计算化学公社

标题: 21丹麦文献：TADF 分子中光物理速率计算的统一框架 [打印本页]
作者
Author: ShangChien    时间: 2021-12-7 15:06
标题: 21丹麦文献：TADF 分子中光物理速率计算的统一框架
本帖最后由 ShangChien 于 2021-12-7 19:51 编辑

最近在根据社长的帖子学习荧光、磷光计算方面的理论知识。初步学习Marcus理论，重组能，黄昆因子S，振子强度，辐射速率、系间穿越速率，反系间穿越速率。
实际需求是想要计算磷光发射效率，有个关键参数内转换速率K_ic，除了收费软件momap可以较快计算得到外，似乎没有什么简单的开源算法实现。
在查找文献过程中，发现了一篇丹麦学者今年的文章和大家一起分享。标题很吓人：
TADF 分子中光物理速率计算的统一框架

本人新手菜鸟，文章似乎提出了一个计算磷光敏化材料的通用方法和流程，对比计算了两个TADF分子，强调整套方法超越了 Condon 近似的理论方法，可惜没有提供代码程序。前辈们有兴趣可以查看一下，看看是否水分很大，或者是否有借助其他计算软件实现的可能。（会一点python,numpy,scipy）欢迎交流，谢谢啦。
论文地址
(, 下载次数 Times of downloads: 45)



(, 下载次数 Times of downloads: 42)




作者
Author: ShangChien    时间: 2021-12-7 15:25
本帖最后由 ShangChien 于 2021-12-7 19:31 编辑

实在不想用momap，License强行绑定网卡硬件MAC，不能随便安装在自己新机器上。软件运行过程中似乎有几率检查MAC，在文件夹中产生莫名其妙的..MAC信息相关的隐藏文件。这些隐藏文件在使rsync命令备份的时候会奇怪报错（似乎和我的网络也有关系）。虽然说有修改MAC的各种方法，但我没试过，不会去搞也不想搞，因为momap的使用流程复杂，并不用户友好，还需要自己写一系列脚本，关键是计算结果和实验对比也很一般。软件商业模式无权干涉，但就很不太喜欢这种绑定硬件的收费软件。把用户当**一样看待，格局属实小了。
作者
Author: snljty    时间: 2021-12-7 16:57
ShangChien 发表于 2021-12-7 15:25
实在不想用momap，Licese强行绑定网卡硬件MAC，不能随便安装在自己新机器上。软件运行过程中似乎有几率检查 ...

价格因素和某公司客服不评价。只是提醒一件事，目前的版本和2019之前的版本已经大不相同，之前的Fortran代码已经完全被C++和Python重构，使用比以前方便了很多很多，还提供了大量前后处理脚本，输入文件都可以自动构建，只要改一两个很小的地方即可，注释都写的很清楚，操作流程已经足够简单化，甚至可以看成给实验组的计算小白都能比较轻松使用，连自动读取数据绘图的脚本都提供了。手册也比之前清楚了一些。现在有个Trial License给普通PC单机30天使用的，我记得是免费试用，如果有兴趣的话可以考虑申请一下。
利益相关：经济利益无关，有一定联系
作者
Author: snljty    时间: 2021-12-7 17:03
本帖最后由 snljty 于 2021-12-7 18:36 编辑

另外这篇文献没提内转换吧，扫了一眼只看见了计算系间窜跃。系间窜跃不想用MOMAP的话用ORCA就能算。有个回复sob老师正在审核。
作者
Author: tiandikuoyuan    时间: 2021-12-7 18:31
dalton可以计算磷光速率，orca可以计算系间窜跃速率Kisc（手册8.15.4 Intersystem Crossing Rates），orca也可以计算磷光光谱和速率（手册8.15.3 Phosphorescence Rates and Spectrum），orca计算有点难度，它需要频率hess文件；这两都算不了内转换速率Kic
作者
Author: abin    时间: 2021-12-7 18:38
本帖最后由 abin 于 2021-12-7 18:39 编辑
ShangChien 发表于 2021-12-7 15:25
实在不想用momap，Licese强行绑定网卡硬件MAC，不能随便安装在自己新机器上。软件运行过程中似乎有几率检查 ...

说个题外话，
如果是你开发的软件，
想依靠软件授权获得收益，
你会如何做授权限制？

momap 的授权控制，
没有ADF做得那么自然。
我曾经尝试复显momap已经发表的算例，
没有成功。虽然我有momap授权。

ADF也是绑定硬件的，
过期失效。

楼上说的不错，
ORCA可以做一部分事情。
IC嘛，考虑用激发态动力学处理吧……

如果能认可，或者能接受，
观测到的发射，是从某一个稳态出去的，
那就比较好计算了。

作者
Author: ShangChien    时间: 2021-12-7 18:57
tiandikuoyuan 发表于 2021-12-7 18:31
dalton可以计算磷光速率，orca可以计算系间窜跃速率Kisc（手册8.15.4 Intersystem Crossing Rates），orca ...

谢谢回复！
作者
Author: ShangChien    时间: 2021-12-7 19:14
本帖最后由 ShangChien 于 2021-12-7 19:20 编辑
abin 发表于 2021-12-7 18:38
说个题外话，
如果是你开发的软件，
想依靠软件授权获得收益，

谢谢回复，我理解软件开发的特点，我不否认软件绑定硬件的商业模式是软件开发可持续发展的方式之一。我只是从用户的角度表达我个人使用体验。vasp和gaussian的同样是付费软件，但是使用体验就很不错。当然前辈您深耕计算化学商业应用，也可以表达从业者对于这种模式的态度和体验。
作者
Author: pwzhou    时间: 2021-12-7 19:23
FCclasses 3.0也可以计算IC，目前还没正式发布，但是可以写邮件给作者，作者会发给你（参考文献：J. Chem. Phys. 152, 054107 (2020); doi: 10.1063/1.5143212）
作者
Author: ShangChien    时间: 2021-12-7 19:26
snljty 发表于 2021-12-7 17:03
另外这篇文献没提内转换吧，扫了一眼只看见了计算系间窜跃。系间窜跃不想用MOMAP的话用ORCA就能算。有个回 ...

谢谢回复，讲解。我果然是菜鸟，因为文章好多公式，我基本看不懂，但我又感觉这篇文章很厉害的样子，所以分享出来给大家，我师兄说丹麦有几位认真研究理论计算的大牛，所以就莫名地有好感。
作者
Author: ShangChien    时间: 2021-12-7 19:33
pwzhou 发表于 2021-12-7 19:23
FCclasses 3.0也可以计算IC，目前还没正式发布，但是可以写邮件给作者，作者会发给你（参考文献：J. Chem.  ...

多谢指引明路，十分感谢！
作者
Author: pwzhou    时间: 2021-12-7 19:34
ShangChien 发表于 2021-12-7 15:25
实在不想用momap，License强行绑定网卡硬件MAC，不能随便安装在自己新机器上。软件运行过程中似乎有几率检 ...

内部应该是有一些参数可以调节的，但是在公开的说明书里面没有相关设置。虽然momap给了不少例子，但是都没有给一个完整的输入参数的列表，实在不应该。包括分析键长、键角和二面角对重组能贡献的设置（Proj_reorg=.t.）这个非常常用的输入参数在例子里都没给出。
作者
Author: abin    时间: 2021-12-7 19:43
ShangChien 发表于 2021-12-7 19:14
谢谢回复，我理解软件开发的特点，我不否认软件绑定硬件的商业模式是软件开发可持续发展的方式之一。我只 ...

我没有开发商业软件的能力，
也无力推广他们的momap ，
不过这个软件使用体验，
和各种弱智的在线系统有一拼。
作者
Author: ShangChien    时间: 2021-12-7 20:08
本帖最后由 ShangChien 于 2021-12-7 20:13 编辑
pwzhou 发表于 2021-12-7 19:34
内部应该是有一些参数可以调节的，但是在公开的说明书里面没有相关设置。虽然momap给了不少例子，但是都 ...

我目前使用的是商业化1.0版，应该是最难用的版本。看不懂参数名称，又是两个参数输入文件，多次运行还有先后依赖关系，程序产生的输入文件还得自己手动编辑设置，然后调整路径，不吹不黑，我觉得难用和我本身理论知识水平差也有关系。新版可能有改进，But升级新版得加钱，关键是结果也就那样，所以金主爸爸并不考虑升级
作者
Author: ShangChien    时间: 2021-12-7 20:51
本帖最后由 ShangChien 于 2021-12-7 20:56 编辑

吐槽这么多momap，分享自己写的小脚本——根据GaussianView输出的*.mol文件，固定Gaussian计算文件分子结构的可转动键所在的二面角。
初代momap计算重整能，需要用户手动固定中性分子和带电分子可转动键的二面角（我并不知道为什么这么操作和依据，祖传逻辑不解释。不知道新版是否还是这样）
使用时请注意修改*.mol路径和Gaussian输入文件*.com的路径
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-12-8 03:15
abin 发表于 2021-12-7 11:38
说个题外话，
如果是你开发的软件，
想依靠软件授权获得收益，

ORCA近半年到一年内有计划做IC，代码已经写了一部分了
作者
Author: sobereva    时间: 2021-12-8 08:14
wzkchem5 发表于 2021-12-8 03:15
ORCA近半年到一年内有计划做IC，代码已经写了一部分了

非常希望这样一个免费的程序能彻底取代mmp
作者
Author: pwzhou    时间: 2021-12-8 08:29
wzkchem5 发表于 2021-12-8 03:15
ORCA近半年到一年内有计划做IC，代码已经写了一部分了

太好了，非常期待
作者
Author: fy_111    时间: 2022-3-19 23:58
snljty 发表于 2021-12-7 16:57
价格因素和某公司客服不评价。只是提醒一件事，目前的版本和2019之前的版本已经大不相同，之前的Fortran ...

你好，我最近刚开始学习使用momap分析，在momap和Gaussian联用计算numfreq时遇到一些问题，不知道你有通过这种方法算过numfreq吗？如果有的话可以请教一下吗？谢谢
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2022-3-20 03:42
wzkchem5 发表于 2021-12-8 03:15
ORCA近半年到一年内有计划做IC，代码已经写了一部分了

是指找CI算NAC嘛？
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-3-20 16:35
喵星大佬 发表于 2022-3-19 20:42
是指找CI算NAC嘛？

不是，是指的对于那些不经过锥形交叉点发生IC的体系，在激发态平衡位置处做Fermi golden rule计算。如果是经过锥形交叉点发生IC的体系，除了跑NAMD应该没有好的办法
作者
Author: bnulk    时间: 2022-3-20 21:23
本帖最后由 bnulk 于 2022-3-21 01:00 编辑

忆往昔二十年前，用狄拉克的《量子力学原理》第七章“微扰理论”提供的方法，算过系间窜越和内转换的速率，过程比较简单。不过算出来的速度比实验值要大，后来毕业了也没再搞过。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-3-20 23:02
bnulk 发表于 2022-3-20 14:23
忆往昔二十年前，用狄拉克的《量子力学原理》第七章“微扰理论”提供的方法，算过系间窜越和内转换的速率， ...

看到“罗必塔（Robert）法则”，就知道这篇文章不能信了
作者
Author: bnulk    时间: 2022-3-20 23:57
wzkchem5 发表于 2022-3-20 23:02
看到“罗必塔（Robert）法则”，就知道这篇文章不能信了

为啥呀？ 在交叉点处用罗比塔法则，问题出在哪里啊？

这么多年一直这么处理的，真心请教。谢谢
作者
Author: zjxitcc    时间: 2022-3-21 00:36
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-3-21 00:39 编辑
bnulk 发表于 2022-3-20 23:57
为啥呀？ 在交叉点处用罗比塔法则，问题出在哪里啊？

这么多年一直这么处理的，真心请教。谢谢

我不知道具体化学问题。但是洛必达法则的洛必达 英文是L'Hospital。洛必达是法国人，若按法语写的话，中间没有字母s。无论如何，不会是“罗必塔（Robert）法则”、“罗比塔法则”
作者
Author: bnulk    时间: 2022-3-21 00:58
zjxitcc 发表于 2022-3-21 00:36
我不知道具体化学问题。但是洛必达法则的洛必达 英文是L'Hospital。洛必达是法国人，若按法语写的话，中 ...

尴尬。 删了



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3