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标题: 芳香化合物自由基氧化的高斯计算是否需要加色散校正 [打印本页]

作者
Author: 落微 时间: 2021-12-7 16:18
标题: 芳香化合物自由基氧化的高斯计算是否需要加色散校正
各位老师好，请问我做芘自由基氧化的模拟，基组和关键词是6-31g(d,p) m062x，现在已经结构优化和单点能计算结束了，有几个关于色散校正的问题想请教各位老师：1.结构优化和单点能计算结束后相加色散校正，该怎么计算呢？
2.色散关键词是啥呢？有没有相关资料，不同泛函的关键词写法一样吗？。
3.结构优化前色散校正加在哪怎么加呢？
在论坛上看了一些帖子，但总感觉没看到点子上，还是不太明白。

看完帖子后自己设的，想着重新计算单点能加色散，报错了。请各位指教
%chk=E:PYE\Pye-D3\Pye1.chk
# 6-31g(d,p) m062x EmpiricalDispersion=GD3BJ out=wfn

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0 1
C                3.70682400 -0.66959100 -0.00000500
C                2.76740200 -1.69361500 -0.00001600
C                1.39726600 -1.40544400 -0.00001700
C                0.97737500 -0.04819500 0.00000300
C                1.94393400 0.99437200 0.00002100
C                3.30227300 0.66142500 0.00001500
C                0.39677900 -2.44060100 -0.00005500
C                -0.41558300 0.26960600 0.00001200
C                -1.37081400 -0.77778300 0.00003100
C                -0.92550600 -2.14448400 -0.00002000
C                -2.73550700 -0.44273300 0.00003300
C                -3.14036600 0.88999800 -0.00006100
C                -2.19825900 1.91103700 -0.00008400
C                -0.83016100 1.62924200 -0.00000900
C                0.17130000 2.66313100 0.00002900
C                1.49127300 2.36252400 0.00003800
H                2.23892600 3.15073200 0.00006000
H                -0.16070400 3.69786300 0.00003400
H                0.72979000 -3.47472900 -0.00010900
H                4.76537200 -0.90944500 -0.00000900
H                3.08896900 -2.73128800 -0.00003400
H                4.04097800 1.45817700 0.00003100
H                -2.52860100 2.94586400 -0.00011100
H                -4.20160400 1.12674300 -0.00021000
O                -3.62575800 -1.47138000 0.00012500
H                -4.52187600 -1.11791700 -0.00011800
H                -1.67457400 -2.92829800 -0.00002300

E:\PYE\Pye-D3\Pye1.wfn

作者
Author: sai77 时间: 2021-12-7 16:28
GD3BJ改成GD3

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-7 17:05
看卢老师这几篇博文。
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》
http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
《DFT-D色散校正的使用》
http://sobereva.com/210
《乱谈DFT-D》
http://sobereva.com/83
《DFT-D4色散校正的简介与使用》
http://bbs.keinsci.com/thread-12136-1-1.html

作者
Author: 落微 时间: 2021-12-7 18:28

sai77 发表于 2021-12-7 16:28
GD3BJ改成GD3

感谢老师，我试了一下，改成GD3后正常了，但是我想用D3BJ该怎么设呢？

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-7 18:33
本帖最后由 snljty 于 2021-12-7 19:17 编辑

落微发表于 2021-12-7 18:28
感谢老师，我试了一下，改成GD3后正常了，但是我想用D3BJ该怎么设呢？

认真看上面的博文，看完再问。原理上M06-2X就不可能用0阻尼的D3校正。

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-7 18:36
另外重新计算单点加色散校正根本不用重新算一次SCF，基于几何结构直接用DFT-D3独立程序就能算，手动加上即可。上面给你的链接都有。不过如果色散校正对你的结构能量影响很重要，应该几何优化就带上而不是算单点才带。当然M06-2X一定程度上能描述色散，这个问题会好很多。

作者
Author: 落微 时间: 2021-12-7 18:51

snljty 发表于 2021-12-7 18:36
另外重新计算单点加色散校正根本不用重新算一次SCF，基于几何结构直接用DFT-D3独立程序就能算，手动加上即 ...

谢谢老师，已经在看了DFT-D3独立程序是博文里的：/usr/uploads/file/20150609/20150609203011_54761.rar吗？我算了D3是可以征程算出来结果的，但用D3BJ时报错了，请问是什么问题呢？
24       1          0       4.201604 1.126743 0.000210
   25       8          0       3.625758 -1.471380 -0.000125
   26       1          0       4.521876 -1.117917 0.000118
   27       1          0       1.674574 -2.928298 0.000023
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):    0.9089316    0.4517719    0.3017775
Standard basis: 6-31G(d,p) (6D, 7F)
There are 305 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 305 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
305 basis functions, 546 primitive gaussians, 305 cartesian basis functions
57 alpha electrons    57 beta electrons
   nuclear repulsion energy    1085.8912790258 Hartrees.
NAtoms= 27 NActive= 27 NUniq= 27 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be 262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 4336 IXCFnc= 55 ScaHFX=  0.540000 IDFTD=4
Error termination via Lnk1e in E:\GAUSSIAN09\G09W\l301.exe at Tue Dec 07 18:42:13 2021.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

作者
Author: sai77 时间: 2021-12-7 19:18

落微发表于 2021-12-7 18:51
谢谢老师，已经在看了DFT-D3独立程序是博文里的：/usr/uploads/file/20150609/20150609203011_54761.rar ...

《DFT-D色散校正的使用》
http://sobereva.com/210

“对于M05/06/08系列明尼苏达系列泛函，如M06-2X，只能用零阻尼而不能用BJ阻尼，因为这类泛函已经表现出了中程相关，所以要用零阻尼形式来避免因引入中程校正而导致的double-counting。”
写得很清楚了。为什么非得用GD3BJ？

作者
Author: 落微 时间: 2021-12-8 11:31

sai77 发表于 2021-12-7 19:18
《DFT-D色散校正的使用》
http://sobereva.com/210

感谢老师，看到别人文章做类似的用的D3BJ，所以想用，感谢老师解惑，我再仔细读一读博文

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