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标题: gaussian优化金属位点的small model,提示l103/l9999错误 [打印本页]

作者
Author: byqyb 时间: 2021-12-9 10:46
标题: gaussian优化金属位点的small model,提示l103/l9999错误
mcpb.py处理蛋白金属位点，进行到高斯优化这一步，一直报错，报错包括两种：
1.线性角
Bend failed for angle 20 - 23 - 22
Error termination via Lnk1e in /home/hipeson/g09/l103.exe
2.优化停止
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded,  NStep=325
-- Flag reset to prevent archiving.Error termination request processed by link 9999.

输入文件如下：BC_small_opt.com
$RunGauss
%Chk=BC_small_opt.chk
%Mem=32GB
%NProcShared=20
#N B3LYP/6-31G* Geom=PrintInputOrient Integral=(Grid=UltraFine) opt(gdiis,maxstep=4,notrust)
SCF=XQC

CLR
-6  1
H       17.257  140.718  220.580
C       18.267  140.356  220.388

我的试错过程：
1.出现线性角之后用opt=cartesian,最终会出现l9999报错，将结构提出来用 opt=gdiis 和 opt(gdiis,maxstep=4,notrust)分别继续优化过，但最终还是出现l9999或者新的线性角问题
2.出现线性角后，对在一条直线的三个原子加限制 L 18 20 27 -1 B  输入关键词Opt=Modredundant，这样会出现新的三个原子呈直线，对这两个线性角均加限制后，又会重复出现第一个线性角的报错

金属位点的small model如下：包含一个Mg 一个ATP 两个配位氨基酸THR SER 两个结晶水
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

卡了快两周的，求教各位老师应该如何解决？还是说我的结构上写的有问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-10 09:03
我不用mcpb.py，细节不清楚，但你问的Gaussian那些问题都是最老生常谈的，首页google框一搜就有答案

不要说什么l9999报错，这是菜鸟的提问方式
仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

作者
Author: byqyb 时间: 2021-12-10 10:46

sobereva 发表于 2021-12-10 09:03
我不用mcpb.py，细节不清楚，但你问的Gaussian那些问题都是最老生常谈的，首页google框一搜就有答案

不 ...

尝试改了几次关键词，还是报错
报错是这样的：
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded,  NStep= 211
-- Flag reset to prevent archiving.
我尝试过更改关键词为
opt=(MaxStep=5,NoTrustUpdate,Cartesian)、 opt=gdiis 、 opt(gdiis,maxstep=4,notrust) 依旧会报错Optimization stopped.  所以我在想是不是我的结构有问题，想让老师帮我参考一下。体系包含一个Mg 一个ATP 两个配位氨基酸THR SER 两个结晶水  水和配位氨基酸都去掉一个H，最终电荷为-6

输入文件如下：BC_small_opt.com
$RunGauss
%Chk=BC_small_opt.chk
%Mem=32GB
%NProcShared=20
#N B3LYP/6-31G* Geom=PrintInputOrient Integral=(Grid=UltraFine) opt(gdiis,maxstep=4,notrust)
SCF=XQC

CLR
-6  1
H       17.257  140.718  220.580
C       18.267  140.356  220.388

作者
Author: byqyb 时间: 2021-12-10 10:53

sobereva 发表于 2021-12-10 09:03
我不用mcpb.py，细节不清楚，但你问的Gaussian那些问题都是最老生常谈的，首页google框一搜就有答案

不 ...

另外老师，想问一下，对于蛋白中含有金属镁，对金属位点（含ATP、2个氨基酸、2个结晶水）用有键模型比较好（mcpb.py 将配位键以键的形式表示，包括键长键角二面角等项），还是非键模型比较好（ 12-6-4 LJ-Type Nonbonded Model，仅通过静电和VDW项处理金属离子-蛋白质相互作用）？另外这两个结晶水如果去掉的话，对后续MD模拟会有影响吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-11 05:03

byqyb 发表于 2021-12-10 10:46
尝试改了几次关键词，还是报错
报错是这样的：
Optimization stopped.

自行监控收敛趋势、优化轨迹判断是什么情况，别盲目尝试、像瞎子一样稀里糊涂计算

另外，该带隐式溶剂模型的时候要带隐式溶剂模型

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-11 05:03

byqyb 发表于 2021-12-10 10:53
另外老师，想问一下，对于蛋白中含有金属镁，对金属位点（含ATP、2个氨基酸、2个结晶水）用有键模型比较 ...

Mg2+的话哪怕光靠静电作用都大概率能维持住，没必要非得用MCPB折腾

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