计算化学公社
标题: 绘制 Energy Profile 的小工具 2.0 [打印本页]
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-9 01:26
标题: 绘制 Energy Profile 的小工具 2.0
本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-2-15 02:09 编辑
######## UPDATE ########
本程序已更新3.0版本，见下文：
http://bbs.keinsci.com/thread-9256-1-1.html
######## UPDATE ########
######## UPDATE ########
2016.3.1 更新2.0：
增加自定义纵坐标文字
增加了拖动数值的功能，解决数值overlap
解决了原有负数区域Tag拖动后消失的Bug（Matplotlib库的问题）
具体情况与新下载地址见本文末尾
######## UPDATE ########
----------------------------------------------------------- 原文↓ -----------------------------------------------------------
火车上闲得无聊，用 Python+PyQt5+matplotlib 写了一个给自己用的、绘制能量折线图（Energy Profile）的小工具，可以做出如下的图。
在群里显摆了一下，竟然有很多人想要，以及发现有至少4人竟然一直用 ChemDraw+鼠标+眼 来做类似的图。。。故编译成 exe 传上来（python本身不需要编译，但源码运行需要用户安装python和相应库）。
(, 下载次数 Times of downloads: 180)
(, 下载次数 Times of downloads: 128)
这组数据是本组之前一篇文章里的数据（10.1038/ncomms9617），稍微调一调，放到ChemDraw里画上结构，估计可以达到发表的标准，原文中的图如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 149)
使用方法：
下载后解压缩，可得到3个文件夹。exe 是 ./Packed/Draw_Energy_Diagram.exe, 源码在SourceCode文件夹里， Example里有一些实例。
程序界面如下，读取的输入是 excel 文件（内容下文说），可以用 Load 按钮打开，或者直接拖到 Drop Area 里。
随后就会显示对应的图片。可以通过缩放窗口、或使用放大镜工具调整图片的范围和长宽比。按保存可以将当前状态存为多种图片文件（推荐png）
(, 下载次数 Times of downloads: 149)
下面是对应于上图的 excel 输入:
(, 下载次数 Times of downloads: 136)
- 1~2行（可以是任意多行）：
- A列为颜色声明（K: 黑色，R: 红色，其他代码见下），指认该行的颜色。
- B,C,D...为各路径的能量。
- 3行：
- 一个空行（分割数据部分和Tag部分）
- 4~5行（行数与数据部分对应）：
- 数据部分，每个态对应的tag
这种输入格式其实有点奇怪，因为它其实是我的另一个程序的输出格式。。。
- #DDEEFF: Arbitrary RGB Color
- b: blue
- g: green
- r: red
- c: cyan
- m: magenta
- y: yellow
- k: black
- w: white （这个显示不出来。。。）
(, 下载次数 Times of downloads: 120)
保存为png后，可以直接用ChemDraw打开，随后开始在图上绘制分子结构:
(, 下载次数 Times of downloads: 132)
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
这个程序初衷是个自用软件，没想发布，可能有其他Bug。有问题请先看Example。之后可直接在本帖反馈，反馈时上传自己的Excel文件。
当两个Tag几乎完全重合时，用鼠标拖动会同时拖动两个Tag。暂时可以放大后、脱开、再缩小；或直接把两个Tag都拖到一边，画图里删了它自己加两个。暂时没想到特别好的解决方法。
如下图，有些时候Tag之间会相互重叠，用鼠标可以拖动Tag调整位置。
（然而，调整位置这个功能本身也有bug，如果 Tag 对应的值是负数，Tag拖动之后会消失 (╯﹏╰)b，就变成本帖第一张图的样子了，这是 Matplotlib 库本身的问题，不知如何解决。在正数区域是正常的，如上图显示不同颜色的例子中就是拖动过的。）
有类似情况请自行在ChemDraw等软件里补上几个Tag
################################ UPDATE ################################
2016.3.1，2.0版本新增：
- 现在可以拖动数值Tag以解决能级接近时，数值 Tag overlap的问题；同时解决有人希望将数值放在能级线 左边/右边/下边。。。
(, 下载次数 Times of downloads: 117)
- 可以定义纵坐标内容，在程序目录下，有一文本文件 Energy_Diagram_Y_Axis_Text.txt，修改其中的文字即可显示在Y轴上
(, 下载次数 Times of downloads: 137)
######## UPDATE ########
下方地址已失效，本程序已更新3.0版本，见下文：
http://bbs.keinsci.com/thread-9256-1-1.html
######## UPDATE ########
作者Author: smutao 时间: 2016-2-9 04:46
本帖最后由 smutao 于 2016-2-9 04:52 编辑
用DataGraph做出的效果图
（见附件）
(, 下载次数 Times of downloads: 281)
作者Author: smutao 时间: 2016-2-9 04:49
作者Author: 北纬18° 时间: 2016-2-9 05:16
要画分子式其实直接在chemdraw 里作更方便，
要不然还要画分子式，再ps上去。
作者Author: smutao 时间: 2016-2-9 06:25
我的分子式是直接从chemdraw复制粘贴过去的
作者Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-2-9 09:34
其实风格可以多选一下，比如文字不是上下编排，而是左右，这样比较好一点
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-9 10:50
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-2-9 11:09 编辑
上面说明里已更新。
为。。什。。么。。会。。需。。要。。PS。。。
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-9 10:51
不要把分子式放到图里啊，把图放到ChemDraw里不就完了。。。
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-9 11:43
这个程序初衷没想给别人用，所以没留处理选项的地方。可以考虑直接把作图的两句命令拎出来，让大家直接改吧。
作者Author: luwis 时间: 2016-2-9 17:08
我能够感受到大家群策群力的精神！谢谢大家！
作者Author: 虎王 时间: 2016-2-9 23:57
我觉得Origin结合PPT怎么样都比“ ChemDraw+鼠标+眼”方便准确呀......
作者Author: 虎王 时间: 2016-2-9 23:59
那叫结构式吧。而且在ChemDraw里画好后导出图片再插入PPT里也不错。
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-10 00:50
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-2-10 19:17 编辑
真要这么干直接复制ChemDraw对象到PPT不就行了
作者Author: 虎王 时间: 2016-2-11 13:37
个人兴趣。不太喜欢直接复制。
不过我的意思是Origin就可以做出准确定量的能级图，然后在ppt里修饰一下效果就不错了。所以有点惊讶有些人用ChemDraw来实现类似的效果。
作者Author: 平辉正 时间: 2016-2-12 19:24
可以用origin导出AI格式的文件，在AI里面进行更加细节的编辑。个人觉得这个软件已经很棒了~~毕竟程序本来也就是作者写来打算自用的
作者Author: Aesar 时间: 2016-2-12 23:20
请问，我能弱弱地问一句您是怎么学习的python吗？希望您能分享一下经过和经验
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-13 00:30
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-2-13 00:32 编辑
我本来有C++基础，Python就很好学了，随便找了本书翻了翻就完了。。。
其他的用到了现查。
据说无基础入门可以看这个公开课：Programming for Everybody。这门课材料的授权都是CC的。
课本：http://do1.dr-chuck.com/py4inf/EN-us/book.pdf
所有的课件和上课视频：http://open.umich.edu/education/ ... winter2014/sessions
课程：https://www.coursera.org/course/pythonlearn
有别的语言基础可以去撸这本书的附录：《Python for Data Analysis - O'Reilly Media》
不要重复造轮子，尽情的import吧，有现成的（好用的）库就别自己写，可以去awesome-python里看一遍好玩的库。
不要看中文书，为了给某个人帮忙找了很久，没有找到任何一本可接受的。
作者Author: Aesar 时间: 2016-2-13 10:19
非常感谢您！
作者Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-2-13 11:37
推广是造福天朝百姓
作者Author: ximi1986 时间: 2016-2-22 17:26
哈哈，我都是在 origin里画的
作者Author: maxwell 时间: 2016-2-24 14:36
老师，您好，请问下，纵坐标中的free energy怎么改成自己需要的因变量..非常感谢~~
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-24 16:48
由于是自己用的软件，暂时没有设计相应选项，如果会用Python的话，在源代码里搜一下kCal/mol修改一下就可以了。如果不会，目前只能用画图之类的图像编辑软件自己抹掉打上去。
最近十分忙，暂时没空更新软件。更新后会把作图命令都放出来允许大家自定义。
作者Author: maxwell 时间: 2016-2-24 16:57
恩恩，好的，谢谢老师
作者Author: kevin 时间: 2016-2-25 20:29
我就是那个chemdraw+鼠标+眼的选手。。。。感谢楼主，向楼主学习！想想当有一天我也能写程序了那该有多炫酷
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-2-26 13:12
大学学过任何计算概论之类的入门课的话，Python一个星期就能写很实用的小东西了
作者Author: hcxytpp@163.com 时间: 2016-3-1 14:01
老师，有一个问题想请教您，在使用您编写的绘制能量折线图工具时，遇到一个小问题，就是，能量相隔很近时，可以通过什么样的方法减小默认刻度以方法显示？期待您的答复！谢谢老师！
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-3-1 15:39
"减小默认刻度以方法显示"?
什么意思？
上传一下Excel文件
作者Author: hcxytpp@163.com 时间: 2016-3-1 15:48
本帖最后由 hcxytpp@163.com 于 2016-3-1 15:49 编辑
谢谢老师，不好意思，打错了，是方便显示 可以肉眼区分附件中的相近能量
作者Author: helpme 时间: 2016-3-1 16:29
本帖最后由 helpme 于 2016-3-1 20:28 编辑
我就是用 Origin结合PPT 这个方法的。画虚线，实线。
不过楼主这个方法确实很自动化一些。
作者Author: 虎王 时间: 2016-3-1 19:14
这个方法指哪个？
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-3-1 19:30
噫，这个Bug，以及之前的负数区域拖动Tag会消失的Bug其实都已经解决了，就是现在打包exe老出问题。。。
作者Author: hcxytpp@163.com 时间: 2016-3-1 19:57
谢谢老师，好期待您更新的软件，简直就是自动化的，太棒了！
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-3-1 21:22
已更新文字可以拖动
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-3-1 21:22
更新了
作者Author: hcxytpp@163.com 时间: 2016-3-2 08:25
谢谢老师！
作者Author: kevin 时间: 2016-3-2 08:49
li老师，我还是有点问题，在拖动数字的时候，有的数字和符号重叠在一起了，两个一起动分不开，是我操作有问题么
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-3-2 10:24
确实有这个问题。一方面可以放大之后，让它们分开（除非坐标精确一样），然后拖动开，再缩小；觉得麻烦可以直接把两个都扔一边去，图像软件里删了自己再打两个了。目前暂时不太容易解决。
作者Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-3-2 10:47
撒花，鼓励
作者Author: comchem 时间: 2016-6-3 11:16
老师，请问怎样修改标签的字体大小？如ts1, int1等，图中默认的字体太小，看不清楚，我想改大一点。谢谢。
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-3 11:33
由于这个软件一开始没有为给其他人用而设计，所以没有留充分的自定义选项。目前要用已编译好的程序就不能改。如果会配Python改size一个数就可以了。
作者Author: 一颗赛艇 时间: 2016-8-14 10:08
本帖最后由 一颗赛艇 于 2016-8-14 11:33 编辑
李老师，请问为什么我在linux下直接python2.7 ./Draw_Energy_Diagram.py，报错
- File "./Draw_Energy_Diagram.py", line 78
- def __init__(self,state_line1:State_Line,state_line2:State_Line,style='-',color='k',width=1):
- ^
- SyntaxError: invalid syntax
作者Author: Jacken_zzq 时间: 2016-8-15 23:00
谢谢楼主，最近一直在琢磨怎么做出漂亮的Energy Profile.
不知道楼主介不介意我在组里分享这个程序？
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-15 23:37
不介意，简单的小东西而已，源码也随便用。
作者Author: SongChao 时间: 2016-8-16 09:48
感谢楼主分享，一直有个问题，就是我一旦用了拖动或者放大，点鼠标右键或者esc都不能变回鼠标拖动图里面数字的的位置了，不知道是不是matplotlib本身的问题？
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-16 12:09
“都不能变回鼠标拖动图里面数字的的位置”什么意思？
作者Author: librakitty 时间: 2016-8-16 16:11
您好，老师这个东东很好使，不过这个是不是反应通道个数是不是有限制，8条的时候还能画。但是加到10条的时候一点load就闪退，请问是有什么问题吗？另外就是这个线条的颜色可以在哪里改吗？谢谢您
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-16 16:23
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-8-16 16:35 编辑
应该没有限制。上传一下你会闪退的excel文件。
颜色问题在介绍里写了
作者Author: qwoop 时间: 2016-8-16 16:28
先膜拜大神。
想问一下用什么工具打包的？py2exe吗？
另外，打包这种带pyqt和matplotlib库的py脚本有什注意事项？和普通打包流程（不带第三方库的）有什么区别吗？
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-16 16:34
cx_freeze，没有注意事项，includes正常写上 PyQt5 和 PyQt5.uic 就行了（后者是因为偷懒，正常代码里不用）
作者Author: librakitty 时间: 2016-8-16 16:43
本帖最后由 librakitty 于 2016-8-16 17:09 编辑
老师，我解决了，之前没太认真看颜色那块的问题，瞎搞了一下，现在把颜色那块改对了，就能画了，谢谢您了。
作者Author: librakitty 时间: 2016-8-16 16:46
老师，貌似是颜色那块的问题~~
作者Author: SongChao 时间: 2016-8-16 18:37
就是选择拖拽之后，可以拖拽图片整体，但是没法解除拖拽状态，也没法对字进拖拽，选了放大，也没法解除鼠标的放大功能，refresh不能解除状态。只有退出程序重新打开之后才能移动文字和数字的位置。
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-16 19:03
（至少我试着）点拖拽按钮之后想解出拖拽状态就再点一下拖拽按钮就行了，解出拖拽状态后移动文字也是正常得
作者Author: SongChao 时间: 2016-8-16 20:10
居然是这样。。。。。。。。。。谢谢回复
作者Author: qwoop 时间: 2016-8-18 13:11
谢谢指点
作者Author: librakitty 时间: 2016-8-29 11:39
老师，把局部放大了之后，拖拽文字是咋操作呢？之前还能搞对，现在放大一拖动，整个坐标都跟着跑了。谢谢
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-29 13:14
把工具条上的特殊状态点掉，比如点击了放大工具或移动工具，就再点一下它取消掉。
作者Author: librakitty 时间: 2016-8-29 14:44
好的，老师，非常感谢。
作者Author: Jacken_zzq 时间: 2016-9-12 00:45
您好，我在运行Source code的时候，出现如下提示：
GUI not modified.
libpng warning: iCCP: known incorrect sRGB profile
然后没有任何反应，没有弹出正常的程序界面，请问这是什么问题？Python的库有缺失吗？
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-12 00:53
这两个提示都是正常情况下会有的，Python有库找不到应该会有相应提示，确实判断不出你是什么情况。
软件只在windows上测试过。
另外似乎PyQt的库有个Bug，如果系统里运行了很多次QApplication对象（开了很多次程序，即使前面运行的程序关了也不行）会导致建立QApplication越来越慢，到最后会需要几秒钟才可，重启才行。不过如果第一次都没有跑起来应该不会是这个原因。
作者Author: 小巨人 时间: 2016-9-21 09:34
你的这种情况解决了吗? 我的也是这样，当选择放大之后，想移动文字时，发现一直是出于放大状态无法解出.
作者Author: SongChao 时间: 2016-9-23 18:14
再点一次你之前点的那个按钮
作者Author: lip 时间: 2016-11-4 09:42
谢谢楼主贡献~
小建议：能否添加可选线条的类型，比如可选虚线之类的。因为有些文章印刷版图是黑色，采用不同类型的线条能增加黑白图的辨识度。
作者Author: Jacken_zzq 时间: 2017-2-9 23:35
源码在Mac下可以运行吗？
我在运行时出现这个错误：
File "/Users/zhiqiang/Downloads/Energy Diagram Release By.LYH 2.0/SourceCode/Draw_Energy_Diagram.py", line 78
def __init__(self,state_line1:State_Line,state_line2:State_Line,style='-',color='k',width=1):
^
SyntaxError: invalid syntax
Windows下可以正常运行，还是我的库的问题？
作者Author: SigFig 时间: 2017-2-11 07:36
换行符的问题？windows和linux（以及苹果的mac os）的换行符是不一样的。如果原作者在windows下写的这些code，直接拷到mac底下就会出这种莫名其妙的问题。
可以拿hex editor 看一下（notepad++之类的很多编辑器自带hex模式），windows的换行符是0D0A（\r\n），mac是0D（\r）,顺便说一下，这些字符是不可见的，所以说直接看源代码是看不出这种问题的。
可以试着在mac底下新建一个文档，把原code拷贝到新文档里头并保存成.py
作者Author: Jacken_zzq 时间: 2017-3-3 11:04
好像是Python版本的原因，换了一个Python版本可以用了。
多谢回复！
作者Author: adia 时间: 2017-3-16 20:45
李老师您好！在Energy_Diagram_Y_Axis_Text.txt中修改文字并保存不应该就自定义了纵坐标的内容吗，为啥我没实现啊
作者Author: liyuanhe211 时间: 2017-3-16 20:59
应该是不明原因没有在当前目录下找到这个文件，程序没找到这个文件就会在当前目录下生成一个新的Energy_Diagram_Y_Axis_Text.txt，并在里面填充默认文字（好像是“Free Energy”？忘了），看看有没有某个相关目录下存在这么个文件，内容是“Free Energy XXX”。把它改了试试
作者Author: adia 时间: 2017-3-16 21:04
谢谢老师，解决了
作者Author: liyuanhe211 时间: 2017-3-17 08:40
是什么问题？
作者Author: adia 时间: 2017-3-17 10:21
是我自己蠢，找错了这个文件的位置，跟老师的程序没关系，不好意思
作者Author: adia 时间: 2017-3-19 18:27
李老师您好，请问是chemdraw版本的问题吗，我用了好几个chemdraw，都打不开上面保存的png格式图片啊，请问您是那个版本的，谢谢
作者Author: liyuanhe211 时间: 2017-3-19 21:41
15、16都行
作者Author: adia 时间: 2017-3-19 21:49
好的，谢谢啦
作者Author: 三迩- 时间: 2017-9-2 17:42
老师您好，这个下载链接打不开了。
作者Author: exity 时间: 2017-9-8 06:14
awesome
作者Author: shx 时间: 2017-9-8 18:03
多谢楼主，非常实用。
我最近一直在用的是MagicPlot这个软件，有学术版本，免费的，用起来也很容易，也推荐一下。
作者Author: steven 时间: 2017-9-8 19:23
刚好需要,看到此帖.
谢谢
作者Author: xiaoma0417 时间: 2017-9-10 12:08
学习了，谢谢
作者Author: chw985550192 时间: 2017-10-31 19:45
您好，我在edit修改width的时候，只有一个横线变了，其他的为啥不变化，谢谢
作者Author: 哈哈哈 时间: 2019-5-10 08:52
老师，我有个小问题想问问你怎么处理的：示例中CP3是TS2的产物，从TS2走IRC得到CP3，从而可以计算一个CP3的能量。TS3走IRC得到其相应的反应物（以CP3-0表示吧），也可以计算其相应的能量。由于加了9，那么CP3-0和CP3体系的原子数不同能量变化应该有点大，想问这里是怎么处理的将CP3-0和CP3最终以CP3表示（体系原子数不同，怎么合并的。我做的也涉及到这个，我想做一个总的图，但会涉及原子数不同和催化的环境不同，不知道怎么合并合适）？谢谢哈
作者Author: liyuanhe211 时间: 2019-5-10 10:31
一个势能面上各个态的原子数必须是一样的，如果不一样应该配平，比如这里CP3之前其实应该相当于每一个态都加上一个孤立的化合物9的能量。
在考虑上述问题的基础上，如果CP3-0的自由能比CP3高，则只画CP3，否则，如果画的开/差的多，两个都画上，这说明CP3与PPh3会形成稳定的复合物，CP3-0单独画成一个态是合理的；如果CP3-0比CP3低，并且只能画下一个，只画CP3-0，因为下一步的活化自由能是从稳定的复合物开始算的。
作者Author: 哈哈哈 时间: 2019-5-10 11:03
好的 谢谢你
作者Author: pinkshu 时间: 2021-4-16 15:28
太赞了
作者Author: tsingjm 时间: 2021-5-15 11:15
作者Author: harpia 时间: 2021-6-4 20:05
感谢！
作者Author: mengyu0007 时间: 2022-4-17 13:22
感谢分享，最近一直在找
作者Author: 笃定 时间: 2024-11-11 21:29
感谢分享！
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