计算化学公社

标题: 计算螺烯的翻转能过程中过渡态的计算求助 [打印本页]

作者
Author: shen37 时间: 2021-12-4 10:45
标题: 计算螺烯的翻转能过程中过渡态的计算求助
计算螺烯的翻转能，先用柔性扫描的方式得到过渡态初猜结构，然后对初猜结构利用TS计算过渡态，但是计算后总是回到初始结构（柔性扫面前的结构），这是为什么呢？

# opt=(calcall,tight,ts,gdiis,noeigen) freq rb3lyp/6-31g(d,p)
guess=save geom=connectivity

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-12-4 10:54
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-12-4 10:57 编辑

（1）色散校正没加，看
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》http://sobereva.com/413
《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》http://sobereva.com/557
（2）螺烯翻转过渡态结构是否有开壳层双自由基特征，你这没考虑对称破缺波函数，也没检验过波函数稳定性。不能排除开壳层双自由基特征（不是说一定有，但你要通过计算告诉大家有/没有）。
（3）guess=save geom=connectivity没用，不妨删去，记得把坐标后面的连接关系也删掉。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-4 11:42
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“ 过渡态计算，关键词TS”改了，以后务必注意

帖子标题必须是完整的句子，不要就把几个关键词随便往帖子标题里一摆

作者
Author: shen37 时间: 2021-12-4 11:48

zjxitcc 发表于 2021-12-4 10:54
（1）色散校正没加，看
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》http://sobereva.com/413
《谈谈量 ...

（1）好的我加色散校正重新算一下
（2）过渡态应该是没有开壳层自由基特征的，我用opt=stable检验一下
（3）好的了解！

您可以帮忙详细解释一下为什么会从初猜结构，用TS后重新算回初始结构的具体原因吗？
谢谢！

作者
Author: shen37 时间: 2021-12-4 11:50

sobereva 发表于 2021-12-4 11:42
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的Sob老师，以后注意，谢谢!

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-12-4 11:50

shen37 发表于 2021-12-4 11:48
（1）好的我加色散校正重新算一下
（2）过渡态应该是没有开壳层自由基特征的，我用opt=stable检验一下
...

不存在opt=stable关键词

作者
Author: shen37 时间: 2021-12-4 11:53

zjxitcc 发表于 2021-12-4 11:50
不存在opt=stable关键词

stable=opt?

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-12-4 22:26

shen37 发表于 2021-12-4 11:53
stable=opt?

是的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-4 23:20
那是你取的过渡态初猜不对

给你个我在PM6级别下优化好的螺烯的过渡态结构

(, 下载次数 Times of downloads: 65)

作者
Author: shen37 时间: 2021-12-5 13:42

sobereva 发表于 2021-12-4 23:20
那是你取的过渡态初猜不对

给你个我在PM6级别下优化好的螺烯的过渡态结构

好的谢谢sob老师，我再重新柔性扫描二面角，重新再取过渡态初猜试一下。

作者
Author: zhangzb 时间: 2022-10-30 20:47

shen37 发表于 2021-12-5 13:42
好的谢谢sob老师，我再重新柔性扫描二面角，重新再取过渡态初猜试一下。

您好，请问你这个问题最后解决了吗？我遇到了跟你同样的问题：我想计算螺烯翻转的过渡态，先用柔性扫描得到一个过渡态的初猜结构，然后用opt=ts对这个过渡态进行优化的时候发现回到了初始结构。谢谢你！

作者
Author: shen37 时间: 2023-1-6 12:44

zhangzb 发表于 2022-10-30 20:47
您好，请问你这个问题最后解决了吗？我遇到了跟你同样的问题：我想计算螺烯翻转的过渡态，先用柔性扫描得 ...

应该是初猜结构的问题，你可以先粗略进行二面角扫描，确定范围后，再精细扫描一次，这样得到的初猜结构就有可能是准确的。可以多试试！

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