计算化学公社

标题: 请问生成配体拓扑文件之前需要用高斯优化原子电荷吗？ [打印本页]

作者
Author: NicoleDH 时间: 2021-12-10 10:33
标题: 请问生成配体拓扑文件之前需要用高斯优化原子电荷吗？
各位老师好！

我在用Gromacs模拟蛋白-配体复合物体系，配体是从PubChem中下载的.sdf文件，然后将配体对接到蛋白，得到复合物结构，接着分别生成蛋白质和配体的拓扑文件。

我使用的Charmm36力场，所以选择CGenff生成配体的拓扑文件。正常生成了配体的.str文件，然后用脚本转化成.itp文件。

我在别人的毕业论文和文献中看到，在生成配体拓扑文件之前，会用Gaussain对配体进行静电势计算和几何优化，然后拟合得到优化的配体原子电荷。

我的疑惑是，CGenff本身就会产生原子电荷，还需要先用Gaussain去优化吗？当然，我看见sob老师的“几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具“的帖子中有提到这些
生成配体拓扑的工具很多不能生成原子电荷或生成的质量很差。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-10 11:07
CGenFF程序给你的原子电荷是经验方式得到的，看J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 3155−3168。对于不同体系，这种方法给出来的结果好坏程度不同，结构和成键方式越不寻常的，给的原子电荷可能越烂。

自己用Gaussian或ORCA结合Multiwfn算RESP2(0.5)电荷最为稳妥，对各种体系都普适，尤其是CGenFF的penalty较大的情况更是强烈建议自己这么算。看
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

实际上CGenFF力场本身最匹配的原子电荷是通过拟合以尽可能好地重现量化高精度计算的分子与水的相互作用能得到的，但这种做法忒费事，因此一般也不这么来获得。

作者
Author: NicoleDH 时间: 2021-12-10 11:26

sobereva 发表于 2021-12-10 11:07
CGenFF程序给你的原子电荷是经验方式得到的，看J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 3155−3168。对于不同 ...

好的，明白了，非常感谢老师的解答！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-10 13:38
如果是很普通的有机分子直接用CGenFF给的电荷也基本不会有什么问题，

作者
Author: NicoleDH 时间: 2021-12-10 14:37

喵星大佬发表于 2021-12-10 13:38
如果是很普通的有机分子直接用CGenFF给的电荷也基本不会有什么问题，

好嘞，谢谢~

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