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标题: CP2K如何计算出图中表面静电势？ [打印本页]

作者
Author: Quantum198907 时间: 2021-12-7 12:04
标题: CP2K如何计算出图中表面静电势？
大家好！求助啦！使用CP2K如何计算出如图所示的表面静电势？谢谢！

图片引自“http://sobereva.com/443”

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-7 13:54
别自己在标题里写【求助】这种标签，给你去掉了

小分子极为不适合用CP2K算

非要算就让CP2K产生静电势和电子密度cub文件，恰当命名后放到VMD目录下，用下文相同的脚本绘制
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

作者
Author: Quantum198907 时间: 2021-12-7 14:59

sobereva 发表于 2021-12-7 13:54
别自己在标题里写【求助】这种标签，给你去掉了

小分子极为不适合用CP2K算

非常感谢！问题解决啦！我算了一个周期性表面结构，用了您提供的脚本，绘制出了类似的表面静电势图。再次感谢大佬！

作者
Author: aleilei 时间: 2022-4-18 22:16
请问怎么让CP2K产生静电势和电子密度cub文件？

作者
Author: 丁越 时间: 2022-4-18 22:32

aleilei 发表于 2022-4-18 22:16
请问怎么让CP2K产生静电势和电子密度cub文件？

将结构文件载入Multiwfn,生成CP2K的输入文件功能中-3选项就有产生静电势和电子密度的cube文件

作者
Author: aleilei 时间: 2022-4-19 01:10

丁越发表于 2022-4-18 22:32
将结构文件载入Multiwfn,生成CP2K的输入文件功能中-3选项就有产生静电势和电子密度的cube文件

谢谢您的回复，按您的方法，用multifwn生成了计算的inp文件，然后用cp2k产生了这两个cub文件，十分感谢

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-12 09:42

丁越发表于 2022-4-18 22:32
将结构文件载入Multiwfn,生成CP2K的输入文件功能中-3选项就有产生静电势和电子密度的cube文件

你好，我最近也遇到这个问题了。我使用Multiwfn软件得到cp2k的输入文件，方法基组是PBE/6-31g* ，计算能量，
使用选项-3中的选项 1 Electron density (also with spin density for unrestricted calculation)得到电子密度cube文件
选项4 Hartree potential (negative of ESP)得到静电势。
其余选项均为默认，最后得到了两个cube文件，然后根据sob老师的博文，将两个cube文件改名，使用脚本在VMD中显示，最终得到的是一个全红的静电势图，这显然是不正确的。请问我是哪里出错了吗？

作者
Author: 丁越 时间: 2022-8-12 09:47

wwl 发表于 2022-8-12 09:42
你好，我最近也遇到这个问题了。我使用Multiwfn软件得到cp2k的输入文件，方法基组是PBE/6-31g* ，计算能 ...

需要合理调节色彩条的数值范围，把作图脚本里面的参数改改。

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-12 09:51

丁越发表于 2022-8-12 09:47
需要合理调节色彩条的数值范围，把作图脚本里面的参数改改。

多谢大佬，请问是更改脚本中以下四条数值吗？
#Lower and upper limit of color scale of ESP (a.u.)
set colorlow -0.03
set colorhigh 0.03
#eV as unit
#set colorlow -0.8
#set colorhigh 0.8

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-12 10:22

丁越发表于 2022-8-12 09:47
需要合理调节色彩条的数值范围，把作图脚本里面的参数改改。

找到了，在VMD/Graphical Representa/Trajctory 界面有个Color Scale Date Range里面可以改数据，成功显示出红蓝相间的图案。非常感谢，没有您的提示的话，我可能一直以为自己得到的cube文件有问题，这会浪费我大量时间和精力。

作者
Author: madhatter 时间: 2023-2-18 15:17
本帖最后由 madhatter 于 2023-2-18 19:02 编辑

sobereva 发表于 2021-12-7 13:54
别自己在标题里写【求助】这种标签，给你去掉了

小分子极为不适合用CP2K算

问一下sob老师，我用cp2k得到了hatre potential（静电势的相反数）和电子密度图作图得到的是否与静电势相反，用上面两个文件结合multiwfn算出来极值点，例如极大值点是否实际是就极小值点 -0.8ev实际是0.8ev
我做出的静电势图是呈红色静电势正的但是算出的极值点确实极小值

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-19 01:29

madhatter 发表于 2023-2-18 15:17
问一下sob老师，我用cp2k得到了hatre potential（静电势的相反数）和电子密度图作图得到的是否与静电势 ...

那叫Hartree potential

是反过来的

如果不习惯，可以用Multiwfn载入Hartree potential的cube文件，用主功能13的子功能11乘以-1，然后导出cube文件，就对应静电势了。

作者
Author: madhatter 时间: 2023-2-19 19:07

sobereva 发表于 2023-2-19 01:29
那叫Hartree potential

是反过来的

图片是直接cp2k得到了hartree cube和density cube，作图得到的
按照sob老师*-1的方法，就完全相反不知道哪个对
目的是打算比较氧化石墨烯的含氧官能团吸电子能力如果静电势是正是否可以说吸引电子能力强
是否有其他方法比较或者不做周期性做非周期性用orca做静电势？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-20 02:37

madhatter 发表于 2023-2-19 19:07
图片是直接cp2k得到了hartree cube和density cube，作图得到的
按照sob老师*-1的方法，就完全相反不 ...

是kcal/mol不是kal/mol
显然乘了-1的才和习俗一致
表面静电势相对越正的地方亲电性越强、越容易糟亲核进攻

作者
Author: Janson_Shi 时间: 2023-5-27 20:48
本帖最后由 Janson_Shi 于 2023-5-28 21:16 编辑

madhatter 发表于 2023-2-19 19:07
图片是直接cp2k得到了hartree cube和density cube，作图得到的
按照sob老师*-1的方法，就完全相反不 ...

请问color legend那个极值点是怎么知道的呢？黄色的球蓝色的球是怎么显示的呢？

作者
Author: madhatter 时间: 2023-5-29 08:33
论坛里搜绘制静电势的教程里有

作者
Author: GWQ251 时间: 2023-9-30 18:44
本帖最后由 GWQ251 于 2023-9-30 19:35 编辑

此贴已删

作者
Author: GWQ251 时间: 2023-9-30 18:50
老师，请问我参考您推荐的方法用cp2k生成了 Molden 文件，然后送入到 multiwfn 中进行 ESP distribution 的分析（http://sobereva.com/196）。但是我发现 negative surface area 是NAN，但是vesta 直观看表面静电势能图出来的还是有 negative surface area 的。
另外我把您给我们的 file.zip 中的例子也试了一下（lycoris2-MOS-1_0.molden），但是看起来negative surface area 也是 NAN，请问我们有什么操作做错了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-1 06:41

GWQ251 发表于 2023-9-30 18:50
老师，请问我参考您推荐的方法用cp2k生成了 Molden 文件，然后送入到 multiwfn 中进行 ESP distribution 的 ...

Multiwfn不支持对周期性体系计算静电势，应当直接用CP2K产生的静电势cube文件绘图
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）
上文提到的界面里直接就可以选择输出Hartree势（静电势的负值）的cub文件

作者
Author: GWQ251 时间: 2023-10-1 10:29

sobereva 发表于 2023-10-1 06:41
Multiwfn不支持对周期性体系计算静电势，应当直接用CP2K产生的静电势cube文件绘图
使用Multiwfn非常便利 ...

非常感谢sob老师的答疑！但是如果我想做类似于 http://sobereva.com/196 这种不同静电势范围面积的分布情况，我该怎么做呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-1 10:35

GWQ251 发表于 2023-10-1 10:29
非常感谢sob老师的答疑！但是如果我想做类似于 http://sobereva.com/196 这种不同静电势范围面积的分布情 ...

目前不支持周期性体系，以后会支持

作者
Author: GWQ251 时间: 2023-10-1 10:48

sobereva 发表于 2023-10-1 10:35
目前不支持周期性体系，以后会支持

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: GWQ251 时间: 2023-10-5 09:32
sob老师，我又用基于resp电荷的chg文件带入到Multiwfn中进行ESP分析，具体如http://sobereva.com/639所给。但是我发现对于含有羟基的cof片段来说，他的最大和最小值在-120 ~ 120 kcal/mol范围内，这个是否合理呢。附件是cof的pdb文件和chg文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-5 10:29

GWQ251 发表于 2023-10-5 09:32
sob老师，我又用基于resp电荷的chg文件带入到Multiwfn中进行ESP分析，具体如http://sobereva.com/639所给。 ...

载入chg，进主功能0一看就知道结构明显都是错的，好好检查计算

(, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: GWQ251 时间: 2023-10-5 12:25

sobereva 发表于 2023-10-5 10:29
载入chg，进主功能0一看就知道结构明显都是错的，好好检查计算

好的，谢谢sob老师

作者
Author: xjc 时间: 2024-12-12 11:09

aleilei 发表于 2022-4-19 01:10
谢谢您的回复，按您的方法，用multifwn生成了计算的inp文件，然后用cp2k产生了这两个cub文件，十分感谢

能否在一次计算同时输出这两个文件呢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)