计算化学公社

标题: gmx如何统计和Cl离子形成的氢键的数目 [打印本页]

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-12-3 10:17
标题: gmx如何统计和Cl离子形成的氢键的数目
本帖最后由二饼妹于 2021-12-3 10:49 编辑

老师好，我在一篇论文中看到了图1 中的氢键统计图，体系为氯化胆碱（ChCl)+尿素（urea），成为Reline (1：2)，我采用gmx hbond对体系md最后1ns的氢键的数目进行统计，但是针对带Cl的氢键（图中红框）计算的结果为0，是否是因为gmx hbond只把N和O作为氢键受体而原因呢，那我应该如何统计和Cl离子形成的氢键的数量，呈现出图中的效果呢？

作者
Author: chema 时间: 2021-12-3 11:22
MS统计氢键可以指定受体元素，可以导出某帧构型来用MS统计，不过工作量有点大。也可以试试VMD，我记得VMD也可以指定受体元素来着。

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-12-3 17:20
谢谢，我试了一下VMD，导入了md.gro，体系为氯化胆碱+尿素，我想要计算CHO-Cl之间的氢键，设置如下，但是计算的图像是空白，hbonds.dat文件里只有一行，显示0 134，我想要氢键数目随时间的变化，应该怎么做呀？

作者
Author: wenzihao 时间: 2021-12-3 21:18
可以使用VMD的命令行实现，例如measure hbonds 3.5 30 atomselect0 atomselect1 前面是给体基团，后面是受体基团

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-4 01:41

二饼妹发表于 2021-12-3 17:20
谢谢，我试了一下VMD，导入了md.gro，体系为氯化胆碱+尿素，我想要计算CHO-Cl之间的氢键，设置如下，但是计 ...

先搞懂选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

而且搞懂界面上两个选择语句输入的地方各是干嘛的

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-12-4 15:32

sobereva 发表于 2021-12-4 01:41
先搞懂选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thr ...

嗯老师，这个我看过了，我想计算的基团是氯化胆碱阳离子部分（残基名为CHO）和氯离子（残基名为Cl），selection1:resname CHO; selection2:resname Cl，也能算出114个氢键（图1和图2分别是hbonds.dat、hbonds-details.dat），但是只显示的是一帧，是不是因为我导入的是md.gro文件？我想要计算氢键的数目随时间帧数的变化（像一楼那种），我试过导入xtc文件，但是此时vmd的氢键统计界面melocule选项只能选择gro文件（图3），应该如何操作才能计算氢键随时间的变化呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-4 23:22

二饼妹发表于 2021-12-4 15:32
嗯老师，这个我看过了，我想计算的基团是氯化胆碱阳离子部分（残基名为CHO）和氯离子（残基名为Cl），sel ...

明显是你载入轨迹的方式不对

ID=0那个体系对应eqvis.gro，只有一帧，当然只能分析一帧的情况，仔细看VMD main窗口

作者
Author: WB1040720479 时间: 2021-12-7 17:17

chema 发表于 2021-12-3 11:22
MS统计氢键可以指定受体元素，可以导出某帧构型来用MS统计，不过工作量有点大。也可以试试VMD，我记得VMD也 ...

Illegal division by zero at -e line 42.
请问您一下我MS计算氢键遇到了这样的报错是咋回事呀？

作者
Author: chema 时间: 2021-12-8 08:40

WB1040720479 发表于 2021-12-7 17:17
Illegal division by zero at -e line 42.
请问您一下我MS计算氢键遇到了这样的报错是咋回事呀？

啊，还能报错吗，我都是点那个统计氢键的图标，然后一个个数来着，你是用脚本了吧

作者
Author: WB1040720479 时间: 2021-12-8 10:13

chema 发表于 2021-12-8 08:40
啊，还能报错吗，我都是点那个统计氢键的图标，然后一个个数来着，你是用脚本了吧

一个个数也是个好方法哈哈！！我用了share文件里的hbond脚本，就会报错！！

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-12-11 16:52
本帖最后由二饼妹于 2021-12-11 17:00 编辑

sobereva 发表于 2021-12-4 23:22
明显是你载入轨迹的方式不对

ID=0那个体系对应eqvis.gro，只有一帧，当然只能分析一帧的情况，仔细看V ...

老师，当我用算氯化胆碱（ChCl）+乙二醇（ETG）体系内的氢键时，选择resname Cl,resname ETG是可以顺利算出氢键数目的，但是当我想要算某两个特定原子之间的氢键数结果却为0，如Cl原子和乙二醇-OH上的H8原子，算出结果是0（这两个原子之间存在氢键），也试过其他原子结果也是0，并且改用过type算的仍然为0，请问是我哪里出错了么？（我用vmd的keyword下面查看是可以选到Cl,H8这两个原子的。）

啊啊不好意思老师，我的原子应该是选错了，应该选Cl和O原子吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-12 05:08

二饼妹发表于 2021-12-11 16:52
老师，当我用算氯化胆碱（ChCl）+乙二醇（ETG）体系内的氢键时，选择resname Cl,resname ETG是可以顺利算 ...

不能光把氢写上去，还必须把与氢相连的重原子一起纳入选区
记住VMD对氢的判断是：给体重原子 - 氢 ...... 受体重原子
如果不给定给体重原子，VMD是无法判断氢键的

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-3-11 15:33
本帖最后由 Jotaro 于 2022-3-11 15:34 编辑

如果用gmx投机取巧的话，可以将含氯物质的top文件中[ atom ]一栏cl对应的元素改成N或O，然后grompp一个新的tpr，运行gmx hbond -f md.xtc -s trick.tpr (略) ,以此骗过gmx

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