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标题: GROMACS体系能量最小化时加入的聚合物分子构型一直出错求助 [打印本页]

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Author: 牛文文 时间: 2021-12-7 15:23
标题: GROMACS体系能量最小化时加入的聚合物分子构型一直出错求助
本帖最后由牛文文于 2021-12-7 15:27 编辑

各位老师同学大家好，我目前在尝试用质子化后的OPBI十二聚体掺杂磷酸进行模拟。力场用的是GAFF力场，用RESP电荷进行拟合。质子化后的OPBI十二聚体（带24个正电荷）的结构用PM6-D3优化后又添加了相同数量带负电的磷酸进行中和并扔到gromacs里进行能量最小化，但是每次运行后OPBI（2+）构型都会出问题。（之前做中性的OPBI是没有问题的）后来也尝试放到MS用PCFF力场先优化一下发现还是出现同样的问题，在MS里看了下能量最小化后成了两个键的H原子键级也没有问题

第一个gview截图六元环应该是苯环，不过以前看过sob老师的帖子说是gview里的成键不需要太关注所以没有在意这一点
请问大家有没有解决方案？感谢大家！

另外我也放一下我的拓扑文件，希望大家帮忙看看有没有问题

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Author: sobereva 时间: 2021-12-8 08:28
你先弄一个简化模型，只保留其中一个单元并且边缘用氢封端，然后跑跑，如果也有这个问题，仔细检查itp里的angle项参数的合理性

成键方式不影响量化计算，但对于acpype能正确指认参数有至关重要的影响，给acpype提供的mol2文件里的形式键级一定要保证正确

作者
Author: 牛文文 时间: 2021-12-8 16:56

sobereva 发表于 2021-12-8 08:28
你先弄一个简化模型，只保留其中一个单元并且边缘用氢封端，然后跑跑，如果也有这个问题，仔细检查itp里的a ...

谢谢sob老师，仔细研究了下itp文件，确实出错的地方键角会偏小。请问我想手动修改的话，除了键角这里修改，还有其他地方需要修改吗？
gromacs初学者在这方面还没有经验，谢谢您的回答

作者
Author: 心向暖阳 时间: 2021-12-8 18:01
试试ztop

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Author: sobereva 时间: 2021-12-9 06:25

牛文文发表于 2021-12-8 16:56
谢谢sob老师，仔细研究了下itp文件，确实出错的地方键角会偏小。请问我想手动修改的话，除了键角这里修改 ...

先把能明显看出不合理的地方改了，如果还不行再说别的

作者
Author: 牛文文 时间: 2021-12-9 09:01

心向暖阳发表于 2021-12-8 18:01
试试ztop

我先试试手动修改键角，之后可以研究研究ztop

作者
Author: 牛文文 时间: 2021-12-9 18:47

sobereva 发表于 2021-12-9 06:25
先把能明显看出不合理的地方改了，如果还不行再说别的

老师我修改了键角之后发现还是不行，看了看二面角应该也存在问题。但是二面角太复杂了，我打算试试楼里提到的ztop了。
不过我有一个疑问，就是我这个问题的根本原因还是构型优化不合理导致的吗？
谢谢老师回复

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-10 04:29

牛文文发表于 2021-12-9 18:47
老师我修改了键角之后发现还是不行，看了看二面角应该也存在问题。但是二面角太复杂了，我打算试试楼里提 ...

跟优化没直接关系

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