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标题: 优化结构并计算频率后,与红外实验结果对比,多了一峰 [打印本页]

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魔卡少女晗    时间: 2021-12-3 16:34
标题: 优化结构并计算频率后,与红外实验结果对比,多了一峰
其他都大致一样,就是多了一个C-H振动峰,这个峰能不能像消虚频一样消掉呀


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wzkchem5    时间: 2021-12-3 17:23
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-12-3 10:25 编辑

这个看起来不是多了峰,而是计算的峰不如实验的宽。实验图可以看作是两个重叠很大的宽峰和一个窄峰,但一般计算红外的方法不能分别计算每个峰的峰宽,画图的时候必须把每个峰设成一样宽,所以才和实验对不上。
可以看一下你用的构象是不是分子的唯一构象,如果不是,应该做构象搜索,对每个构象都做红外计算,再把结果做Boltzmann平均。
此外注意所谓的消虚频不是把虚频凭空消灭掉,而是把虚频变成一个很小的实频。谐振近似下,非线性的N原子分子的振动频率数目永远是3N-6个,不可能凭空去掉一个。


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sobereva    时间: 2021-12-4 01:47
假设来自构象权重问题,可以用molclus做构象搜索,然后用Multiwfn绘制构象权重平均的红外光谱,参看
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html


也有可能和体系状态有关,有可能你需要对凝聚相体系跑动力学得到红外光谱,而不适合只用单个分子来算。

没更具体信息没法说




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