计算化学公社

标题: 白手起家想做AIMD计算，有没有推荐的性价比高的软件？ [打印本页]

作者
Author: 好多于 时间: 2021-12-10 08:47
标题: 白手起家想做AIMD计算，有没有推荐的性价比高的软件？
最近需要做一部分AIMD相关内容，大神们有没有极力推荐的软件呢？
或者把目前主流的AIMD计算软件的优势缺点分析罗列一下也行，鄙人感激不尽

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-10 08:55
孤立体系的话ORCA是首选，速度快，使用简单，免费
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

如果追求速度不要求精度，xtb跑AIMD是首选，参考诸如
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

作者
Author: 丁越 时间: 2021-12-10 09:12
周期性体系AIMD模拟CP2K首选，只要核数多，大体系不是问题。

作者
Author: 好多于 时间: 2021-12-10 10:12

sobereva 发表于 2021-12-10 08:55
孤立体系的话ORCA是首选，速度快，使用简单，免费
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sober ...

好的，谢谢sob老师。但是您说的孤立体系具体是怎么定义的呢，对于这个定义我还比较模糊

作者
Author: 好多于 时间: 2021-12-10 10:14

丁越发表于 2021-12-10 09:12
周期性体系AIMD模拟CP2K首选，只要核数多，大体系不是问题。

谢谢丁老师的回复。照您这么说，如果是一种单体聚合形成的体系首选CP2K，精度如何？

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-10 10:17

好多于发表于 2021-12-10 10:12
好的，谢谢sob老师。但是您说的孤立体系具体是怎么定义的呢，对于这个定义我还比较模糊

这里考虑PBC(Periodic Boundary Condition)的平移周期性体系就不叫孤立体系，否则叫孤立体系

作者
Author: 好多于 时间: 2021-12-10 10:25

snljty 发表于 2021-12-10 10:17
这里考虑PBC(Periodic Boundary Condition)的平移周期性体系就不叫孤立体系，否则叫孤立体系

好的，感激涕零

作者
Author: 丁越 时间: 2021-12-10 10:45
本帖最后由丁越于 2021-12-10 10:47 编辑

好多于发表于 2021-12-10 10:14
谢谢丁老师的回复。照您这么说，如果是一种单体聚合形成的体系首选CP2K，精度如何？

CP2K也可以做非周期性的AIMD计算，但是这样还得加盒子，相比起ORCA、XTB之类的程序跑AIMD就划不来了。
我不清楚你的单体聚合形成物指的是哪种结构，假如是两个反应物分子发生聚合形成聚合物这样的反应做AIMD那肯定是ORCA好。

作者
Author: 好多于 时间: 2021-12-10 10:52

丁越发表于 2021-12-10 10:45
CP2K也可以做非周期性的AIMD计算，但是这样还得加盒子，相比起ORCA、XTB之类的程序跑AIMD就划不来了。
...

几十个乙炔聚合形成的聚乙炔，锯齿状碳链

作者
Author: 丁越 时间: 2021-12-10 11:05

好多于发表于 2021-12-10 10:52
几十个乙炔聚合形成的聚乙炔，锯齿状碳链

可以学习一下CP2K。Multiwfn可以方便创建CP2K AIMD的输入文件

作者
Author: 好多于 时间: 2021-12-10 11:11

丁越发表于 2021-12-10 11:05
可以学习一下CP2K。Multiwfn可以方便创建CP2K AIMD的输入文件

灰常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-10 11:16

好多于发表于 2021-12-10 10:52
几十个乙炔聚合形成的聚乙炔，锯齿状碳链

拿CP2K跑这个是首选，跑AIMD的输入文件按下文做法敲几下键盘就能得到
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: 好多于 时间: 2021-12-10 11:18

sobereva 发表于 2021-12-10 11:16
拿CP2K跑这个是首选，跑AIMD的输入文件按下文做法敲几下键盘就能得到
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程 ...

我知道了，谢谢卢老师

作者
Author: sun666 时间: 2021-12-10 22:11
本帖最后由 sun666 于 2021-12-13 21:20 编辑

请问溶液体系，过渡属离子配合过程，以及描述水分子，哪个软件比较合适呢。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-11 03:12

sun666 发表于 2021-12-10 22:11
请问溶液体系，金过渡属离子配合过程，以及描述水分子，哪个软件比较合适呢。

cp2k可以用带Adaptive-Buffer的QM/MM，圈一圈做QM就行。

整个跑的话可以用CPMD跑CPMD

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-11 04:02

sun666 发表于 2021-12-10 22:11
请问溶液体系，金过渡属离子配合过程，以及描述水分子，哪个软件比较合适呢。

CP2K
弄一个水盒子，把金塞到里面，移除有重叠的水，然后跑AIMD就完了

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