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标题: 优化黄素类辅基结构遇到不收敛以及结构不符合预期的问题 [打印本页]
作者
Author: zjx-leslie    时间: 2021-12-7 20:55
标题: 优化黄素类辅基结构遇到不收敛以及结构不符合预期的问题
    本人想采用sob老师的RESP2方法拟合一个异戊二烯化的FMN的RESP电荷用于后续的QMMMMD计算，在构象优化的过程中遇到一系列问题，想请教一下论坛的各位前辈。
    最初，本人用单个异戊二烯化的FMN分子（prFMN），直接按照RESP2拟合电荷的文章给出的组合进行优化，但并不收敛，在加了SCF=novaracc之后，可以收敛了，但结构并不符合预期（附件中有输入文件和输出）。
    随后在论坛提问过后，本人将与prFMN结合的锰离子和残基都考虑到了优化的结构内，但此时利用文章内给出的组合(基组为TZVP)，SCF一直不收敛，在尝试了PPT内解决SCF不收敛的几乎所有方法后，仍然不收敛，因此，本人采用了小基组（6-31G**）进行优化，但在跑过最初的几个大循环后，仍然出现了不收敛的问题，在尝试过各种方法后也不奏效。
    于是，本人利用gaussview的clean工具进行了初步处理，将处理后的结构再进行优化，但在进行了几十个大循环后出现了L103错误，并且结构发生了严重的偏离。（附件中有输入文件和输出）。
    本人猜想是否是因为初始结构不合理，因此想请教各位前辈指导一下我这个体系结构是否合理，输入文件中的电荷以及自旋多重度是否合理，以及应该采用怎样的组合进行优化。
初始体系如下图，prfmn异戊二烯环的氮带一个正电荷，碳环上的羟基带一个负电，侧链的磷酸带两个负电，谷氨酸带一个负电，天冬酰胺不带电，组氨酸不带电，锰离子两个正电荷，水不带电，中间形成了配位键因此我给整个体系赋予了一个负电，自旋多重度是默认值，在这个体系中，参与催化的部分是上面的环结构，侧链和这几个残基都不参与催化。
    在附件中有我给出了输入文件和log文件，图片分别为单个prfmn,带残基的体系，以及参考文章中给出的prfmn的结构式。
作者
Author: sylar    时间: 2021-12-7 21:22
本帖最后由 sylar 于 2021-12-7 21:29 编辑
  1. 0 1
  2. C                 -1.45226400    3.11626500    0.24560000
  3. N                 -1.05873900    1.72230100    0.03599300
  4. C                 -2.00676800    0.76269600   -0.23310300
  5. C                 -1.60646300   -0.58390500   -0.25196900
  6. C                 -2.54082700   -1.58643100   -0.66485100
  7. N                 -3.80119000   -1.07521700   -0.93264100
  8. C                 -4.19791800    0.25812800   -0.79245500
  9. N                 -3.25285500    1.17726800   -0.46608100
  10. O                 -5.38677200    0.54975000   -0.99472000
  11. O                 -2.31541300   -2.80017600   -0.80633000
  12. N                 -0.29508900   -0.93576700    0.13893200
  13. C                  0.71680300    0.06075400   -0.05080300
  14. C                  0.28935000    1.39549200   -0.08692800
  15. C                  1.25675600    2.38531900   -0.25307700
  16. C                  2.58560600    2.05422200   -0.47395500
  17. C                  2.99874100    0.70327700   -0.50626000
  18. C                  2.07042500   -0.30511100   -0.19609500
  19. C                  2.42084400   -1.79223900   -0.04098100
  20. C                  1.41352000   -2.39994400    0.95725500
  21. C                  0.01212500   -2.10180500    0.63754900
  22. C                  3.80100700   -2.07257300    0.58434000
  23. C                  2.29333400   -2.50014300   -1.40166300
  24. C                  4.42092100    0.41638200   -0.91987800
  25. C                  3.56784600    3.17216600   -0.69826500
  26. H                 -0.80733300    3.55546200    1.01098000
  27. H                 -2.48406400    3.13626200    0.59002100
  28. H                 -4.50953700   -1.74170000   -1.21547200
  29. H                  0.96955700    3.42965800   -0.26267800
  30. H                  1.54802700   -3.48474000    1.01387900
  31. H                  1.62612300   -2.00236600    1.96603900
  32. H                 -0.79527500   -2.80160500    0.80480200
  33. H                  3.79631600   -3.09361800    0.98078900
  34. H                  4.61878700   -2.01135800   -0.13165500
  35. H                  4.00412600   -1.38830500    1.41433200
  36. H                  2.52097700   -3.56652800   -1.28944700
  37. H                  1.28037100   -2.40487600   -1.80882500
  38. H                  2.99195300   -2.07310800   -2.12754200
  39. H                  4.77693000    1.20147800   -1.58972300
  40. H                  5.10906200    0.38168800   -0.06717700
  41. H                  4.50390000   -0.52524000   -1.46028800
  42. H                  3.11218800    4.13554300   -0.45826600
  43. H                  4.46355700    3.04775700   -0.08107800
  44. H                  3.89954800    3.20839900   -1.74309900
  45. H                 -1.37403400    3.70235200   -0.67823300
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我做过这个辅酶，但把磷酸截断了，优化以后是这个样子的，你这个优化出来的太奇怪了
单独的这个初始结构太离谱，有氨基酸的截断位置缺氢，电荷不对，试着删除主链，冻结氨基酸的CA，一定要把CA的氢补齐
作者
Author: zjx-leslie    时间: 2021-12-7 22:22
sylar 发表于 2021-12-7 21:22
我做过这个辅酶，但把磷酸截断了，优化以后是这个样子的，你这个优化出来的太奇怪了
单独的这个初始结构太 ...

非常感谢您的回复，我理解了您的意思，我这一步主要是想计算RESP电荷用于后续的建模，所以侧链这一部分没有的话，对于拟合这个分子的resp电荷的不确定是否有影响。
还有就是我这个体系里，是哪一部分的电荷不合理呢，是残基还是fmn呢，因为我主要也考虑到fmn的侧链磷酸会电离，所以就保留侧链了，而且侧链也会和锰离子形成配位



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