计算化学公社

标题: gromacs模拟如何关闭分子之间的非键作用？进一步能否只关闭库伦或LJ作用中的一个（... [打印本页]

作者
Author: bobosiji 时间: 2021-12-3 16:41
标题: gromacs模拟如何关闭分子之间的非键作用？进一步能否只关闭库伦或LJ作用中的一个（...
gromacs模拟如何关闭分子之间的非键作用？进一步能否只关闭库伦或LJ作用中的一个（不影响另一个）？

我们用gromacs模拟的体系有A，B两个组分。有些MD模拟需要排除体系里组分A，B之间的分子间（非键）相互作用；有些需要排除组分A，A之间的分子间（非键）相互作用。请问以上要求可用energygrp-excl = A， B 和energygrp-excl = A， A分别实现么？记得社长以前说有个办法（似乎也是在mdp里设置？），可以只排除组分间的库伦或只排除LJ作用（energygrp-excl是同时排除库伦和LJ吧）？不知道有没有这个方法，或者我们记错了？多谢各位提点~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-4 01:52
1 可以

2 没法分别排除

作者
Author: XxxTy 时间: 2021-12-20 15:55

sobereva 发表于 2021-12-4 01:52
1 可以

2 没法分别排除

你好sob老师，我用energygrp_excl取消了ION之间的作用力，出现一个warning： Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups，请问该warnning可以通过什么设置修正吗？或者说离子和离子的作用力是不能去除进行模拟的？希望sob老师能帮忙解答一下疑惑！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-20 17:59
如果你是用的PME算的静电作用，这个大抵是说没法去掉二者间倒易空间部分算的静电相互作用。可以用cutoff算静电作用

作者
Author: 1900 时间: 2022-4-22 11:30

sobereva 发表于 2021-12-20 17:59
如果你是用的PME算的静电作用，这个大抵是说没法去掉二者间倒易空间部分算的静电相互作用。可以用cutoff算 ...

sob老师，您好，我用pme算的静电，也出现了楼上说的警告，Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups，改用cutoff以后，我模拟的DNA的结构出现了很大的不合理的变化。您认为可能是什么原因？我可以忽略掉这个警告么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-23 03:08

1900 发表于 2022-4-22 11:30
sob老师，您好，我用pme算的静电，也出现了楼上说的警告，Can not exclude the lattice Coulomb energy b ...

仅对于rerun的时候改用截断方式算静电作用。不影响你的轨迹

作者
Author: 1900 时间: 2022-4-24 12:08

sobereva 发表于 2022-4-23 03:08
仅对于rerun的时候改用截断方式算静电作用。不影响你的轨迹

好的，谢谢sob老师

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