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标题: 批评两篇用了Multiwfn却只字不提的文章：Chem Eng Sci (2022)、J Hazard Mater (2021) [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-9 10:27
标题: 批评两篇用了Multiwfn却只字不提的文章：Chem Eng Sci (2022)、J Hazard Mater (2021)
今天同一天就偶然发现新发表的两篇用了Multiwfn却只字不提的文章，可想而知这种文章还有多少。我实在忍不住点名批评一下。这种事实在非常常见，这两篇作为典型例子，在此严厉谴责，点名批评。借这个机会特此强调：不要把引用Multiwfn不当回事！

2021-Dec-11补充: 下面这篇文章作者之一在本帖25L给了回复，是其疏忽所致，不属于故意行为。
第一篇Chemical Engineering Science 249 (2022) 117317
Combinatorial screening of ionic liquid extractant for removal of methanol from methylal
https://doi.org/10.1016/j.ces.2021.117317

(, 下载次数 Times of downloads: 184)

用Multiwfn做了静电势和IGM分析，明显是按照我下面两篇博文做的
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

文章却对Multiwfn却只字不提，对Multiwfn官网下载页面、程序手册、程序启动时明确提示要求引用的Multiwfn原文完全不引用

(, 下载次数 Times of downloads: 201)

(, 下载次数 Times of downloads: 163)

第二篇
https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0304389421027217
Journal of Hazardous Materials (2022) DOI: 10.1016/j.jhazmat.2021.127752
Amphiphilic small molecular mates match hydrophobic drugs to form nanoassemblies based on drug-mate strategy

(, 下载次数 Times of downloads: 169)

此文也用Multiwfn做了IGM分析，即下图最上面三个；还用Multiwfn做了AIM拓扑分析，下图中间三个，做法见《使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）》（http://sobereva.com/445）

(, 下载次数 Times of downloads: 175)

此文还按照《用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）》（http://sobereva.com/449）用Multiwfn结合VMD绘制了分子轨道图，右边那一列

(, 下载次数 Times of downloads: 176)

然而此文也是对Multiwfn只字不提，原文也不引用！

在批评这两篇文章作者的同时，同时提醒缺乏引用常识者应阅读
写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题
http://sobereva.com/370（http://bbs.keinsci.com/thread-5593-1-1.html）

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2021-12-9 10:47
严厉谴责卢老师辛苦了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-9 10:50
现在一些用户也太不像话了

再顺带一说，不当引用molclus的现象也极其严重。最近六篇用了molclus的文章里四篇都没有按官网上的要求引用，恰当引用有那么难么？？？
所有不按照要求正确引用molclus的我全都在程序主页http://www.keinsci.com/research/molclus.html上做了标记予以公示。

(, 下载次数 Times of downloads: 150)

作者
Author: Gzh_NJ 时间: 2021-12-9 10:58
第二篇还是中科院+交大+UCLA的通讯单位。。

作者
Author: ChemG 时间: 2021-12-9 11:00
哪怕不看计算方法就知道是用了Multiwfn，这是真白嫖啊！必须谴责

作者
Author: Marc0 时间: 2021-12-9 11:05
还都是中国人的文章，羞啊！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-9 11:09

Marc0 发表于 2021-12-9 11:05
还都是中国人的文章，羞啊！

根据我统计的8000多篇引用Multiwfn的文章，不按要求引用Multiwfn的文章里就数中国人的文章最多（不是总数，而是指比率），其次是一些第三世界国家的。而欧美研究者绝大多数都能恰当引用Multiwfn。

我真是怎么强调都没用，甚至都已经明确在下载页面用红字高亮了。国人胡引瞎引问题始终严重，像本帖这样根本都只字不提的文章还不知道有多少。

作者
Author: Yaohui 时间: 2021-12-9 11:12
平时看到文章里分子结构的那个配色，一看就是Multiwfn里直接导出来的，不引用就搞不懂是什么心态。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-9 11:15
再顺带一说，在Multiwfn主页的Download页面都写得如此明白了，用红字高亮了，甚至还用中文写了，奉劝某些用户别假装看不见。用Multiwfn发文章，不是主观想不想引用的事，而是强制引用，这在使用许可（License）里已经明确写明了，是法律层面的事。不按照使用许可使用程序，和使用盗版都没有什么两样，我有权向和出版社交涉要求撤稿。

(, 下载次数 Times of downloads: 146)

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2021-12-9 11:30
老板也让我审过一些文章，sob说的这种情况确实太常见了。甚至之前我跟老板说，要作者把文章引上，结果到了文章见刊后，发现还是没引。这种现象确实太普遍了，而且目测很多人压根是故意不想引用，而不是不会引用。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-9 11:35

GoldenBaby 发表于 2021-12-9 11:30
老板也让我审过一些文章，sob说的这种情况确实太常见了。甚至之前我跟老板说，要作者把文章引上，结果到了 ...

我也这么觉得

每次我审稿，看到有人对基组、泛函等明显该引用却不引用的情况，我一律会要求作者引用，这是一个合格的审稿人应尽的义务。而且编辑也应当在文章引用上把关，不能纵容一些作者胡来。

作者
Author: yygong 时间: 2021-12-9 11:55
审过AOM的论文，明显用了Multiwfn但是没有引用，审稿意见要求正确引用。
另外我也见过CEJ的上论文连计算软件都不说，直接蹦出一个数据，赶紧莫名奇妙的

作者
Author: Marc0 时间: 2021-12-9 11:59

sobereva 发表于 2021-12-9 11:09
根据我统计的8000多篇引用Multiwfn的文章，不按要求引用Multiwfn的文章里就数中国人的文章最多（不是总数 ...

哎，真不知道该说什么好了。

作者
Author: abin 时间: 2021-12-9 13:23
长期使用盗版软件的人，
你还能指望TA能正确的提到用的工具？

最基本的开源运作模式就是，
我的东西你随便用，
但是麻烦你，一定声明一下，
你用的谁写的代码……这相当于引用。
如有修改，请务必说明改了啥？
这相当于相关工作的评述和自己工作是否有必要。

你看看，有多少白嫖开源资源的，
还说是自主知识产权的！

身边，到处都是，是不是很常见！

作者
Author: granvia 时间: 2021-12-9 14:16
这里说用处不大吧。应该直接给通讯作者去信

作者
Author: lyj714 时间: 2021-12-9 14:35
估计这类人都没有这种意识。可能他们觉得只要是开源的软件，或者只要我有用的(包括盗版的那种)，用就完事了，还引用啥？多麻烦。

作者
Author: 昼夏の忧郁 时间: 2021-12-9 14:46
很多国人就是不想引用，就因为觉得计算的期刊影响因子低，’感觉‘会拉低他的文章水平

作者
Author: plus 时间: 2021-12-9 16:22
通讯作者要负责

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2021-12-9 16:58

plus 发表于 2021-12-9 16:22
通讯作者要负责

大佬碰了红线，小心红线没了

作者
Author: 阿甘 时间: 2021-12-10 07:00
有没有这样一种可能，就是他们组里压根就没人做计算的，这些计算都是找外面的代算算的，代算故意不引用，是想着让自己的东西看起来高大上，数据回到实验组里头来，他们就直接复制粘贴了，都没关注引用是否恰当。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-10 08:07

阿甘发表于 2021-12-10 07:00
有没有这样一种可能，就是他们组里压根就没人做计算的，这些计算都是找外面的代算算的，代算故意不引用，是 ...

不排除这种可能性
如果谁知道有哪家代算是这么干的，欢迎向我举报

被代算者，有责任主动向代算提供方要求澄清代算结果里涉及到的各种学术程序，以避免潜在的学术道德问题和法律风险。如果代算方用了收费程序都不提，被代算者也不问清楚，若后来文章被程序开发者看到，很可能要吃官司、进黑名单，或者被撤稿。

在比较新版本的Multiwfn文件包里的“中国用户必读！！！.txt”文件里都可以看到这么一条，已专门强调了

Multiwfn允许用于给别人代算时使用，但必须明确告诉对方在文章中需要明确引用Multiwfn程序。

给别人代算的人别假装不知道。

N年前北京科音还提供代算服务的时期，每次我给别人代算时都会明确告知对方用到的程序版权信息，确保对方拿我代算的数据发文章不会有版权问题。
代算领域真该好好规范规范了。

作者
Author: granvia 时间: 2021-12-10 08:36
能否考虑在国内期刊上发表文章，说一下这个事情？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-10 08:57

granvia 发表于 2021-12-10 08:36
能否考虑在国内期刊上发表文章，说一下这个事情？

这样的事也就适合网上讨论讨论。国内的学术期刊编辑往往偏古板，这类问题的文章应该不爱收，而且也对期刊IF也没贡献

作者
Author: jiangua 时间: 2021-12-10 09:54
强烈谴责，个人认为Sob老师有必要给通讯去信，否则不会有改观

作者
Author: 秦末 时间: 2021-12-10 11:17
卢老师，
您好！我是第一篇论文的作者。由于我们的工作失误，给您带来困扰，请您见谅。
第一篇收稿我按照您的要求加上了参考文献，后来审稿删除以及修改了大量内容和文献，忘了核对Multiwfn的文献，只保留下来Molclus的文献。
这的确是我们的工作失误，下次一定记得多审核几遍。给您带来的困扰，深表歉意。

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-12-10 13:27
必须要求撤稿！违背学术伦理的事儿不能姑息。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-10 15:52

秦末发表于 2021-12-10 04:17
卢老师，
您好！我是第一篇论文的作者。由于我们的工作失误，给您带来困扰，请您见谅。
第一篇收稿我按照 ...

可以发个erratum，把引用文献补上。顺便检查一下文章有没有其他要改的，一并可以趁这个机会改

作者
Author: TTccc 时间: 2021-12-10 16:50
个人感觉正确引用所有（不只是软件）只会让人感觉文章作者很靠谱啊，实验数据可信，不知道为什么会没有引用

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2021-12-10 17:13

TTccc 发表于 2021-12-10 16:50
个人感觉正确引用所有（不只是软件）只会让人感觉文章作者很靠谱啊，实验数据可信，不知道为什么会没有引用

因为文章作者压根不care什么可不可信。因为做实验的发文章，大概有70%~80%可能都是不可直接重复的，倒不是说作者有啥学术不端，因为确实存在一些小技巧，并不会在文章中有直接描述。

作者
Author: ljc050512 时间: 2021-12-10 17:14
用了免费Multiwfn软件但又不引用的人，到底是什么心态。。。。。。不能理解，无法想象。

作者
Author: gog 时间: 2021-12-10 21:28
带过几个本科毕业生就知道了。给你写了参引引用文献都算是给面子的，还谈什么规范哦。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-10 23:27

TTccc 发表于 2021-12-10 09:50
个人感觉正确引用所有（不只是软件）只会让人感觉文章作者很靠谱啊，实验数据可信，不知道为什么会没有引用

有的人只管文章投多高的影响因子，不管投出去以后别人看到了会怎么看待他们组

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-11 04:37

秦末发表于 2021-12-10 11:17
卢老师，
您好！我是第一篇论文的作者。由于我们的工作失误，给您带来困扰，请您见谅。
第一篇收稿我按照 ...

知道了。我在主贴里附注了一句是作者疏忽所致

作者
Author: comboy2008 时间: 2021-12-13 10:52
估计作者也在群里面，呵呵，应该能看到！

作者
Author: anmin0127 时间: 2021-12-14 09:08
我们知识产权尊重方面的道路，任重而道远啊

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2021-12-16 09:44
卢老师好，当时改文章时因为篇幅限制，所以把计算细节的method部分都转移到了support information里，是有引用的。本文很多图都是利用Multiwfn+VMD完成的，在校稿时，没有太注意，我下次把引用的Citation 放在main text中，引以为戒

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 14:42

lijiayisjtu 发表于 2021-12-16 09:44
卢老师好，当时改文章时因为篇幅限制，所以把计算细节的method部分都转移到了support information里，是 ...

知道了

作者
Author: syx123456 时间: 2021-12-21 14:24
能不能给multiwfn加点什么数字水印啥的，这样方便固定证据，有些游戏公司喜欢这样做（玩家看不出来，是为了防盗版的）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-21 16:51

syx123456 发表于 2021-12-21 14:24
能不能给multiwfn加点什么数字水印啥的，这样方便固定证据，有些游戏公司喜欢这样做（玩家看不出来，是为了 ...

原理上不可能实现

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-21 19:59

sobereva 发表于 2021-12-21 09:51
原理上不可能实现

导出的图可以加吧，这样虽然防不住那些只用Multiwfn的数而不用图的人，但是起码能防住那些文章里放了图的人

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-22 00:58

wzkchem5 发表于 2021-12-21 19:59
导出的图可以加吧，这样虽然防不住那些只用Multiwfn的数而不用图的人，但是起码能防住那些文章里放了图的 ...

导出的图加也没什么意义，如果加在边角，直接就能轻松ps掉，如果加在图中央，严重影响美观，显得很奇怪，说不定编辑和审稿人还有意见。我还没见过期刊上的文章上有带水印的

作者
Author: 鱿鱼起司 时间: 2021-12-22 15:47
还有按照博文内容，脚本做成教程发视频的，对社长和博文只字不提。。。

作者
Author: Sinddo 时间: 2021-12-23 10:07
一直都挺好奇，现在很多时候都会把实验和计算方法放到SI里，在SI里的引用算作正式引用吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-23 12:35

Sinddo 发表于 2021-12-23 10:07
一直都挺好奇，现在很多时候都会把实验和计算方法放到SI里，在SI里的引用算作正式引用吗

不算。Google学术这样统计范围比较宽泛的统计里如果检测到SI里有引用，算到Google学术的统计里，但是Web of science等在统计的时候根本不看SI。
PS：之前Frank Neese在ORCA论坛里还专门发帖强调要在正文里引用而不要在SI里引用。现在Multiwfn的license里也都明确声明必须在正文里引用

作者
Author: haizhiwuyu 时间: 2021-12-26 18:59
强烈支持卢老师！

作者
Author: hit_liaols 时间: 2021-12-26 20:16

sobereva 发表于 2021-12-22 00:58
导出的图加也没什么意义，如果加在边角，直接就能轻松ps掉，如果加在图中央，严重影响美观，显得很奇怪， ...

图片盲水印之类的技术应该能实现加水印，同时不影响视觉上的图片效果
比如
https://github.com/guofei9987/blind_watermark

作者
Author: Yaqi 时间: 2021-12-27 11:52
以实验为主的文章，理论计算部分往往都只是支撑和补充的作用，经常不会作为文章的主体，会被放在SI当中，特别是讲理论方法的部分，看不懂的都放在SI里面，导致很多理论相关的引用都出现在SI当中。

看了这个帖子，我以后也得多加注意这一方面，计算细节的描述可以放在SI当中，但是必不可少的关键引文还是得出现在正文的引用当中。

作者
Author: captain 时间: 2022-1-7 10:27
大神，某些通讯类论文，正文里不能出现方法部分，只能写到补充材料里面，应该怎么引用才比较合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-7 10:41

captain 发表于 2022-1-7 10:27
大神，某些通讯类论文，正文里不能出现方法部分，只能写到补充材料里面，应该怎么引用才比较合适呢？

正文里不需要写计算的理论细节，但至少提一句通过什么程序用什么方法做了计算绝对不可能不可以，这种地方对程序进行引用。

作者
Author: captain 时间: 2022-1-7 15:00

sobereva 发表于 2022-1-7 10:41
正文里不需要写计算的理论细节，但至少提一句通过什么程序用什么方法做了计算绝对不可能不可以，这种地方 ...

好的，明白了！

作者
Author: lidon 时间: 2022-1-14 10:13
研究生扩招,很多都粗制滥造者包括一些老师在内

作者
Author: chengb917 时间: 2022-1-21 16:27
确实让人气愤，如此不严谨，怎么能做好科研。

作者
Author: Henryugg 时间: 2022-2-15 22:53

abin 发表于 2021-12-9 13:23
长期使用盗版软件的人，
你还能指望TA能正确的提到用的工具？

说不定都不是自己做的哈哈哈哈哈

作者
Author: iloveagirl 时间: 2022-2-22 10:37
有时候有必要搞他们一下，不搞不知道厉害

作者
Author: 北辰子 时间: 2022-9-24 19:43
老师，我想请问一下，像在学术会议上作报告的那个PPT上也需要引用吗？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-9-25 01:01

hit_liaols 发表于 2021-12-26 20:16
图片盲水印之类的技术应该能实现加水印，同时不影响视觉上的图片效果
比如
https://github.com/guofei9 ...

确实，这玩意原理好像是把图片傅里叶变换到倒空间之后，在倒空间打水印然后傅里叶变换回去（？我不太懂），倒空间的水印在实空间用肉眼看不出来

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-10-9 23:23
真是深恶痛绝，sob老师编写的这些程序及相关博文使我受益匪浅，从计算机小白逐步学会了如何使用量子化学程序，如何做分子模拟，真的超级感谢老师。同时向这些不正确引用的作者强烈谴责，老师辛苦了。

作者
Author: Red 时间: 2023-6-2 16:16
Multiwfn+VMD YYDS

作者
Author: hust_CMK 时间: 2023-6-4 11:28
首先，给他通讯和一作去信；
如果石沉大海，或者没有科研道德，就直接给杂志去信；
被撤两回稿子，道德水准就自然高了

作者
Author: ra2123456 时间: 2024-5-17 16:54

yygong 发表于 2021-12-9 11:55
审过AOM的论文，明显用了Multiwfn但是没有引用，审稿意见要求正确引用。
另外我也见过CEJ的上论文连计算软 ...

舍不得花钱买呗，用的是盗版，怕人发现

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-4-5 13:08

阿甘发表于 2021-12-10 07:00
有没有这样一种可能，就是他们组里压根就没人做计算的，这些计算都是找外面的代算算的，代算故意不引用，是 ...

大部分时候代算也会把需要引用的文献都标上的，包括软件和使用的方法，但是有些人写文章的时候会故意删掉，他们觉得这些文献太老或者计算相关期刊的影响因子太低（和实验的文章相比）会拉低他们的档次。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)