
那AIM的笼临界点（CCP）必然会接近笼中心吗？
A:
否
[图片]
可见CCP都到边缘了
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2015.10.08 21:37:11
Q:
老师，我在自己笔记本上做一个比较复杂分子（含56个原子）的优化，优化了有超过24小时，还是没能收敛。也不知道这个趋势如何？老师有什么建议吗？
[图片]
[图片]
A:
胜利就在眼前
Q:
[图片]
仍然还有两个No
A:
再跑20步，还没收敛发生震荡就gdiis,maxstep=5,notrust
Q:
老师，如果后面收敛了，还需不需要做频率分析？还是直接认为是最优结构？
A:
不用做
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2015.10.08 23:05:49
Q:
老师：您好！我现在在看您那个“谈谈轨道成份的计算方法”的帖子。里面的“由于第三个和第五个壳层的贡献分别和第4号、第8号基函数贡献相同，也就是说在此MO当中氧的2px和2pz的成份都为0。 ”这句话，没看明白。我目前的理解是：第三和第五壳层的贡献分别是40.46960%
， 26.06437%（我是从这里看到的[图片]），第4号、第8号基函数贡献： 40.46960%， 26.06437%（我是从这里看到的[图片]）。不知道我这样读是否正确，请老师指点。[Emoticon]
A:
p壳层包括px,py,pz，3号P壳层的贡献和四号基函数(PY)相同，自然说明这个壳层里PX、PZ的贡献为0。
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2015.10.08 23:43:19
Q:
请教一下各位，高斯能算表面张力吗？
我看那个文献有算的，也不知道怎么算的
A:
做分子动力学模拟就能得到，模拟个盒子，通过三个方向压强直接就能换算出来
量化只能计算一些描述符，比如分子表面静电势定义的一些描述符，然后靠QSPR方程来得到表面张力
即曰：量化只能算单分子对应的一些量，然后靠经验关系近似得到表面张力等宏观性质
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2015.10.09 00:38:29
Q:
请问有没办法确定AIM分析的笼临界点与哪堆原子密切相关？就像BCP可以通过键径与核临界点相连
A:
不能。CCP的拓扑路径只能连到RCP上
倒有个考察办法是用源函数，可以计算不同原子空间中的电子对指定某个点（如临界点）的电子密度的贡献
有兴趣可以看手册4.17.5节，不过做那个积分比较耗时
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2015.10.09 00:46:47
Q:
印象中CISD，CISDT，CISDTQ这几种方法的计算量和体系大小呈现出指数级的关系，但每一种具体是在什么范围可否讲一下？谢谢了
A:
[图片]
Q:
CISDTQ也太吓人了
大家觉得这几年哪种新方法比较给力，除了scs-mp2,未来的方向是啥？
A:
SCS-MP2也有些问题，比如计算势垒并不比MP2好
双杂化泛函是大势所趋
不过到了DSD-BLYP，继续发展潜力也很有限
Q:
好像双杂化这波也快过去了
A:
不会有飞跃式的进展
也就是效率层面上进行各种改进
比如gCP这玩意儿就不错
还有sTDA这种东西也不错
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2015.10.09 08:43:28
Q:
老师：再请问一下您，在您的帖子“”[图片]中，您提到[图片]，还有就是您上次说的[图片]，我的体系在优化过程中，没加loose之前出现了这中情况：输入文件是[图片][图片]
，[图片]但是还是没有正常结束，请问您觉得就取我现在这个结果进行CDA 分析，可以吗？还是我加上loose后，看看结果，如果正常结束。就用loose正常结束的结果用于CDA分析。老师：请问您觉得呢？您的建议是？
A:
已经收敛得够充分了
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2015.10.09 09:08:31
Q:
请教一个低级问题。M06方法可以与cc-pVXZ这一类型的基组联合使用吗？
A:
可
但是亏，这类基组适合后HF计算
Q:
遇到一个含Br的体系，6-31+G*不适用于Br
A:
可以用
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2015.10.09 11:09:23
Q:
求助一个小问题，gaussan计算后的CHK文件，经拷贝或转移后-gaussian-view就无法打开看分子轨道了，这个是怎么回事？还有CHK文件保存久了也打开不了了。请问能否将其转化成fcq,cub,wfn等文件，那样能否解决这个问题？
CHK文件而且体积太大
提示：已损坏
看分子轨道，cub文件不也可以吗
但分子轨道可能要调其他的，一次性无法分析完全
A:
gview调用的formchk版本必须和你生成chk文件用的版本一样
Q:
都是5.0版
A:
要保存就保存fch，别保存chk
Q:
SOB博士，请问转换成fch文件可以吗
A:
我说的是高斯版本，不是gview版本
gview调用高斯目录下的formchk转换你的chk文件
Q:
fch文件通用性比较强吗
A:
比chk强多了
Q:
我觉得CUB文件会更好，很多软件可以打开
A:
cube只能记录一个函数的信息
你有fch随时都能用multiwfn生成
cube文件体积还大，保存占硬盘
Q:
wfn文件呢
A:
fch信息比wfn多
有fch就留着fch
Q:
好好。
我马上试一试
----------------------------------------------------
2015.10.09 11:09:23
Q:
好久没有做过溶剂模型了，现在SMD还是CPM对有机更好啊？
A:
现在都流行用SMD
Q:
SMD是什么，我好落伍
A:
对于中性体系最好的隐式溶剂模型
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2015.10.09 11:16:26
Q:
各位大神，大家有没有注意到最近用sci-hub下载wiley的文章时，不好使呢？sobereva群主在么，
A:
有些wiley的用scihub搞不定，特别是那些比较新的
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2015.10.09 11:36:31
Q:
这个图中的E是不是指Energy density
A:
然
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2015.10.09 12:26:04
Q:
谁有科普性的计算化学ppt
A:
公社专用邮箱里有这个可以看看：
量子化学之昨天、今天、明天
Q:
这个好
我怎么登录专用邮箱呢？
A:
群共享
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.09 13:42:36
Q:
请问什么情况下用M06-2X计算过渡金属化合物比较合理？
A:
一般适合用M06
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2015.10.09 14:00:50
Q:
嗯，所以对含CuBrCNH的体系做AIM，M06可以预期得到比B3LYP和PBE0都要好的结果吗？
另外，G09A版算出来的全电子基组的wfn文件做的AIM分析中，某个电子密度较大的BCP的V绝对值与G的商为0.6左右，但B.01版的wfx文件做出的商为1.5左右，是否前者更可信？有没办法验证？这是PBE0算出来的。全电子基组指的是6-31g**，赝式基组指的是对Cu用LanL2DZ，其它元素依然是6-31g**
签到有什么好处吗？
A:
电子密度对泛函没那么敏感，没法说M06比M062X对过渡金属好，能量才是敏感的
明显是全电子基组可信。
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2015.10.09 14:59:27
Q:
不知道sob哪里来的生活费呐
学校已经不错了
又是这样的话
何谓不错？
不错就是一个i额三无教授拿诺贝尔>
你这样的是纵容，在清朝的时候，也有你这样的人说，大清不错了，何必要民国？
A:
作为个民科，其实啊，搞点副业，不要孩子，房子不用贷款，没有高消费习惯，不生大病，经济一般就不会困难，也就能搞想自己搞的。
----------------------------------------------------
2015.10.09 15:04:47
Q:
请问各位，在过渡态优化的out文件中，有键没有被显示出来，要怎么判断那个位置是什么类型的键呢？[图片]
量了，可是怎么知道是实线的键还是虚线的键呀？
A:
算键级，作图考察ELF、能量密度等函数，考察BCP位置的各种实空间函数的数值等等
参考比如：
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
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2015.10.09 15:22:58
Q:
老师，用我们的Multiwfn和gaussSum绘制DOS图的时候有何异同呢，分析时候差别大吗？
A:
gausssum已完全没有价值了
Multiwfn比那个好用、强大太多了
Q:
关于对于在Multiwfn里面绘制DOS之后的分析，老师能给我给链接我想多去看看关于介绍DOS和分析方面的内容，谢谢来时啦
谢谢老师，[表情]
A:
multiwfn原文里就有DOS讨论例子，手册里也有
Q:
恩
A:
还有比如
RSC Adv., 2015, 5, 78192–78208
DOI: 10.1021/acs.jpcc.5b00887
DOI 10.1007/s10904-015-0269-3
都是Multiwfn作DOS图分析的
----------------------------------------------------
2015.10.09 15:31:12
Q:
老师，我在用multiwfn做关于Cs成键的分子，想看N-Cs键的Mayer键级，可是结果里没有，倒是有Wiberg键级，这是什么原因呢？
A:
如果没显示，说明键级小于默认的输出阈值。你把settings.ini里的bndordthres改成0，就会输出所有键级。或者你直接输出键级矩阵，找两个原子序号对应的矩阵元即可。
离子性特别强的情况，键级可能很小
这种情况从静电角度考察为宜
可以做比如AIM分析、RDG图、CDA等分析
----------------------------------------------------
2015.10.09 15:33:57
Q:
大神，oniom算法opt优化出log文件和chk文件都没有轨道信息，怎么保存轨道信息？[表情][表情][表情]
谢谢老师直接问您，少走好多弯路[表情]
谢谢老师直接问您，少走好多弯路[Emoticon]
A:
单独把high部分抠出来做个单点
----------------------------------------------------
2015.10.09 17:24:40
Q:
找过渡态总有一些个位数的小虚频消不掉，可以忽略吗
A:
/aini opt=tight int=ultrafine，还不行就calcall。很小的虚频容易和转动模式混合在一起，造成误判
----------------------------------------------------
2015.10.09 17:30:51
Q:
老师我算过渡态的时候出现Inconsistency: ModMin= 2 Eigenvalue= 9.84332863D-04.
Error termination via Lnk1e in /opt/app/g09/l103.exe at Fri Oct 9 16:41:10 2015错误。我该怎么解决？谢谢老师。
老师我算过渡态的时候出现Inconsistency: ModMin= 2 Eigenvalue= 9.84332863D-04.
Error termination via Lnk1e in /opt/app/g09/l103.exe at Fri Oct 9 16:41:10 2015错误。我该怎么解决？谢谢老师
A:
信息不足，无法判断
----------------------------------------------------
2015.10.09 17:57:34
Q:
请问老师：三个文件做单点能计算，输入文件中的分子坐标都一样，计算程序gauss09
H2o中输入文件：#pmp2 aug-cc-pvdz
H2o（1）输入文件：#p mp2 aug-cc-pvdz out=wfn
H2o（2）输入文件：#p mp2 aug-cc-pvdz density out=wfn
其中(1)和(2)文件中偶极矩一样，这三个文件中MP2电子能量一样
为什么H2o和其它两个文件的偶极矩不同但是能量相同呢？
谢谢老师。
A:
不写density默认用HF密度而非后HF密度。对于当前版本，out=wfn时自动会用density
----------------------------------------------------
2015.10.09 18:03:53
Q:
http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2015/cp/c5cp03625a#!divAbstract
这个文章用Multiwfn没有引用
A:
用Multiwfn却没引用原文的情况多了去了
更有人什么也不引，甚至有极个别居然引其它程序的文章
Q:
用VMD不引用，会有什么后果啊
A:
没有后果，但开发者看了会不高兴
----------------------------------------------------
2015.10.09 18:04:56
Q:
准备两万元入手一台工作站用于高斯量化计算，配置方面各位有啥好的建议，谢谢了！
A:
2*E5-2650 V2 + 32GB + 2T
----------------------------------------------------
2015.10.09 18:50:56
Q:
老师，我想知道药物分子的极性，高斯软件能算出小分子电负性吗？如果可以电负性数据怎么查看的？
A:
极性和电负性是两码事。粗略衡量整体极性用偶极矩，衡量局部极性考察原子电荷或静电势
Q:
好的，因为要比较的两个药物分子结构很相似，只是其中一个环上多了个N原子，请问偶极距比较结果可靠吗？
另外这是优化后的输出文件
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
X= 1.6246 Y= -0.1515 Z= 0.0453 Tot= 1.6323
偶极距就是最后那个值 1.6323吗？
A:
可靠，是
Q:
谢谢老师[Emoticon]。。。我是在B3LYP/6-31G（d）下计算出的偶极距，没有加弥散函数，会有影响吗？那么怎样的基组计算偶极距比较合适呢？
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.09 18:54:17
Q:
想计算三中心键级
1,27,29三元素分别为Ti C H
The bond order is 0.1231405468
请问老师能说是三中心两电子吗？@Sobereva
A:
从数值上看有一定3c-2e键特征
Q:
文章中可以作为3c-2e键存在的证据吧
想用图形证明3c-2e的存在，请问老师做什么图行更好呢
A:
ELF、AdNDP
Q:
[图片]拓扑分析C2与Cα的键，Cα与Hα的键均有缺电子的特点，对吧，老师？除此还能说明什么物理意义啊@Sobereva
A:
暗示C2-Calpha有直接的作用，如果你想说这有键的话可以作为个有点用的证据
Q:
老师，针对同一化合物拓扑分析如此图[图片]多中心键级分析 Ti Cα Hα The bond order is 0.1231405468具备3c-2e特征；对Ti C2 Cα多中心键级分析The bond order is 0.0739156558应该是C2-Halpha有直接的作用，不是[图片]吧
可以拓扑分析与多中心键级分析结合说明问题吗
A:
C2和Calpha之间有键径，可以说有直接的作用。
你要考察两个原子就算mayer键级
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2015.10.09 20:06:04
Q:
上次创腾的培训，Dmol3演示CH2CHOH-CH3CHO找TS，搞了两次没搞出来，最后拿以前的data讲的
A:
小分子过渡态计算用高斯是王道
没必要折腾dmol3
对精度要求低就用小基组，或者用半经验得到个近似结果
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2015.10.09 20:08:24
Q:
你可以试试用castep找，但我师兄在荷兰一个牛组，他说他老板对dmol和castep都不看好
我算electron density difference
带一个学生，没那么多精力搞
那个是算STM图像的把
我就是想可视化谁得电子了电荷转移
特别想用sob老师的软件，可惜它需要周期结构abc相等的立方结构我的晶胞怎么也搞不到立方所以用castep了，也很多问题
multiwfn是支持dmol3的
只不过目前还不支持castep把
是的
dmol3算出什么文件导入multiwfn?
但是需要结构是立方盒子
.grd吧
你在界面里找不到去文件夹里就看到这个 density.grd文件了
没看到grd文件啊
[图片]
CASTEP的TS Search没有TS OPT的
只有类似NEB的LST/QST
你要在Property计算中选中Density计算
A:
即便不是立方格子，其实用Multiwfn也能载入、求差，只不过修改下代码把那个警告提示给去掉。但是这样看到的结果会被压扁
Q:
sob
sob老师，怎么修改那个警告？
是DMol优化稳定的结构
A:
[图片]
修改fileIO.f90，把subroutine readgrd里这个stop去掉就能过去了
----------------------------------------------------
2015.10.10 10:12:09
Q:
请问各位老师，高斯输出结果中最后两项Sum of electronic and thermal Enthalpies=H Sum of electronic and thermal Free Energies=G 为什么电子能加上相关的热力学函数的校正就是相应的热力学能？
Hcorr = Etot + kBT
Gcorr = Hcorr - TStot
但是我不明白为什么最后两项 Sum of electronic and thermal enthalpies = E0 + Hcorr
Sum of electronic and thermal free energies = E0 + Gcorr
A:
[图片]
[图片]
电子对内能的贡献其实也是温度函数，但前提是激发能特别小，比如简并的两个态因为旋轨耦合造成轻微裂分。不过一般激发能都远高于RT，所以不考虑这部分。
Q:
意思是电子能是0K 时对热力学数据的贡献 H=E+NRT =E 加上由于温度升高对热力学能的贡献就是相应的热力学能？
A:
表述很不严谨
图中写得很明确
图中ε_ele就是单点能，也称电子能量
Q:
热力学数据是电子基态能量与热贡献的和
基态电子能
再看看统热
这个ε_ele是不是跟结构优化得到的单点能数值一样？
A:
不熟悉热力学基础知识的话就看看这两篇
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
Q:
[图片]
A:
不注册当然没法下载
Q:
sob老师您提供的两篇热力学数据计算的入门介绍文章为啥没有下载权限呢
注册了啊
我再试试
A:
注册理由是不是“看计算化学相关的文献和相关的一些内容”
Q:
恩
是
A:
[图片]
审核完了
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2015.10.10 10:24:56
Q:
请问gview有个初步优化功能吗？就是画了一个大分子，希望可以在gview里用分子力场啥的改善一下结构~~谢谢大家
A:
点clean（扫把）按钮，不过那个很粗糙，有时候结果明显不合理。
有机分子粗略初步优化最快就是用Chem3D做MMFF94力场下的优化，或者用高斯的半经验方法优化
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2015.10.10 10:32:47
Q:
我想请教大家一个比较低级的问题。我想算一个单独金属原子的半径，脱掉电子后的半径。这个在目标用量化可行吗？
A:
可以，计算原子核到电子密度某个等值面（诸如0.001）距离的变化
用Multiwfn可实现
----------------------------------------------------
2015.10.10 10:48:13
Q:
CF 双原子的自旋多重度是几啊请教下。是2吗
CF 是什么东西？
呵呵，就是氟化碳吧，基态应该是
2或4，试一下哪个能量低，就是哪个。
一般是2
。。不是CF4嘛？
是CF自由基
双原子自由基
A:
双原子的，你到NIST一查就知道
http://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Formula=CF&NoIon=on&Units=SI&cDI=on
基态是二重态
[图片]
最下头的就是基态
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2015.10.10 10:49:53
Q:
sob老师，打搅您工作了。请问您有关于能量计算方面的链接吗？我刚才在“思想家公社门口”没有找到
A:
能量方面能有什么链接
就是基本的量化理论方法搞懂就完了
绝大多数量化理论方法都是以能量计算精度为主要考虑对象的
Q:
是的是的，刚才看到了您的[图片]这个帖子。因为自己想计算一些键的离解焓，所以才想找这方面的资料看看@Sobereva
A:
就是那些基本的热力学量计算的问题，用整体的焓减去两个片段的焓就行了。前面给的链接里有热力学数据计算的讨论
要求精度高，体系也不太大，直接用热力学组合方法最省事
Q:
对的，上次您提到过CBS-QB3的方法消耗太多，就建议用热力学组合方法。谢谢您，我去试试看@Sobereva
A:
还有便宜的
[图片]
Q:
sob老师，我爱死你了[表情]@Sobereva
A:
如果CBS-4M都用不动，那图省事就用M062X/def2TZVP这样的。更好点的话单点能可以用双杂化来算但是热力学校正量用B3LYP来算。
----------------------------------------------------
2015.10.10 11:09:49
Q:
嗯嗯，谢谢您[Emoticon]可能我对双杂化的使用还不太了解，我去找相关的资料来试试看您后面那句话。
sob老师，打搅您工作了。请问您的“科音基础量子化学培训班PPT”现在还可以购买么？
A:
ppt是不卖的
----------------------------------------------------
2015.10.10 11:11:42
Q:
Sob:基组的收缩系数不重要？为什么gamess不读入写入基组的收缩系数？
A:
重要啊，肯定要读
Q:
[图片]
A:
只是没显示罢了，内部肯定要用
Q:
[图片]
这个里面的系数和我输入的不一样
A:
它还会做归一化，可能会和你输入的不一样
Q:
哦
有什么关键词能让读入的显示出来
A:
用的基组就从EMSL上就能找到定义
而且就差个归一化系数，那都无所谓
EMSL上也都是归一化过的
----------------------------------------------------
2015.10.10 11:24:10
Q:
sob老师，我按照帖子里写的步骤画出来的静电势是这样的，离您给的图还有很大的差距，是计算机硬件（显卡）之类的问题，还是？您有什么建议吗？
[图片]
A:
就是每个点的白边问题
注意此文第8节（是后来补上的一段）
http://sobereva.com/196
Q:
这个我已经改过设置了
A:
反正我这里没问题，你再调调吧
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2015.10.10 12:28:31
Q:
[图片]各位老师，请教一个问题，像这样的4pz在画dos和pdos的时候怎么处理？还是只要s和p就行了，不管pxpypz
A:
DOS和这个没关系
PDOS怎么考虑这个取决于你具体想怎么样
Q:
老师，要是只考虑p和s，不考虑坐标pxpypz,可以吗？
A:
可以啊，你就把p壳层加进去就行了，不用单独管pxpypz
----------------------------------------------------
2015.10.10 13:15:54
Q:
请教大家一个问题，我在优化一个柔性比较大的分子时，opt四个yes收敛，freq没有虚频，但最后两个位移项NO，且数据显著大于收敛限度的两倍；请问我直接将其作为合理的最优结构进行下一步计算是否合理？我认为对于柔性分子是不是对位移项要求可以更低一些。谢谢大家。
（我已经尝试过去calcall，但是耗时过长，在最优化构型下走了四步（花了三天）还是没有能量下降的趋势）
同时优化的结构我已经加入int=ultrafine了
A:
如果gview看opt最后几步轨迹从肉眼上已经看不出有结构变化了，就可以用了
大体系满足loose标准基本就够了
----------------------------------------------------
2015.10.10 13:40:29
Q:
请教老师一个比较弱的问题，我在学习Al42-文献的时候，看到文中提及根据这个分子轨道图，有2个离域pi电子，但是小人才疏学浅，没有领悟怎么看出来的，能否请老师道破天机呢？
[图片]
A:
只有HOMO是pi轨道，显然是2个pi电子
Q:
是说上下橘色和绿色么？
基础太...
A:
恩，而且在分子平面有节面
看结构化学书吧
----------------------------------------------------
2015.10.10 13:52:57
Q:
请教老师个问题，对于有残基缺失的蛋白质，如果未补全残基，直接用amber动力学模拟，会影响结果吗？我做了一个有缺失残基的气相的动力学模拟，发现原始的pdb文件和模拟之后的文件相比，很多氨基酸种类都发生了变化，这是因为残基缺失造成的吗？
A:
气相条件模拟没任何意义。
末端的无关紧要的残基少了没关系，但不能中间是断着的
----------------------------------------------------
2015.10.10 14:03:39
Q:
请教个问题，动力学模拟前必须要补全残基吗？如果有缺失，会导致周围的残基发生变化吗？我之前突变了一个蛋白质活性区域的两个氨基酸，想先气相条件下模拟下，看结构的变化情况，再对接，结果动力学模拟后很多氨基酸都发生了改变？这种就是错误的了吗？
气相模拟时想看看我突变氨基酸对于结构的影响有多大，然后想继续对接，所以做的是气相的。主要是很大区域包括中间活性区域的残基都发生了变化。不知道这样现象的原因？是否和残基缺失有关。
A:
气相模拟首先就不合理，起码也得在GB隐式水模型下模拟
并且对比得是突变前后都在同样条件下模拟
----------------------------------------------------
2015.10.10 14:30:19
Q:
老师：您好！这是我的一个输入文件，高斯计算出错，可以麻烦您看看吗？谢谢！[图片]
A:
opt=tight freq PBE1PBE/def2TZVP
----------------------------------------------------
2015.10.10 14:33:57
Q:
对于一个xtd文件，怎么观看每个构像的能量
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.10 14:35:42
Q:
是是这样呀，谢谢老师，我之前问过您，[图片]是我的理解有问题。
老师我又看了下我另外的加上抗衡离子和溶剂的一个模拟结果，模拟时间比较短，还只有400ps的平均构像，那个在缺失残基的部分氨基酸就有一些变化，我是不是可以理解成这样：缺失的氨基酸对于MD的结果会有影响，继续模拟的话，氨基酸还是会有可能有变化。但是如果在关键区域无残基缺失的情况下，氨基酸变化也是有可能发生的吗？如果发生在关键区域的话，该如何处理呢？
A:
关键部分缺失得补全再模拟
不重要的末端的缺点没关系，附近的有变化也无妨
缺失肯定会导致对MD有影响。
Q:
老师，那么补全残基之后，需要做怎样的处理才能进行对接呢？
A:
至少也得做最小化，消除不合理的接触。
----------------------------------------------------
2015.10.10 14:38:09
Q:
Sob老师，请您帮我看看，这个命令对么？我想试试用Lanl08(d)对Bi，对么？
%chk=Au2Sb16-1.chk
# pbe1pbe/genecp opt scrf(SMD,Solvent=Generic,Read)
Au2Sb16
-4 1
老师：还是出错，我改正后的输入文件如下：[图片]，错误提示如下[图片]。老师，您看？
A:
B.01及以后才能直接用def2TZVP
这部分没错。Bi可以用Lanl08(d)
Q:
后面这样写Lanl08(d)对么，老师？
结构
空一行
Bi 0
Lanl2dz
****
Bi 0
d 1 1.00
1.0500000 1.0000000
****
eps=13.82
哦，谢谢！
A:
直接上EMSL上拷定义
你都没定义赝势，只定义了赝势基组
Q:
老师：抱歉，这句话我没明白是什么意思？什么是B.01?请恕我愚昧，我才接触量化，对于量化方面的术语还不是很明白。抱歉[表情]
老师：抱歉，这句话我没明白是什么意思？什么是B.01?请恕我愚昧，我才接触量化，对于量化方面的术语还不是很明白。抱歉[Emoticon]
你在高斯的log文件开头就看到版本
A:
[图片]
Q:
def2-tzvp可以直接用？
A:
恩
Q:
哦，这样，我现在用的是A.02的，请问在哪可以下载b.01的呢？
2015-10-10 14:48:20
[图片] 删除群动态14:48:18
哦，这样，我现在用的是A.02的，请问在哪可以下载b.01的呢？
A:
群共享有windows版D01
Q:
Sob老师，这样的输入文件对么？
%chk=Bi-1.chk
# pbe1pbe/LanL2DZ opt
-4 1
结构
Bi 0
Lanl2dz
****
Sb 0
Bi S
0.5744000 1.0000000
Bi S
0.3851000 1.0000000
Bi S
0.1050000 1.0000000
Bi P
0.9105000 1.0000000
Bi P
0.2194000 1.0000000
Bi P
0.0745000 1.0000000
Bi P
0.0204000 1.0000000
Bi D
0.1920000 1.0000000
****
空行*2
A:
不对
仔细看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2015.10.10 14:38:09
Q:
求算C谱最准的DFT/基组组合，请指教
A:
首选KT2，其次B97-2
结合pcs
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.10 14:46:08
Q:
老师overbinding这个词是什么意思？
A:
结合过紧，具体看语境
----------------------------------------------------
2015.10.10 14:52:06
Q:
A键的BCP处 ELF（或LOL）比B 大，但是Wiberg键级或者Laplace键级都比B小。那如何比较A和B的共价键强弱？
A:
BCP的ELF不是严格体现键强的指标
Q:
ELF越大，则那里的电子局域化越强，是否对应更明显的共价性呢？
我是想比较共价性的强弱。感觉ELF和键级给出的不一致。
键级应该反映的是共价性强弱吧。
A:
ELF和强度没有太严格的关系。比如不同分子一系列C-H键，在成键区域数值几乎都是1.0，体现不出来强度差异。ELF有的时候能反映，有的时候反映不了，定量上更是没有对应关系。
键级要看是哪种键级，特征差异很大
Q:
Wiberg键级和Laplace键级强的，应该能反映共价性比较强吧
A:
比如Mayer/wiberg键级，体现的是共享电子对儿数，但对于极性体现得不明显。而Laplacian键级、NLMO则能体现极性。
这样可以
----------------------------------------------------
2015.10.10 15:14:48
Q:
老师，想计算population性质，分析Muliken布居，或者Bond population ，该怎么做？@sob老师
A:
用Multiwfn
载入fch文件，在Mulliken里进入主功能7选5就能做Mulliken布居分析
所谓的bond population就是重叠布居，也叫Mulliken键级，用Multiwfn主功能9选4来计算
----------------------------------------------------
2015.10.10 15:25:19
Q:
老师，请问aug-cc-pVTZ、cc-pVTZ、6-31+、6-31（g）这几个基组耗时上是怎么排序的？有没有介绍基组耗时排序的文章？谢谢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.10 15:53:22
Q:
算叠氮化合物是不是必须加弥散函数？（考虑有一个负的形式电荷）
A:
建议加
----------------------------------------------------
2015.10.10 16:02:13
Q:
[图片]
这里的Sum of electronic and thermal Free Energies没有算上零点能，计算过渡态能垒采用的是这个Sum of electronic and thermal Free Energies+zero-piont energy吗？
A:
Sum of electronic and thermal Free Energies包含了零点能
----------------------------------------------------
2015.10.10 16:08:06
Q:
老师，离子键键级衡量用什么好呢？
A:
并没有这种概念。键级本来就是对共用电子的情况来说的，纯粹的离子键是靠静电作用维持，没法说键级。
Q:
哦哦
怎么衡量离子键的强弱呢？
A:
键能
Q:
哦哦，原来这样，谢谢老师
ELF吗？
[图片]这个图中，左边独立的原子，这个和那一团形成的是离子键吗？
A:
|V|/G、eta指数、能量密度等好多指标都能考察是共价还是非共价作用
前两天在群里都贴过幻灯片
----------------------------------------------------
2015.10.10 16:16:03
Q:
Angew有篇文章，通过实验和理论发现了一个三聚体有“分岔氢键”（with MultiWFN）
这种题材的文章我见过好几个，既有实验又有理论，但是通常最高发个JPCA而已。这篇Angew我感觉也没比JPCA的平均水平高多少
http://dx.doi.org/10.1002/anie.201505934
[图片]
A:
并无亮点
Q:
你那个图看得我一身鸡皮疙瘩刚刚看过花斑癣图片的重度密集恐惧症患者要缓缓
我想缓缓
可是还特意查了下作者，也没有看出有多厚的后台
A:
[图片]
Q:
文章称筛选了100多个结构才看到这个分岔氢键，也许是看在工作量的面上
论配色的重要性水蓝和水绿的配色明显清新雅致许多黑底飘红点....真的是利器
可能是看到了才去算
看到了算一个亮点啊
angew的文章没有JACS的含量高
就那么回事吧，德国人很多不看重文章
我师妹才做个半年就一篇angew,,,他把小分子，NMR,结晶，DFT都做了一遍，就一篇angew,,其实发文章有时候也靠运气
蛮好的文章啊我正想学呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.10 16:30:29
Q:
我算了下，Sum of electronic and thermal Free Energies没有包含零点能。它等于SCF energy+Free Energies correction能
[图片]
SCF Done: E(RM062X) = -383.80025
这个 E(RM062X) 包含零点能吗？
A:
不包含
/aini 建议仔细看看今天上午的讨论
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2015.10.10 16:26:00
Q:
老师，怎么做σ键和π键的分离呢？
A:
看你具体目的是什么
Q:
我想看看成键的方式和贡献
A:
先找出sigma、pi轨道的编号（对于纯平面体系Multiwfn主功能100选项22能自动判断出来），在Multiwfn里，要考察pi，就在主功能6里用选项26把sigma轨道占据数都清零然后再计算，得到的就是pi轨道贡献的结果
Q:
老师，那手册里有写到吗
A:
4.5.3节计算ELF-pi和ELF-sigma就是例子
Q:
sob老师，AIM中的电子密度值，和分子生成密度差值，以及算的变形密度有什么不同吗，所指的这些密度
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
sob老师，我想知道它们的物理意义，是不是都是电子密度的一些变化
A:
看博文啊
密度和密度差能一样么
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2015.10.10 16:38:48
Q:
[图片]老师拓扑分析，对第145个BCP（碳碳共价键）分析， Density of all electrons: 0.2262276502E+00为电子密度ρ，是不是不太对劲啊？ Potential energy density V(r): -0.2281604698E+00为势能[图片]吗，与讲义上的[图片]的平方有什么区别啊@Sobereva
A:
势能密度是V，你的小图是电子密度的梯度，不是一码事
讲义上没有梯度的平方，那是个二阶导数，叫laplacian
表达式讲义上都有
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2015.10.10 16:38:48
Q:
sob老师算溶解自由能的时候当用G4方法算scrf=smd 从结果文件里应该读取哪个能量和气相下的能量相减 [图片]
[图片]
A:
G4不能和SMD一起用
Q:
啊？不能用
A:
讲义上说了，SMD是给某些中低级别参数化的，M052X/6-31G*下结果才是最好的
G4+scrf=SMD只会得到恶心的结果
何况G4这些本来都是算气相自由能的，根本不能和SMD结合用
Q:
那我咋用这俩加一块才能得到和实验接近的结果
我用m052x得到的结果不咋好
A:
G4算气相自由能变，然后再把SMD在M052X/6-31G*下的溶解自由能加到上面
讲义上有例子啊，算溶液下氧化势、算pka，都是这么干的
Q:
那减去气相的能量应该用哪个？HF能量吗我看网上有说用Sum of electronic and thermal Energies能量的
A:
简直抓狂了
Q:
您给我发的讲义是截图的有全文的吗我再看看
A:
全文只有参加培训班的人才有
而且回复一遍又不听...
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2015.10.10 16:48:51
Q:
sob老师，打搅您工作了。我在计算一个分子（24个原子）能量，我先优化体系的结构和频率，这时是收敛的[图片]，但是计算能量的时候，用的CBS-QB3的方法，就出现[图片]这样的问题，请问是要加maxdisk=N试试看还是？（之前您提示我使用CBS-4这种相对便宜的方法，我也正在计算中。）
A:
先让硬盘有足够的空间
这类错误全都是rwf写着写着没地方导致的
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2015.10.10 16:49:38
Q:
[图片]电子密度的梯度[图片]是指最后的total值吗，它的物理意义讲义上没有啊，求老师指点@Sobereva
A:
梯度是个矢量，total是模
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2015.10.10 16:50:08
Q:
sob老师说的培训班是什么呀？哪里办的？下次争取也参加
A:
http://www.keinsci.com/
[图片]
每年都有
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2015.10.10 17:17:32
Q:
|V|/G、eta指数、能量密度等好多指标都能考察是共价还是非共价作用落实到操作上应该怎么算呢？sob老师，有相关的帖子吗？
A:
拿multiwfn算。
相关文章在讲义的图上都有
Q:
恩恩，非常感谢[表情]
恩恩，非常感谢[Emoticon]
A:
这也有讨论
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2015.10.10 17:21:36
Q:
sob老师，打搅您了。我想计算两个不同芳香族化合物的芳香性，打算从电子云密度着手。这种情况下，我看到Multiwfn可以满足这方面的计算，有两个小问题是：1、请问Multiwfn中计算出来的可以是具体的数值吗？就是电子云密度的具体数值。2、请问对于我这种芳香性的计算，您有什么建议？谢谢您
A:
先看这个
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
电子密度对于衡量芳香性并没有直接用处
也就是RCP的密度和芳香性有点相关性，文中也讨论了
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2015.10.10 17:38:16
Q:
[图片]请问老师这个图中没有把全部原子放在图中，怎么调整呢？
A:
增加延展距离
Q:
[图片]
哪一个是呢？
A:
设定作图平面那步
[图片]
[图片]
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2015.10.10 17:41:46
Q:
0.3468680533E-01是指0.3468680533*e^-1对吧
？？？
A:
[图片]
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2015.10.10 18:40:38
Q:
计算化学的各洞众神仙们：[图片]我载入到VMD的cube文件一直处于这种状态。。
怎么办。。
都20分钟了
A:
怎么载入的？
拖进去可以正常识别为cube来载入
Q:
是用哪个File里面的load。。
A:
那个是载入显示状态
Q:
[图片]
A:
[图片]
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2015.10.10 19:46:03
Q:
老师，我想求一些详细介绍相互作用能的材料，求老师推荐
各位老师，我想求一些详细介绍相互作用能的材料，求老师推荐
老师，我想求一些详细介绍相互作用能的材料，求老师推荐
下午 19:39:37
【吐槽】天堂鸟 2015-10-10 下午 19:39:37
各位老师，我想求一些详细介绍相互作用能的材料，求老师推荐
A:
[图片]
Q:
怎么了老师
A:
不要反复发
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2015.10.10 19:55:16
Q:
sob老师，相互作用能的材料可以推荐给我吗
A:
太含糊，没什么可推荐的
Q:
是这样的，我在做弱相互作用方面的计算，想分析相互作用能这一块，但是苦于没有经典的材料所以求老师推荐@Sobereva
我记得sob有写过大体系弱相互作用
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2015.10.10 20:51:43
Q:
请问老师们个简单的概念问题，键布局数和键级是什么关系？
A:
Mulliken重叠布居=键布居数=Mulliken键级
但键布居数有时也指别的方式计算的，比如原子间模糊空间积分电子密度。
Q:
解释的太清楚了，了然，谢谢sob老师
谢谢@华电ding
A:
双原子的时候才好用。
多原子的时候MO一般没法正好对应两个原子，这种定义就不合适了
Q:
恩恩，用Mayer键级是不是好一点
A:
是，但是没法像Mulliken键级那样描述反键特征
Q:
[图片]对于这样的体系，研究成键强度，用什么键级好些呢？
A:
Laplacian键级或者Mayer键级
Q:
对于不应该计算C-Hg之间的键级吧？
C-Hg是离子键
群主，在使用Multiwfn图形化研究弱相互作用中，我做出来，但是如何找到两个原子的归属如(C02-C05) ？
[图片]
A:
这里讨论了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
Q:
不应该计算C-Hg之间的键级吧？C-Hg是离子键
A:
想算就算
Q:
有意义吗？
A:
先确认是不是离子键。
诸如LiF也可以算Mayer键级，数值还是很接近于1，因为虽然极性很大，但还是算共享了一对儿电子。
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2015.10.10 20:54:58
Q:
tesla k20 k20c k20m k20x 计算卡有区别吗？ amber14手册上写的支持tesla k20 k20x。我买的是K20C. 555
A:
显然有区别。流处理器、散热方式、频率、显存等等。内核架构一样就能通用
Q:
向大家报告一个失败的安装经历：
本座在台式机上安装K20C。单块K20C功率225W，台式机原来的电源肯定带不动。于是本座另外再买一个电源为计算卡单独供电。
结果
失败
机器无法启动
初步结论是：不能用单独的电源为计算卡供电。
只能把本机的电源换成大功率的电源。
A:
你得保证两个电源能同时启动，这需要做一些手脚
Q:
k20c说明书上写 6+8针辅助供电，但板子上是两个6针插口。我的电源只有1个6针插头，怎么办？
女神
不懂，随便买了一个电源。
这就去找奸商姐姐
A:
有六针转8针的转接口。
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2015.10.10 21:09:55
Q:
请问一下，Gaussian09能不能单独算官能团的，如[图片]？
比如算这些光能团的表面积，体积，电荷分布等
A:
Multiwfn能算。表面积和体积这里用电子密度等值面来定义。
基团表面积：用主功能12做定量分子表面分析，算完了之后可以得到某些原子定义的局部表面的面积。详见手册4.12节。
基团体积：用主菜单的-3或-4，把基团以外的原子贡献都刨去，然后做定量分子表面分析，得到的体积就是基团那部分的，但你最好先看下等值面看看对基团区域定义得是否合适。
电荷分布：算原子电荷就完了。更精细考察就用Multiwfn作图，或者计算原子多极矩之类。
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2015.10.10 21:13:54
Q:
好的，我先看看手册，谢谢@Sobereva
另外我想了解一下dummy atom和ghost atom的应用，有没有推荐的资料？
A:
[图片]
[图片]
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2015.10.10 21:15:31
Q:
老师，算一定湿度条件下的气相吸附反应，要加隐式溶剂模型吗？
A:
先弄清楚水对于反应的影响有多大，如果是关键，就加，如果不起到主要影响，加不加都行
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2015.10.10 21:16:32
Q:
这个C3h吧
A:
[图片]
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2015.10.10 21:22:25
Q:
本文还采用Mulliken布居分析方法来分析原子
间的成键强度.键布居数的大小对分析原子间的成
键强度具有重要意义.键布居数的绝对值越大说明
原子间的相互作用越强，键布居数接近于零说明原子
间相互作用很弱.
Sob老师这段好有问题吗？
A:
一般
Mulliken键级对强度反应没那么好
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2015.10.10 21:37:35
Q:
[图片]老师我进行的拓扑分析和多中心键级分析，能说明Ti-Hγ之间的键是agostic 作用吗，这样插入文字可否@Sobereva
A:
离得老远，没直接作用
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2015.10.11 00:08:36
Q:
请问有没直观的办法确认AIM的环临界点涉及哪些原子？谢谢。
A:
没有
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2015.10.11 01:29:52
Q:
基组有64G的内存，装Linux说swap要3*内存，所以swap要200g么[Emoticon]
A:
那种说法没道理
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2015.10.11 10:15:45
Q:
请问a和c图一般怎么画？以及有什么用？谢谢。
[图片]
这确实是相当于等高线的东西
我感觉可以用Multiwfn
话说回来，每个字我都看得懂，只是不知怎么画。所以不用麻烦E神翻译。不过感觉作者写的标题不是很精准。
真的有看到ac在动?
A:
Multiwfn直接能画，而且是最方便的程序。看手册4.4.6节
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2015.10.11 10:15:45
Q:
我有个小问题：请问那个direct在Gauss计算中起什么作用呀？
噢，我在优化激发态结构的时候，不用direct就过不去，这才请教一下
A:
看你关键词怎么写的。MP2、CIS，以及SCF都有direct，意义不相同。
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2015.10.11 10:16:29
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
NTR
Q:
NTR啥意思？
A:
[图片]
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2015.10.11 10:25:48
Q:
老师，优化三重态结构时出现这个错误，并且一圈都没有算完，请问老师怎么解决
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 2.0113, after 2.0001
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home[Emoticon]/g09/l502.exe at Sat Oct 10 23:56:33 2015.
Job cpu time: 1 days 1 hours 33 minutes 48.8 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 208 Int= 0 D2E= 0 Chk= 6 Scr= 1
A:
老生常谈
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.10.11 10:26:07
Q:
求问高斯优化结构时，四个收敛条件的后两个很难收敛，该怎么办
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
要求不高的话，能到loose收敛限就够了
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2015.10.11 10:45:40
Q:
老师对于2中心3电子键，为什么成键轨道与反键轨道的电子数加起来不是3？？
A:
本来就没这种键。
只是多重键电子数加和为3，明显不是3你就别这么说
Q:
老师不太明白如果不能按成键的加反键的数为三那我怎么知道是三个电子呢？
A:
加和是多少就是几电子
Q:
老师那H2-呢？它是2中三电子吗
A:
是
Q:
但是我从NBO只看到了一个电子？？？为什么
A:
别管它啊
靠理性，别靠NBO
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2015.10.11 10:45:45
Q:
老师，输出文件提示出现L124错误，改怎么改呢
老师，输出文件提示出现L124错误，应该怎么改呢
A:
不回答“lxxx出错”、2070出错这类问题
Q:
那怎么办
输入文件如下：[图片]
A:
别输入4啊
屏幕上怎么提示就怎么输入
用5/13=1者枪毙
不接受任何使用了5/13=1后出错的提问
Q:
老师将iop（5/13=1）去掉，依然提示L124错误
A:
看错误提示
永远不想看到5/13=1
IOp(5/13=1) = [Emoticon]
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2015.10.11 10:56:42
Q:
[图片] [图片]
右边的图的BCP和RCP是否在左边的图有所反映？
A:
你先作拓扑分析再作平面图，临界点和键径才能显示在图上
反映是肯定的，即便没显示在上去，通过肉眼也能判断各临界点位置
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2015.10.11 10:57:33
Q:
也就是说，这种图需要先做拓扑分析？
[图片]
A:
对啊，手册里的例子都说了
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2015.10.11 11:12:30
Q:
30多个原子的能量计算用什么方法比较合适呢？
A:
双杂化泛函结合def2TZVP或更好的def2TZVPP
ORCA里首推PWPB95-D3/def2-QZVPP
看用什么方法
能利用RI的计算显然比高斯快，但是高斯的过渡态搜索算法更成熟
Q:
老师，我说的是用什么方法计算，30多个原子用qcisd是不是算不动了？
A:
刚才就不是告诉你用什么方法算
QCISD显然算着非常吃力
而且不考虑(T)结果也就那么味儿事儿，根本不划算
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2015.10.11 11:22:21
Q:
通常说的大基组（比如从ccpvdz到ccpvtz）是指， sum(i) |i><i|，这个投影公式中，i越来越多吗？
A:
是基组越来越接近完备基组极限(CBS)
也可以认为 sum(i) |i><i|越来越接近于1，因为CBS的话这个加和就精确为1了
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2015.10.11 11:23:11
Q:
老师高斯优化的输出文件中前两个yes能出现，后两个yes也能出现，但是4个yes不能同时出现，结果总是结束在Link9999？怎么办
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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