计算化学公社

标题: 关于Polyrate官方自带算例无法验证的问题 [打印本页]

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-7 11:06
标题: 关于Polyrate官方自带算例无法验证的问题
本人想采用Polyrate中的VRC-TST计算无能垒反应速率，在linux安装好intel以及mpi编译器后开始计算。
首先采用官方给的VRC-TST算例（即ch3tr1.jc）进行验证，然而运行出现以下报错：
“cp: 无法获取"poly.000/poly.fu6" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录”
“cp: 无法获取"poly.000/poly.fu15" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录”
后面我采用RP-TST去计算官方的算例，可以运行，没有问题。
想请教各位老师这个问题应当如何解决？

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-7 11:09
另外，我安装VRC-TST出现了以下问题，不知道是不是因为这个原因造成的？

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-7 11:10
Is this running used to generate Makefile for RP-VTST or VRC-VTST?
[ Choose 'RP' or 'VRC' ]: vrc
....found Intel Fortran compiler - ifort :/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/bin/intel64/ifort
....found MPI compiler :/usr/local/bin/mpif77
....found Intel C compiler :/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/bin/intel64/icc
....found MPI C compiler :/usr/local/bin/mpicc

Do the options chosen above look OK? [ yes ]: yes

Installing SPRNG2.0 library ...
primes_32.c: 在函数‘getprime_32’中:
primes_32.c:74:5: 警告：隐式声明与内建函数‘memcpy’不兼容 [默认启用]
   memcpy(prime_array,prime_list_32+offset,need*sizeof(int));
   ^
primes_64.c: 在函数‘getprime_64’中:
primes_64.c:75:5: 警告：隐式声明与内建函数‘memcpy’不兼容 [默认启用]
   memcpy(prime_array,prime_list_64+offset,need*sizeof(unsigned int));
   ^
SPRNG 2.0 installation complete

作者
Author: 王二葛 时间: 2021-12-7 14:03
试了一下，编译 VRC 版本时有一样的警告。run_allVRCVTST.jc 没有错误，检查 ch3tr1.fu6 发现正常结束

请检查一下 .fu6 或 .time 最后的报错吧

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-7 14:30

王二葛发表于 2021-12-7 14:03
试了一下，编译 VRC 版本时有一样的警告。run_allVRCVTST.jc 没有错误，检查 ch3tr1.fu6 发现正常结束

...

十分感谢回复。我执行run_allVRCVTST.jc后，在ch3文件夹里面没有发现.fu6文件生成，但是生成了ch3tr1.time文件，time文件内的内容显示如下：

/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mpirt/bin/intel64/mpirun:行96: /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mpirt/bin/intel64/mpivars.sh: 没有那个文件或目录
0.00user 0.00system 0:00.00elapsed 128%CPU (0avgtext+0avgdata 1648maxresident)k
0inputs+8outputs (0major+1772minor)pagefaults 0swaps

请问这个是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-8 08:10

594yy 发表于 2021-12-7 11:10
Is this running used to generate Makefile for RP-VTST or VRC-VTST?
[ Choose 'RP' or 'VRC' ]: vrc
...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-8 09:16

sobereva 发表于 2021-12-8 08:10
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

不好意思，我的疏忽，多谢社长提醒。

作者
Author: joeson 时间: 2022-10-25 22:22
你好，我也遇到了同样的问题，请问是如何解决的？

作者
Author: guaihaizi 时间: 2022-11-7 15:54
您好，我最近在学习polyrate，安装的时候rp版测试都正常运行，vrc版每次都提示
gmake -s ../exe/polyrate17.hni.serial.exe
/home1/software/intel_oneapi/mpi/2021.1.1/bin/mpif77: line 713: gfortran: command not found
Makefile:29: recipe for target 'acespoly.o' failed
gmake[1]: *** [acespoly.o] Error 127
Makefile:143: recipe for target 'HNIS' failed
gmake: *** [HNIS] Error 2
mv: cannot stat 'poly.fu6': No such file or directory
mv: cannot stat 'poly.fu15': No such file or directory
rm: cannot remove 'esp.fu61': No such file or directory
运行不了，请问您是怎么解决的

作者
Author: adminer 时间: 2024-1-5 16:23
你解决这个问题了吗，我也遇到了

作者
Author: adminer 时间: 2024-1-5 16:24

joeson 发表于 2022-10-25 22:22
你好，我也遇到了同样的问题，请问是如何解决的？

请问你的解决了吗，会不会是编译器版本的问题呀

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-1-6 19:27

guaihaizi 发表于 2022-11-7 08:54
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

确认gfortran编译器有没有安装
如果安装了，设置PATH变量和/或polyrate的安装选项，使得polyrate能正确地找到gfortran在哪
如果没安装，在网上搜linux安装gfortran的教程（最好用谷歌用英文搜，百度搜的教程需要自己甄别是否靠谱），照着安装

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