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标题: 求复合体亲和力研究思路，顺便求一份力场文件的总结 [打印本页]

作者
Author: yingi 时间: 2021-12-4 13:33
标题: 求复合体亲和力研究思路，顺便求一份力场文件的总结
最近想用NAMD研究小分子和蛋白结合的亲和力，将DOCK好的pdb输入charmm-gui，生成psf以及小分子的prm，已经添加了
par_all36_carb.prm
par_all36_cgenff.prm
par_all36_lipid.prm
par_all36m_prot.prm
这四个力场文件和复合体的psf，小分子的prm文件，并且设置paraTypeCharmm为on，但还是报错说DIDN'T FIND vdW PARAMETER FOR ATOM TYPE NN1，有没有大佬帮忙看看啊，然后顺便想问问xplor格式的力场文件和charmm的力场文件格式都有哪些啊，好混乱的感觉。

作者
Author: yingi 时间: 2021-12-4 13:35
1L，献上我key社美图

作者
Author: yingi 时间: 2021-12-4 16:47
好了，果然自己才是最强的。。。不过新问题来了，那就是初速度太大怎么办啊，只能调整坐标么

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