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标题: 求助，gromacs算水本身的溶剂化自由能报错 [打印本页]

作者
Author: gorky 时间: 2021-12-7 21:05
标题: 求助，gromacs算水本身的溶剂化自由能报错
在使用gromacs里的spce水纯溶剂计算一个spce水分子的溶剂化自由能时（按照刚性水算的）。在进行能量最小化时就出现如下图1报错：（大概意思就是致命错误：
拓扑结构的 [molecules] 部分指定了多个具有 [settles] 块的 [molecules] 块。只允许一个这样的。如果您尝试将溶剂划分为不同的*组*（例如用于冷冻、T 型偶联等），则您使用了错误的方法。索引文件指定组。否则，您可能希望将具有 SETTLE 约束的最少使用的分子块更改为 3 个正常约束。）这是我设置的要计算的spce的单个分子的itp，就把名字改了一下，如图spce1。上面的报错我理解就是把[ settles ]重复设置了，因此就把它换成[ constraints ]约束一下，所以这个单个水分子的itp我就换成下图spce2这样了：
然后改完之后就可以正常算溶剂化自由能了，结果上看用spce算的溶剂化自由能比实验值偏高一些（大概高3kj/mol），换成tip3p算的更接近实验值(比实验值低不到1kj/mol).
但是没有找到用gromacs算水的溶剂化自由能文章，所以这么改不知道合不合适，或者说有没有好方法用gromacs算水的溶剂化自由能。

（之前有幸上过卢老师的gromacs培训班，希望卢老师有时间抽空帮忙看一下，感谢感谢@sobereva ）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-8 08:46
这么算没问题
对水这么关心，应当用目前最好的水模型OPC来算，至少也用同为三点水模型的OPC3

作者
Author: gorky 时间: 2021-12-8 10:33

sobereva 发表于 2021-12-8 08:46
这么算没问题
对水这么关心，应当用目前最好的水模型OPC来算，至少也用同为三点水模型的OPC3

懂了，谢谢sob老师

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