公社群聊Q&A整理：2015.09.24 21 ~ 2015.09.28 22 - 计算化学公社

2015.09.24 21:33:54
Q:
[图片]Set scale factor for stepsize一项找不到啊@Sobereva
A:
[图片]
Q:
谢谢老师
[图片]老师，我将梯度和位移的收敛标准降低；又将Set scale factor for stepsize一项设为0.5，都试过了，仍未成功啊@Sobereva
A:
选项6暴力搜索
Q:
[图片]老师调用6用搜索多了啊？怎么解决啊@MangoMaMa
A:
感兴趣的都已经搜索出来就没必要再搜索了，具体情况具体分析
如果用了赝势，或者考察的不是电子密度，那想找全会很费劲也没必要找全
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2015.09.25 03:48:02
A:
适当对本群的规章制度进行了完善，见群共享里的规章制度。
Q:
群规写得很幽默...
A:
本次群规修订的主要更改和完善：
1 话题讨论范畴：本群平日讨论内容仅限自然科学，并以理论、计算化学为主，周末或深夜允许适度讨论其它内容，但严禁讨论哲学、宗教以及与天朝政治有关的内容
2 黄牌制度：得两次黄牌者，直接移出此群
3 关于私聊：Sobereva不接受一般性计算化学问题的私聊（除非是涉及保密内容），这类消息会被直接无视
Q:
支持支持支持...
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2015.09.25 03:48:02
Q:
[Emoticon]
哲♂学www
好难得...@Tree
A:
没有那个符号哦
[Emoticon]又碰面了
Q:
哎嘿嘿~ 该说又被炸出来了么w
真难得Sob也笑地这么地开心...
撒西不理@牛魔王
A:
有点八卦心理
Q:
猫语不懂...
一直很想学日语，但一直怀疑自己学日语的天分，所以一直都没有学....
A:
[图片]别想得太复杂
能有多少人是有天分的
Q:
对对对
有两位的支持，感觉超幸福....
A:
有学的兴趣就已经足够了
Q:
日语真的是发自心底想要学的东西....
A:
准备过阵子好好突击突击日语，年底旅游时可能要用到，以前学的都忘得差不多了
Q:
哟
哟
好巧啊～ sob酱也是计划年底去日本玩儿吗？
A:
然
Q:
如果只是想想，那就是想想吧。
都打算去哪些地方哇？
你们到时候可以一起去...这场景想想都很美好 @Tree
A:
不知道，应该是由别人来定
Q:
秋叶原是一定会去的w
A:
不过这辈子决定在日本要干的两件事一个是去趟comiket，一个是去富士山看日出
秋叶原是预定要去的，这必须的
你想多了[图片]
Q:
我这次是打算去东京和京都
就怕在秋叶原挪不动步子了www
A:
估计在那里就把箱子都塞满了本子CD周边了
Q:
www
还有手办
脑补各种画面....
A:
手办穷一生，不打算入坑
Q:
那倒是…
A:
有三样BD到时候是一定要入手的
1 上低音号
2 lovelive 5th live
3 lovelive剧场版
Q:
入几个心头好就好啦（入坑的时候都这么想
（然而
A:
入一些粘土还消受得起
Q:
我想领一只evil homura回家prprpr
[Emoticon]
A:
真打算prpr么？
Q:
no
我一直在google各种词汇...
才大致了解你们在聊什么...
A:
[Emoticon]
Q:
拜还差不多www
每天供奉几只馒头（卡）
A:
evil设定我觉得没有正常形态美
Q:
但hentai属性大加分啊
A:
你打算年底去的时候参加C89么？
Q:
估计去不了… 时间上刚好错开了
因为圣诞和新年想想就很夸张，所以稍微提前了一点儿
sob酱打算去淘本子？
A:
想必是约妹子同去？
看情况，我也说不好
反正这辈子去Comiket机会多的是
Q:
就不能约伪娘么？www
A:
[Emoticon]
伪百合www
Q:
啊啊啊！！！我们是不是在错误的群进行了错误的展开？忽然看到群名字…
A:
没事，新群规明确规定深夜对话题不做限制
当然如果羞耻心扛不住可以转至副群继续
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2015.09.25 16:25:58
Q:
老师：multiwfn中怎么修改分子中原子的颜色呢[图片]，比如想用红色表示H原子，谢谢老师
A:
此文说了怎么在Multiwfn里改原子颜色：
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
如果想修改原子标签的颜色或修改键的颜色，分别调节settings.ini里的atmlabRGB和bondRGB参数即可。要设定的是红(R)、绿(G)、蓝(B)的分量，分量范围从0到1。比如黑色对应0,0,0，白色对应1,1,1，亮绿色对应0.0,1.0,0.0，暗红色对应0.3,0.0,0.0。如果想调节原子球的颜色，需要设定settings.ini里的atmcolorfile。比如atmcolorfile= C:\temp\color.txt代表从C:\temp\color.txt文件中读取原子的色彩设定，此文件需包括每个元素色彩的红、绿、蓝分量。建议大家直接基于examples目录下的模板文件element_color.txt来修改，想调节哪个元素的颜色就修改哪个元素即可，其它的不用动。
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2015.09.25 16:38:01
Q:
请教各位老师，这样的图形是怎么得到的？[图片] MESP (V = −131.3 kJ mol−1) isosurfaces for water
A:
用Multiwfn的静电势盆分析功能能找到静电势极小点坐标，就是你图中两个黑球
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
然后退回到主菜单，进主功能13，选-2看等值面，适当调节isovalue，就会同时看到极小点和静电势等值面。
[图片]
你也可以用cubegen计算静电势格点数据然后用Multiwfn找其极小点坐标，然后用VMD或gview之类显示等值面之类。
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2015.09.25 17:27:43
Q:
[图片]MESP (V = −131.3 kJ mol−1) isosurfaces for water 各位老师请教一下，这样的图形是怎么得到的？
A:
[图片]
白回复了！
Q:
这是大白么
A:
[图片]
Q:
恩恩，谢谢sob老师刚刚没看到
A:
我是说静电势那个问题
以后如果回复没人看就不再回复离线时收到的信息了
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2015.09.25 16:38:01
Q:
请问计算焓H的时候，不用BSSE校正么？
A:
不用
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2015.09.25 16:38:01
Q:
[图片]请问怎么处理啊，老师，一直没有yes啊
我是不确定加gdiis还是我初始构型不对
[图片]怎么使其一致啊，老师，我想用QST2找过渡态呢@Sobereva
A:
同时显示两帧结构，挨个切换原子，自行对照，如果都对得上就行，不用管提示。
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2015.09.25 16:38:01
Q:
请教一个问题，如何在fortran的同一行中写入字符和数据？
A:
比如write(10,"(' Test output:',f12.6 )") testdata
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2015.09.25 16:38:01
Q:
ZPVE和ZPE的区别是？
A:
ZPVE和ZPE是一码事
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2015.09.25 16:38:01
Q:
Journal of Theoretical and Computational Chemistry ，请问JTCC还是SCI收录吗？
已经补踢出了，还是只是不公布影响因子？
A:
JTCC仍被SCI收录，而且IF又重新公布了
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2015.09.25 16:40:00
Q:
各位老师请教一下弱相作用会使体系的HOMO-LUMO gap 减小吗，态密度也会产生相应的变化吗
A:
影响通常很小
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2015.09.25 16:47:23
Q:
NLMO可以看轨道的相互作用吗？
S老师
A:
NBO程序都是输出的NBO轨道间的E2，没必要考察NLMO
做steric分析的时候倒是基于NLMO来做的
Q:
我在做一个二聚体的电荷分析，在单键附近的碳原子上有较大的负电荷，由于他们的排斥，导致聚合物分解。
A:
这牵扯不上NBO分析
或者说硬要通过轨道相互作用来讨论只会被误导
Q:
我想是否可以有类似轨道的直观的图来反映这个斥力。还是说静电势是可以反映。
A:
静电的问题基于静电来讨论，不要把轨道相互作用搀和上
本质完全不同
所以NBO在分析弱相互作用上误导了很多人，NBO里什么都是超共轭
Q:
所以很迷茫
A:
靠原子电荷、静电势分析
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
Q:
[图片]
A:
这种离得很近的情况，RDG或NBO steric分析考察位阻作用
Q:
都碳原子，空间位阻值得考虑
呵呵，你早该将图完整呈现，讨论半天都没集中到问题上
A:
是啊
Q:
[图片]
整体是这样的，这个体系是带二个负电荷的。
稍等
[图片]
推测有两种反应路径，从能量角度讲，a是更容易反应
[图片]
可以计算一个键能是吧。
有什么图可以更直观吗？不单单是数字。
A:
RDG图、ELF、键级、变形密度图、片段密度差图、静电势分析（切成两个片段分别作图放在一起比较）、CDA分析、NBO steric等等各种各样全都能往上招呼
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2015.09.25 17:00:14
Q:
谢谢老师的指导，关于算焓H我还有些疑问，请问算的时候为什么不用考虑BSSE校正啊？
A:
什么体系？
Q:
就是常见的有机物之间的相互作用
A:
弱相互作用算能量的时候考虑bsse校正，其它任何情况都不考虑，包括非弱相互作用，或者优化、振动分析的时候。
Q:
恩，好的，谢谢
老师，如果含有氢键的体系呢，我看别人的论文中是没有考虑BSSE校正，这个是不是合理啊？
是含有氢键体系的时候算的焓H
恩，是一个吡啶类离子液体吸收SO2气体的体系
A:
有弥散函数时，对于氢键，没必要非得考虑BSSE
静电主导的弱相互作用BSSE问题也没有色散主导的那么严重。
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2015.09.25 17:18:11
Q:
SOB威武！
请问各位，做金属离子的计算分析的时候，是不是最好要用lanl2dz这个基组啊？谢谢了。。。
A:
这只是常用的廉价的选择而已
就像计算轻原子用6-31G*
Q:
噢，不是的，你可以在福州大学章老师那个量化计算课件里的第80页左右ppt里看到，lanl1和lanl2的区别，赝式基组有一些，你可以具体看，不一定都用lanl2
A:
lanl1几乎根本没法用
顺带一提那个幻灯片在赝势方面一些说法是错误的
Q:
[Emoticon]
谢谢老师，我再回去看看那篇ppt
A:
[图片]
CEP才是较少使用，居然这里说很流行的SDD较少使用
Q:
我的脸很疼[Emoticon]这个是我今年寒假看的ppt了
[图片]......插一句随便提到一个屁屁踢就知道是啥牛哭了好吗
A:
CEP从来就没很流行过
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2015.09.25 17:29:48
Q:
[图片][图片]图一是我的图里面Cβ找不到了，且BCP与RCP间的键径未连接，想实现同图二一样的效果，请问老师，我该针对图一做哪些？
A:
用全电子基组，或者用wfx文件，见
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
否则键径必连接不到原子核上
[图片]
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2015.09.25 17:33:03
Q:
什么是小核赝势呢？
A:
这里都写了
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
Q:
好的
A:
[图片]
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2015.09.25 17:56:31
Q:
老师，我要研究石墨烯表面的氧、OH等自由基对SO2的氧化成盐（即SO4）,通常认为硫酸根是-2价的，但如果按您上次告诉我的把含官能团的表面都处理成零价，这样表面加一个SO2分子组成的体系也是零价的，这样电荷如何统一呢？
A:
先确认具体的机理
比如生成H2SO4，净电荷就不变了。
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2015.09.25 18:05:30
Q:
分子筛的合成、制备及表征、有机金属骨架材料的合成与表征相关电子书
(1)杂原子磷铝分子筛及应用
(2)
沸石分子筛的结构与合成
(3)
分子筛与多孔材料化学-徐如人
(4)
新结构高性能多孔催化材料
(5)
纳米孔材料化学：NMR表征、理论模拟及吸附分离系列全
（6）
Molecular Sieves - Science and Technology (2008)(7)MOFs
相关书籍有需要可以联系 ,高清原版，有需要可以联系，加QQ 466452598
A:
姑且先记在小本本上，某君发卖书广告
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2015.09.25 18:48:20
Q:
请问sob老师怎么看键的电子密度呢？谢谢老师
A:
用Multiwfn主功能3作键连线上的电子密度曲线图，或者用主功能4绘制电子密度平面图
不过一般来说这并没多大意义
Q:
可以看一个分子的同一个键再不同环境下的电子密度，这样有意义吗？
A:
这种问题直接作图不好比较，应该作差值图，或者分析键临界点上的性质（比如电子密度大小）之类
用Multiwfn主功能3作键连线上的电子密度曲线图，或者用主功能4绘制电子密度平面图
不过一般来说这并没多大意义
Q:
为什么没有很大的意义呢
A:
能有什么意义？
Q:
这个不清楚
A:
说不清楚意义=没意义
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2015.09.25 18:52:06
Q:
[图片]老师，我要对含有魇势基组的文件进行波函数分析，输入文件为上面的可以吗@Sobereva
A:
末尾.chk改成.wfx
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2015.09.25 20:13:25
Q:
gaussian有关键词或者iop能强制opt的时候4个yes收敛吗？
A:
没有
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2015.09.25 20:13:25
Q:
[图片]
像这样的键能分解（（静电、泡利、轨道、色散），Gaussian或Multiwfn应该也可以做吧？
所以，这是一个细心就能解决的小问题......
A:
Multiwfn支持的简单能量分解没法把pauli互斥和静电分离开
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2015.09.25 20:13:25
Q:
老师..打搅您了，请问..Erroneous write..是磁盘空间分配不足么
要不要酱紫！
A:
通常是
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2015.09.25 20:20:01
Q:
sob老师，我在网上发现有卖你老师写的《量子化学中的计算方法》
最高价240元，最低价19.8
哈
A:
不要说多余的话
Q:
[Emoticon]
A:
[Emoticon]
有一些发言是deprecated，也会被记录
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2015.09.25 20:24:37
Q:
[图片]sob老师，这里的数值都是Hishfeld电荷（高斯或multiwfn都可以计算）吗？
A:
当然
幻灯片里所有的Multiwfn都能算
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2015.09.25 20:47:01
Q:
Sob老师，请问，做CDA的时候，做片段的原子序号必须是连着的么？我想让3和6-10一组，另外1-2和11-16一组行么？坐标直接删除行么？
A:
必须连着
不连着的话就得在计算复合物的时候调整原子在输入文件里的顺序
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2015.09.25 21:03:08
Q:
老师，要怎么计算一个分子激发后与另一分子组成复合物的可能性呢
没有计算手段么
什么呢？老师
老师有没有推荐的文献之类的
A:
尝试在激发态下进行优化
但应该考察一下激发过程涉及的原子是否只涉及自己认为应该被激发的那个分子（可以用Multiwfn做跃迁密度矩阵图来考察）
Q:
优化受激发的那个分子么
A:
当整体优化激发态
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2015.09.25 21:20:45
Q:
[图片]老师怎么设置显示出[图片]，还有怎么去掉左边圆圈的原子及键径等信息啊@Sobereva
A:
自行ps
弄一个显示了所有临界点和原子标签的图，一个没显示那些的图，ps里作为两个图层叠加到一起，然后擦掉上层图中的一部分露出底下那部分就行了。
Q:
[图片]此为临界点的电子密度和电势差吗，如何做出来啊@Sobereva
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
图中>9成可能是把der2 rho写成了der rho
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2015.09.25 21:25:54
Q:
请教sob老师 ONIOM中如果用双层的QM方法有没有什么比较好的组合搭配？我目前遇到一个问题就是SCF不收敛
#p opt=(tight,cartesian) freq oniom(b3lyp/6-31+g(d):lsda/sto-3g) geom=
connectivity int=ultrafine scf=maxcycle=350
A:
LSDA比起B3LYP在高斯里省不了太多时间，而且此泛函算分子很糟糕。你的情况别用ONIOM，就用混合基组就行了。
去掉弥散显著解决不收敛，可以改成6-311G*代替
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2015.09.25 21:57:18
Q:
[图片]去掉地线图的隐形的线，画出下图怎么设置啊[图片]
A:
你设置绘图类型的时候选择等值线图就完了，别选梯度线图
Q:
哦哦，谢谢老师
[图片]老师，请教一下我想去掉红色的原子序号，怎么处理@Sobereva
A:
后处理菜单有相应的选项
Q:
老师指这个吗，iatmlabtype= 2// When showing atom labels, =1 only plot element symbol, =2 only plot atom index, =3 plot both; 1/2/3; 1我想什么也不标注，生成图像后ps上更美观@Sobereva
A:
[图片]
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2015.09.25 22:05:04
Q:
[图片]
安装amber的时候，请问上面是写一个还是两个都写？写在bashrc么？
是在make test之前做source么？
amber14官方manual里面21页
A:
按这个编译就行了
Amber14安装方法
http://sobereva.com/263
Q:
我就是按照你的指引做了，这是对amber14官方manual里面21页看不懂
A:
按博文编译就完事了，没必要看manual
Q:
[Emoticon]
====编译并行版本====
要不要重新建立一个文件夹？
A:
不用
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2015.09.25 22:39:07
Q:
[图片]请问一个过渡态可以对应两个不同的产物吗，如图中的TS1，谢谢
感觉不好理解有什么好的例子吗
此话怎讲
如果以TS1做IRC解析的话应该得到哪个产物？
请教了能回答的都是高手
请问是回答的我的问题吗？
A:
一个过渡态可以得到两种产物，在走向产物时可以分叉，但那不是你图中的情况。
Q:
如果做IRC解析的时候能得到哪种产物有什么说法吗
请问啥是IRC
是基于过渡态去寻找反应物和产物至少是定性的
确实是可以的下降过程中有一个点叫 bi-furcation point
IRC：内禀路径解析
一般的IRC做不出来
A:
[图片]
Q:
那怎么能确定有不同的产物呢？
此图直观产物的获得是不是得靠自己的化学直觉？
A:
这种势能面，按IRC算法去生成，走到哪种都有可能，取决于数值过程中的毫厘之差
Q:
哦是这样也就是说用不同的服务器计算相同的IRC，也可能得到不同的产物结构是正常的
....服务器....
就是电脑
A:
[图片]先把其它不可比的因素都排除掉再说
Q:
但我确实遇到过不同的服务器计算相同的输入文件得到不同结构的情况
可能IRC里面的参数会影响结果
A:
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
此文有讨论
即便同一个机子也未必得到相同结果
Q:
是的以前请教过您
A:
虽然量化可重现性高，但对于柔性大体系优化这样的，也容易收敛到不同极小点去
Q:
是这样
想法很好但不会做实验
但用虚线连起来说明是有关联的吧
谢谢各位！
A:
那种虚线连线令人confusing，不建议那么表示
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2015.09.25 23:54:04
Q:
老师:请问对于同样的两个原子成的键，键级越大键能越强吗样
A:
一般如此
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2015.09.25 23:59:12
Q:
根据蛋白质折叠问题而发展出来的理论大都是在系综的水平上讨论能量/势能面的变化。但系综的缺点是不能具体化到某个蛋白/结构域，因此这倒是很限制了对目前理论的应用....
这是最近读文献的一点点想法，有兴趣的同学希望可以讨论下....
A:
也有
首先键能不是严格意义的可观测量，在计算上本身就有一定含糊性
而且键级的定义五花八门，在理论以及实际数值计算上有不同适用情况，未必任何时候都能准确反映事实。
而且键能也并非纯粹反应键的特征，还有其它因素可能产生影响，比如断裂后电子结构的重新弛豫
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2015.09.26 17:10:09
Q:
gaussview怎么显示全部键长？
A:
chemcraft能同时全都标注在图上。
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2015.09.26 17:10:09
Q:
求教，vmd导出的图形怎样才能提高清晰度？
[图片]snapshot的图感觉不够清晰。且和目前vmd窗口大小有关，就和普通截图一样。
太不专业
越大越好
不过比起其他软件导出图片还是不够清晰，我不知道怎么设置
vmd是免费的，然而要是用chemcraft一类的收费软件的话，放文章里怕出事儿。
A:
应当描述清楚什么叫“清晰”，这个词很含糊，是图像质量不满意，还是图像的像素太小
VMD绝对能搞出你要的效果
Q:
老师，就 VMD 导出图片的清晰与否问题，还想再请教一下
我在 Graphical Representaions 里将原子用 VDW 表示，设置了 Sphere Resolution高达 50，导出图片的格式为 .png。但是图片导出后还是有毛刺
这是设置：
[图片]
这是导出的图片截图：
[图片]
A:
显卡驱动里开抗锯齿
要么用tachyon或者povray渲染，渲染时候能用抗锯齿
Q:
请问 tachyon或者povray渲染在哪里呢？
A:
看此文1.2节和1.4节
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2015.09.26 17:10:09
Q:
求教一下各位老师我用vmd来显示甲烷二聚物填色图，怎么颜色这么乱
A:
操作估计不对，你用来填色的格点数据可能是RDG格点数据，而非sign(lambda2)rho格点数据。如果确认操作没错，是你机子问题，换机子再试。
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2015.09.26 17:10:09
Q:
请问一下，分子断键形成自由基的过程有过渡态吗？
啊？好难啊
[图片]
我做了一个IRC，得到了这个图
这个对吗？因为我最后E+ZPE后，发现过渡态的能量比反应物低，所以就纠结了
好吧
谢谢哈
谢谢了。@叮噹小狗
也就是说，如果做出来的过渡态的能量介于反应物和产物之间的话，有可能是对的？
我的用IRC跑出来确实是连接反应物和产物的。
我的是在IRC上过渡态的略高一点点，但是加上零点矫正后，过渡态的能量就在两者之间了
我刚想问，这两者有什么区别吗？
A:
昨天已回答过了
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.26 17:10:09
Q:
gamess是否下载后可以直接使用，文章中引用即可？还是要申请点什么东西？例如注册码？
A:
直接用，引用文章就行了，什么也用不着申请
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2015.09.26 17:10:09
Q:
请问一下RDG的散点图为什么我做出来的尖端那么不明显呢，看到sob博文里面的还有文献里都还挺明显的，我这是什么情况呢？[图片]
A:
格点密度设大了，点数多了，头就尖了，但没必要非得如此
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2015.09.26 17:10:09
Q:
请问老师G09 D.01产生的fchk文件是在mp2电子密度下的吗
A:
不是。MP2任务加了density关键词才能把MP2密度矩阵写进去，要想把MP2自然轨道也写进去看Multiwfn手册第四章开头的说明
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2015.09.26 17:10:09
Q:
老师求助，计算电子光谱中出现“ Davidson failed to converge within maximum sub-space dimensions.”
该怎么办呢？使用了iop（9／9）已经 .
A:
换个基组
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2015.09.26 17:10:09
Q:
[图片]拓扑分析的图形处理成这样可以放到文章中吗，有什么不妥吗，老师
A:
可以放。左上角那点多余的临界点和键径可以去掉。
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2015.09.26 17:10:09
Q:
大家好！请问，上次量化8月13号的培训，主办单位和承办单位分别是什么啊？我填表的时候需要用到。谢谢
主办单位和承办单位都是科音？
应该是吧，就这样填
A:
都是北京科音自然科学研究中心，还能有其它的？
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2015.09.26 17:16:00
Q:
老师：您曾经说g09D01在out=wfn时候默认是mp2密度，和产生fchk文件不一样吗？
老师，格点密度设大，让头尖一点儿，意思是用高等质量的格点吗？@Sobereva
A:
不一样
Q:
谢谢老师
A:
low/medium/high quality grid定义的是格点总数，体系越大密度越低。
你可以自行设格点间距
和模型精度没有关系
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2015.09.26 19:57:33
Q:
老师：您好！有一个7元环，单独优化总是容易散，看文献有些环可以添加金属使之保持环状，例如：5AL环，在环中加入碳原子可以让他保持环状，那么对于引入其他原子使环稳定，我们可以从哪方面来考察呢？谢谢老师！[Emoticon][Emoticon]
[Emoticon]
A:
都不知道是什么结构，没法说
Q:
老师：我现在优化的是一个全金属环状化合物，[图片]全金属为Sb和Au，之前的六元环优化成功了，现在7元环总是散开，就想能不能加入其它原子使他稳定下来
老师觉得对于这一类的化合物，要想把他d稳定下来，在引入原子方面的考量是？或者是否有其它的办法？谢谢!
A:
电子结构比较复杂，不好说。C、B、N（或者相应的第三周期的）在不同位置加入，以及不同数目加入都可以试试
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2015.09.26 20:18:28
Q:
关于高斯锥形交叉，可以解释下吗，不懂
A:
看群共享里刚传的，以及
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
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2015.09.26 20:52:59
Q:
请问各位用高斯计算单点能报错如下，该如何修改
Gaussian 09: IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
26-Sep-2015
******************************************
%nprocshared=8
Will use up to 8 processors via shared memory.
A:
[图片]
讲义上有
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2015.09.26 20:54:56
Q:
我的电脑64位的，应该没有限制的呀
A:
不是电脑，是指高斯版本
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.26 21:01:50
Q:
老师，请问您编写的程序中，来从高斯的fchk文件中读取信息的在哪个文件中啊
[图片]
我想学一下具体是怎么计算Electron density以及后面计算RDG的
A:
fileIO.f90里的readfch
Q:
好的，谢谢
A:
参考这篇更好
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182
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2015.09.26 21:14:07
Q:
老师,我想做56个原子团簇的单点能计算,输入文件这么写可以么?[图片]
A:
可以
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2015.09.26 21:24:45
Q:
弱弱地问下，算Hirshfeld电荷以判断亲核进攻位点，直接使用Hirshfeld关键词对吗
A:
建议用Multiwfn来算，比较保险
Q:
您手册4.5.4里给了个用福井函数预测亲点进攻位点的例子，需要计算电荷为0和1两种状态下的wfn文件，如果是预测亲核进攻，是不是应该计算0和-1两种状态的wfn文件呢？
A:
是
Q:
这个对方法和基组有要求吗
A:
B3LYP/6-31G*就够
Q:
既然ADCH相对于Hirshfeld电荷有一定的优势，为何在计算福井函数和双算符的时候不用ADCG？@Sobereva
ADCH
A:
没有哪种电荷是绝对完美的，毕竟这种模型本身就过于简单
ADCH侧重于通过原子电荷能等效表现出局部极性，使得多极矩、静电势重现性很好，而原始的Hirshfeld则更侧重于反应电子密度在不同原子空间内的分布量，对于计算简缩福井函数更合适。
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2015.09.26 21:26:38
Q:
请问是不是MP2方法不占cpu,我发现CPU基本上为零@Sobereva
A:
占啊，做积分变换的时候硬盘是瓶颈，此时CPU占用率会很低
Q:
是不是占用的非常少，这个方法主要和什么性质有关你呢
A:
基本问题看基本量化书
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2015.09.26 22:54:21
Q:
[图片]
请问各位老师，我在计算拉曼光谱的时候出现如上图的错误提示，是什么原因？虽然最终计算出了光谱，心里总感觉不太舒服
我刚开始计算，到底是哪里出了问题，还希望老师们帮忙提示一下~~谢谢！！
A:
不用管
----------------------------------------------------
2015.09.26 23:16:19
Q:
请问这该怎么写关键词呢[图片]这样是错误的
A:
写括号外头去
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2015.09.26 23:46:48
Q:
[图片]
选项1和2的结果不一致，哪个更可靠呢？
[图片]
A:
相差一般很小，用1就行了，省事
Q:
我选2，计算时间上没看出和1的差异啊……
A:
本来耗时就没什么差异。
用2你得提供原子波函数文件，1则是用内置在代码里的预先拟合好的原子自由状态下的球对称密度
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2015.09.26 23:48:06
Q:
老师中秋节快乐
A:
tks
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2015.09.27 17:08:00
Q:
对了，请问GROMOS这个软件怎么样？最近有个培训，是关于GROMOS的，不知道值不值得去...
不是，GROMOS是一个独立的MD软件。只是不知道这个软件值不值得学一下....
A:
没必要学，学gromacs就行了，gromos用户少还要钱。gromacs是从gromos中分出来的，注重效率。
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2015.09.27 17:08:00
Q:
老师，你好，我拓扑分析图形如下，想请教以下几个问题1.弯曲键径能说明化学键什么性质2.Ti H C这三个相近的原子键有无3中心 2电子体系3.仅从图形能确定哪些信息
[图片]
@Sobereva
A:
往里凹说明缺电子（诸如乙硼烷），往外凸说明有张力或富电子
看不出什么三中心作用。算三中心键级衡量最直接
确定不出什么，也就是看出成键关系。
Q:
老师们，问一下高斯能算能带，态密度，嵌入电压，活化能，形成能吗？
A:
不能
Q:
那个我知道活化能能行，其他的可以用什么软件算呢
A:
高斯能算一维能带，三维的以及DOS通过内部版本能算，目前的G09 D.01还不成。孤立体系的DOS可以用高斯结合multiwfn来绘制。
活化能、形成能都能算。
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2015.09.27 17:08:00
Q:
各位老师，我计算过渡态后算能垒使用过渡态的能量减去反应物的能量还是在IRC中的最高点能量减去最低点能量呢？
A:
前者
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2015.09.27 17:08:00
Q:
大家使用vmd一般选哪个[图片]？
A:
CUDA版如果能正常启动你就用CUDA，不行就用另一个
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2015.09.27 17:08:00
Q:
请问老师这样失败，我该这样设置呢，[图片]
[图片]
服务器最大内存好像是48G
不会分割，可以在说下嘛，谢谢
52分子
不算大把，老师出现这样的错误，要吗就是文件不运行了，才运行了一部分
[图片]是把这删掉吗
好的，谢谢
A:
最简单最完美的解决方法：用DFT别用MP2
氢的弥散函数去掉，没意义还费时间
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2015.09.27 17:17:27
Q:
老师，scf问题可不可以用opt=calcall来解决呢？
A:
不能
Q:
老师，我出现的问题是scf迭代的时候，Delta-E来回震荡，就是不能达到最小值
老师，这样的问题该怎么处理呢
A:
还是老生常谈的那些
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
我已经把前五个都写进关键词了，还出现这样的错误……
A:
没有什么做法能绝对保证收敛，各种方法都反复尝试，我碰见不收敛我也得来回试
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2015.09.27 17:49:07
Q:
http://chem1.bnu.edu.cn/fangwh/Link/SS/HF-approximation.pdf
方维海的hf方程，能把大家搞死
这就是目前中国最权威的量子化学讲座
A:
这幻灯片脉络不够清楚
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2015.09.27 17:49:42
Q:
请问一个问题红外的频率变大了相对原子间的力是变大了还是变小了啊
A:
变大
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2015.09.27 17:54:11
Q:
请问我想在VMD里面显示130DRG的结构（左图），那么在右图如何操作
[图片][图片]
A:
resid 130
Q:
[Emoticon]
请问我想选择一段编号如 130 - 135，输入resid 130 - resid 135 和resid 130 - 135都不成功，请问怎么做？
如果是跳跃区间，又如何？如 130 - 135 加上 145 - 150？
A:
resid 130 to 135
----------------------------------------------------
2015.09.27 19:06:46
Q:
哪位有ms 7.0的lisence可以传一份给我吗
A:
群共享
----------------------------------------------------
2015.09.27 21:33:44
Q:
请教一下各位 900多个基函数结构优化一般能算的动吗？
A:
能
----------------------------------------------------
2015.09.27 21:44:09
Q:
antechamber 可以创建topol文件，用网站那些有些限制，想在amber里面生成topol文件，请问是leap么？或者是其他什么命令？
A:
如果是指得到gmx的top文件，这跟leap没关系，antechamber创建完了之后用acpype转换
Q:
对，我是想用amber来生成gmx的top文件，acpype是amber自带么？
A:
几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266
非自带
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2015.09.27 21:44:36
Q:
sob老师，我按照你的指导，画了以下这样一个图[图片]，但是我该怎么设置，才能让图形显示为[图片]这样的形式。也就是说只显示第一张图中的蓝色部分，不显示绿色部分
A:
isovalue改成-0.05，然后取消show both sign
Q:
我这是用的multiwfn中example/H2O.fch文件画的，修改之后显示的是这样的[图片]
反而是上面的没有了，下面的还在
A:
输入完-0.05后敲回车
----------------------------------------------------
2015.09.27 21:55:55
Q:
麻烦帮我下这篇文献好吗?
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acschembio.5b00256
A:
[图片]
违规一次，已记录
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2015.09.27 21:59:44
Q:
不好意思
[图片]
acpype失效，群主有下载过么？
A:
翻wall
哦，对了，google code好像是关了
http://svn.code.sf.net/p/ccpn/code/branches/stable/ccpn/python/acpype/
[图片]
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2015.09.27 22:35:16
Q:
请问，在分子模拟中有机分子的初始状态参数（键长和键角）必须是分子参数平衡值吗
A:
不是，只要不离谱就行。毕竟模拟过程中还会自发变动
Q:
那在分子模拟初期进行能量最小化之后还需要进行平衡处理吗？我一直不知道弛豫平衡对结果影响大不大
A:
你要是采集MD模拟数据，肯定需要先经过一段时期进行预平衡。光是最小化是不够的，最小化的目的通常只是为了释放斥力，免得MD刚一跑就崩。
Q:
再问您一下：我用MS建立有机小分子模型，初始时刻小分子的键长和键角都和所采用力场参数中的平衡值有一定差距（不是很大），这样对模拟结果有影响吗[Emoticon]
A:
没事
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2015.09.28 19:29:27
Q:
求教个问题，我用mp2/6-311g*算的和mp2/6-311g**的能级顺序不一样，mp2/6-311g**中的HOMO-4在mp2/6-311g*中是HOMO-2，是什么原因导致的？
体系为CH体系
不简并，但相差不大，差0.04个eV
A:
能级差很小的时候很正常
Q:
多谢[Emoticon]，如果能提供篇文献就更好了[Emoticon]
A:
靠基本原理自然而然就能理解的东西完全不需要文献的支持
----------------------------------------------------
2015.09.28 19:29:27
Q:
老师，我要计算红外频率，用哪种方法和基组，算出来说服力更高
A:
B3LYP/6-31G*考虑频率校正因子
----------------------------------------------------
2015.09.28 19:29:27
Q:
请问一下：ELF一维图的X轴长度如何设置？
A:
取决于你用哪两个原子或者哪两个点定义图的两端，对于前者，还取决于你设的延展距离
----------------------------------------------------
2015.09.28 19:29:27
Q:
请问gromacs哪个领域用这个软件比较多
A:
生物体系和小分子体系的动力学模拟
----------------------------------------------------
2015.09.28 19:29:27
Q:
我想咨询一下：有关激发态计算方法的文献，最好是能比较准确的计算激发能，单重态和三重态绝热能差的这样的文献？谢谢
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2015.09.28 19:29:27
Q:
请问V2和V3系列差别大吗？官方网站说没有V2了，店家却说还有货。
A:
v3主要就增加了个AVX 2.0指令集，对于目前主流程序目前版本还派不上用场
----------------------------------------------------
2015.09.28 19:29:27
Q:
请问老师，做出来的RDG结合VMD作图，中间的相互作用没有颜色是怎么回事？[图片]@Sobereva
我直接复制黏贴老师的那段文字，在自己电脑上做出来过，过了一天，做出来就是这个样子了。@我本是个娃娃
老师，我用VMD出现这个错误，怎么办？[图片][图片][Emoticon]
不知道怎么回事
控制台就是这么提示的错误
A:
你先弄个小体系，比如按帖子里绘制个苯酚二聚体填色RDG图，以确认你的操作步骤是否正确。如果那个成功了，唯独你这个不行，可能是格点数据太大，VMD没法载入，导致着色效果没有。在命令行控制台中能看到具体信息提示。
----------------------------------------------------
2015.09.28 19:29:27
Q:
请教一个，amber MM/PBSA的能量单位可以在软件中改成kJ/mol吗？默认计算出来的单位是kcal/mol
A:
得改源代码，输出的部分乘个因子就行了
----------------------------------------------------
2015.09.28 19:29:27
Q:
sob老师，我用Multiwfn画DOS图的时候刚开始参考手册里面的4.10里面的例子画出来了[图片]但是我又去重新画了一个多酸的，从Linux系统下转化的fchk文件，把这个文件拖到Multiwfn中，我一按Enter键就直接让程序关闭了，重新尝试了好几次，不知道原因在哪？
A:
确认转换正常。如果fchk文件用gv都能正常打开看轨道的话，把文件给我
----------------------------------------------------
2015.09.28 20:07:49
Q:
求两篇文献，谢谢大家啦[Emoticon]
http://www.ingentaconnect.com/content/asp/jnn/2015/00000015/00000010/art00076
http://www.ingentaconnect.com/content/asp/jnn/2015/00000015/00000010/art00078
A:
两篇都是sci-hub下不了的，欢迎大家帮忙提供文献
Q:
链接在那里呢？
A:
上面
Q:
你的文献好贵呢，我请剑桥的师兄帮忙下都下不到的样子···
A:
其实那文献是我求的
Q:
是这篇文献吗？
[图片]
A:
是哒，谢谢
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2015.09.28 20:13:07
Q:
我想请教一个问题，我最近也是做激发态过渡态频频出现 Error termination via Lnk1e in /apps[Emoticon]em/Gaussian/G09_B01/g09/l1014.exe 请问应该怎么解决呢？
我想请教一个问题，我最近也是做激发态过渡态频频出现 Error termination via Lnk1e in /apps[Emoticon]em/Gaussian/G09_B01/g09/l1014.exe 请问应该怎么解决呢
A:
别反复发，否则记过一次
Q:
好的……
A:
违规者会记在小本本，提供上面的文献者会在小本本上记功一次
Q:
有没有人帮忙解答一下我的问题呀？？
#p opt(ts,calcfc,maxcycl=100) cis=(singlets,nstates=1,root=1)/6-311++g
(d,p) nofmm scf=(maxcycl=500,nosymm) freq nosymm gfinput iop(6/7=3,1/1
1=1,2/16=1,5/13=1) pop=no scrf=(iefpcm,solvent=dichloromethane)
烦劳您帮我看一下我的关键词呗有什么问题吗
A:
你这任务目的是想算什么？
Q:
找激发态过渡态
A:
关键词写得太脏了
#p opt(ts,calcfc,noeigen) cis/6-31g* scrf=solvent=dichloromethane
----------------------------------------------------
2015.09.28 20:13:30
Q:
[图片]请问大家，计算卡右上角的插排是插在哪里的？
A:
组SLI用的
----------------------------------------------------
2015.09.28 20:17:10
Q:
计算卡K20C需要下载驱动程序安装吗？
A:
需要
----------------------------------------------------
2015.09.28 20:20:46
Q:
老师，在画PDOS的时候是按照手册上的[图片][图片]顺序来的吗？我在实际操作中，按了-1，再1，再2[图片]是不是我对于这个理解错了，不是按照这个方法画PDOS和OPDOS啊
A:
要理解每一步的含义，不要光对着看按哪个，要举一反三
屏幕上命令都已经给出了示例了
提示中根本没写可以输入3
提示中根本没写可以输入2
----------------------------------------------------
2015.09.28 20:25:30
Q:
[图片]跑完cpmd为啥会少一个H啊
断了的话能理解成解离么那个H跑哪去了
A:
一看轨迹不就清楚了
----------------------------------------------------
2015.09.28 20:39:29
Q:
各位好，请假个问题，我用高斯模拟水相，请问分子中的羰基能否和水产生氢键
请教个问题
A:
对于显式水模型，显然能
Q:
sob老师，我是模拟溶剂，选的溶剂试试水，这可以形成氢键吗
A:
常用水模型有两种，一个是隐式溶剂模型，一个是显式溶剂模型。前者就对应scrf关键词，表现不了溶质和溶剂水之间的氢键效果；后者能表现
Q:
sob老师，你说的显示水溶剂模型，是不是子在分子附近放入水分子
A:
是
----------------------------------------------------
2015.09.28 20:39:29
Q:
难道sob老师也做TADF？
A:
不做，只不过是引了Multiwfn，所以收集起来
----------------------------------------------------
2015.09.28 20:51:05
Q:
麻烦问下，做一个金属的但电能计算，都算了好几天了，还没出来。
Linear equations converged to 3.109D-08 3.109D-07 after 137 iterations.
Incorrect curvature in search direction -- initial direction reversed.
LinEq1: Iter= 0 NonCon= 1 RMS=1.79D-04 Max=5.51D-02 NDo= 1
LinEq1: Iter= 1 NonCon= 1 RMS=1.75D-03 Max=2.76D-01 NDo= 1
LinEq1: Iter= 2 NonCon= 1 RMS=8.58D-03 Max=1.35D+00 NDo= 1
LinEq1: Iter= 3 NonCon= 1 RMS=6.48D-02 Max=1.52D+01 NDo= 1
LinEq1: Iter= 4 NonCon= 1 RMS=6.82D-01 Max=1.30D+02 NDo= 1
LinEq1: Iter= 5 NonCon= 1 RMS=3.94D+00 Max=6.88D+02 NDo= 1
LinEq1: Iter= 6 NonCon= 1 RMS=2.74D+01 Max=4.04D+03 NDo= 1
LinEq1: Iter= 7 NonCon= 1 RMS=3.53D+02 Max=5.84D+04 NDo= 1
LinEq1: Iter= 8 NonCon= 1 RMS=1.18D+03 Max=1.08D+05 NDo= 1
LinEq1: Iter= 9 NonCon= 1 RMS=9.52D+03 Max=1.22D+06 NDo= 1
LinEq1: Iter= 10 NonCon= 1 RMS=4.14D+04 Max=3.75D+06 NDo= 1
LinEq1: Iter= 11 NonCon= 1 RMS=3.37D+05 Max=4.55D+07 NDo= 1
LinEq1: Iter= 12 NonCon= 1 RMS=1.30D+06 Max=1.91D+08 NDo= 1
LinEq1: Iter= 13 NonCon= 1 RMS=8.49D+06 Max=9.17D+08 NDo= 1
LinEq1: Iter= 14 NonCon= 1 RMS=3.48D+07 Max=2.55D+09 NDo= 1
LinEq1: Iter= 15 NonCon= 1 RMS=1.62D+08 Max=2.21D+10 NDo= 1
LinEq1: Iter= 16 NonCon= 1 RMS=5.89D+08 Max=7.38D+10 NDo= 1
LinEq1: Iter= 17 NonCon= 1 RMS=2.71D+09 Max=5.21D+11 NDo= 1
LinEq1: Iter= 18 NonCon= 1 RMS=1.19D+10 Max=1.53D+12 NDo= 1
LinEq1: Iter= 19 NonCon= 1 RMS=5.58D+10 Max=8.90D+12 NDo= 1
LinEq1: Iter= 20 NonCon= 1 RMS=1.36D+11 Max=1.36D+13 NDo= 1
LinEq1: Iter= 21 NonCon= 1 RMS=9.11D+11 Max=8.60D+13 NDo= 1
LinEq1: Iter= 22 NonCon= 1 RMS=2.44D+12 Max=2.60D+14 NDo= 1
LinEq1: Iter= 23 NonCon= 1 RMS=1.88D+13 Max=2.35D+15 NDo= 1
LinEq1: Iter= 24 NonCon= 1 RMS=5.14D+13 Max=4.27D+15 NDo= 1
LinEq1: Iter= 25 NonCon= 1 RMS=3.17D+14 Max=2.80D+16 NDo= 1
LinEq1: Iter= 26 NonCon= 1 RMS=4.77D+14 Max=4.10D+16 NDo= 1
LinEq1: Iter= 27 NonCon= 1 RMS=4.06D+15 Max=3.87D+17 NDo= 1
LinEq1: Iter= 28 NonCon= 1 RMS=6.02D+15 Max=7.71D+17 NDo= 1
LinEq1: Iter= 29 NonCon= 1 RMS=2.11D+16 Max=1.71D+18 NDo= 1
LinEq1: Iter= 30 NonCon= 1 RMS=8.81D+16 Max=8.74D+18 NDo= 1
LinEq1: Iter= 31 NonCon= 1 RMS=1.29D+17 Max=1.19D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 32 NonCon= 1 RMS=1.05D+18 Max=7.28D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 33 NonCon= 1 RMS=1.14D+18 Max=1.04D+20 NDo= 1
LinEq1: Iter= 34 NonCon= 1 RMS=9.15D+17 Max=8.53D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 35 NonCon= 1 RMS=6.87D+17 Max=9.65D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 36 NonCon= 1 RMS=6.07D+17 Max=4.66D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 37 NonCon= 1 RMS=5.31D+17 Max=5.80D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 38 NonCon= 1 RMS=3.56D+17 Max=2.85D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 39 NonCon= 1 RMS=2.59D+17 Max=3.18D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 40 NonCon= 1 RMS=2.15D+17 Max=2.13D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 41 NonCon= 1 RMS=1.67D+17 Max=1.60D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 42 NonCon= 1 RMS=1.48D+17 Max=1.37D+19 NDo= 1
LinEq1: Iter= 43 NonCon= 1 RMS=1.24D+17 Max=9.11D+18 NDo= 1
LinEq1: Iter= 44 NonCon= 1 RMS=9.17D+16 Max=6.85D+18 NDo= 1
麻烦问下，如何解决呢，都采用了SOB老师说的，还是这样
SCF=NoVarAcc guess=huckel SCF(Vshift=300) SCF=noincfock SCF=(xqc,conver=7)
对，要是不加，就直接无法收敛而终止
就是用的xqc
是呀，过渡金属
不知道还有什么办法吗？这些也是按照sob老师说的做的
我用的6-31+G*做单点
我其他此类金属都加+了，这个也必须加，要不然比较的理论不同意
统一
除了方法上不改变外，其他的都什么办法吗
A:
你先不加弥散，如果收敛了再用加弥散，并且读取其收敛的波函数当初才
Q:
好的，只是去掉弥散，要不要去掉极化呢
A:
你是算单点，结构不变，只写guess=read就够了
Q:
好的。
我觉得还是写上比较保险
A:
极化绝对不能去，否则结果巨烂
对于能量计算，弥散是多余的
所以别乱加弥散
Q:
估计是这样的，他之前已经都加了弥散了，这次不加，能量对比就没什么意义了
就算一些电荷为负的能量计算也不带弥散吗？老师
A:
看具体怎么分布的。
比如虽然带负电荷，但是体系大，平摊开了，就没必要弥散。而且3-zeta具有的半弥散函数也足够描述了。
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2015.09.28 21:29:28
Q:
大家好，和大家讨论一个小问题。
我想自己写一个小程序来算二面角，但是发现有个矢量方向选取的问题。如下图所示，二面角是左侧字母ab，cd 标记的顺序呢？还是右侧 ba， cd 顺序呢？
[图片]
那 GaussView 里选取二面角时为什是 ab, cd 的顺序呢？
A:
都可以，只不过算出来一个是钝角一个是锐角，之后转一下就行了
Q:
对啊，正因为是一个大范围，所以不好说选取方向……
A:
这是我以前写的输入四个点坐标得到二面角的子程序，可以参考
real*8 function xyz2dih(x1,y1,z1,x2,y2,z2,x3,y3,z3,x4,y4,z4)
real*8 :: x1,y1,z1,x2,y2,z2,x3,y3,z3,x4,y4,z4,pi=3.141592653589793D0,phi
v12x=x1-x2
v12y=y1-y2
v12z=z1-z2
v23x=x2-x3
v23y=y2-y3
v23z=z2-z3
v34x=x3-x4
v34y=y3-y4
v34z=z3-z4
call vecprod(v12x,v12y,v12z,v23x,v23y,v23z,p1x,p1y,p1z)
call vecprod(v23x,v23y,v23z,v34x,v34y,v34z,p2x,p2y,p2z)
phi=acos( (p1x*p2x+p1y*p2y+p1z*p2z)/(sqrt(p1x*p1x+p1y*p1y+p1z*p1z)*sqrt(p2x*p2x+p2y*p2y+p2z*p2z)) )
xyz2dih=phi/pi*180
end function
!--- Vector/cross product, input two vectors, return a new vector (x,y,z)
subroutine vecprod(x1,y1,z1,x2,y2,z2,x,y,z)
real*8 x1,y1,z1,x2,y2,z2,x,y,z
! |i j k |
! |x1 y1 z1|
! |x2 y2 z2|
x= y1*z2-z1*y2
y=-(x1*z2-z1*x2)
z= x1*y2-y1*x2
end subroutine
Q:
谢谢Sob老师，我参考参考
其实不用ba，cd 垂直于 bc，只用取 ba，bc 的法向量，以及 bc， cd 的法向量，计算两个法向量的夹角就行了
A:
输入的时候用户按习惯，用abcd来输入四个点，之后如果给出是钝角但用户要锐角，再用180度转换一下就行了
Q:
fortran里面矢量的x乘还要自己写啊。。。没有现成的库么。
A:
点乘直接fortran里按照向量乘积然后sum就行了。矢量乘第三方库肯定有，但毕竟就这么点事，还不如就自己写呢
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2015.09.28 21:37:52
Q:
[图片]我做分子轨道图怎么显示出错@sob老师
A:
没文件我也没法说
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2015.09.28 21:40:42
Q:
老师，今天心血来潮回复了一封CCL的邮件，竟然出现了这样的一封回复
[图片]
A:
你得点击链接，然后在里面确认发送，才能真的发送
Q:
[图片]警告我
A:
等着就行了，审核通过了就出现在mailing list里了，也就一天的事
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2015.09.28 21:43:55
Q:
[图片][图片][图片]老师这分别是复合物片段1 片断2 的各个电子数目我怎么觉得对不上
A:
明显对不上
计算设定有问题
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2015.09.28 22:18:49
Q:
md,刚才发错邮件了，写给A的发到B那里去了，真尴尬。。。
呵呵，只要不是情书就好
还不如情书了，工作邮件更尴尬···
A:
想来当年导师有个发给我的邮件发到期刊编辑邮箱去了
Q:
期刊编辑作何感想？
A:
还好，内容就是让我改小修的文章，没多少字也没什么太隐私的
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2015.09.28 19:44:18
Q:
老师你好。我有一个弱相互作用体系，假如简化为CO分子和HX形成氢键。出现了两个奇怪的问题，一个是CO和HX的作用的如果是O，CO的键长变大，如果是C键长变小。另一个就是C-O和H-X的键电子密度都变大。请问老师这个可以怎么解释。
一氧化碳
A:
“键电子密度”怎么衡量的？
Q:
和单体的键的电子密度相比
A:
用什么手段表征的键的电子密度？
BCP的电子密度值还是什么？
Q:
AIM分析
对的，BCP
A:
即便键长比单体时候增长了，BCP密度也变大了？
Q:
是的
A:
你用Mayer键级（别有弥散函数，最好是2-zeta基组）以及Laplacian键级再算算看，也可以比较一下键振动频率的变化
BCP电子密度不总能说明问题
Q:
恩，知道了，谢谢
CO sigma键成键轨道主要在O这边反键轨道主要在C上。
所以O的话就是成键轨道和H的空轨道作用。成键成分变少，键长变长
C的话就是反键轨道和H的空轨道作用。反键成分变少，键长变短
A:
Ståtile
昨天有人讨论CO与H-X形成弱相互作用时，用C和用O的时候一种C-O键长变长，一种变短
用CO----HF试了一下，的确如此
我不喜欢用轨道相互作用来讨论弱相互作用。用纯粹静电的影响角度来讨论更能抓住本质
于是做了尝试，从CO左右两边分别加电场，做优化，结果证实，一种导致键长增加，一种导致缩短。这说明是静电作用主导的现象，不需要引入轨道相互作用的概念
O-C <--- E 这种方向加电场会导致键长缩短，键变强。原因可以认为是等效增大了C这头的核电荷，弱化了sigma和pi轨道的极性（两种轨道的极性其实是相反的），导致电子结构更接近于N2，从而键得到增强。
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