计算化学公社

标题: 关于利用Multiwfn计算分子长宽高和表面积的作图求助 [打印本页]

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Author: 落雁 时间: 2021-12-10 12:06
标题: 关于利用Multiwfn计算分子长宽高和表面积的作图求助

各位老师好，我在使用sob老师《使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴》http://sobereva.com/426 以及《使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积》http://sobereva.com/487 两篇教学中的方法想得到教程中的效果（图1），但是我自己在操作时遇到了两个问题：1.pbc box得到的盒子与范德华表面积的位置偏离很大(图2)，我如果新添加一个.pdb使用RMSD方法叠合的话，盒子的位置又不对了（图3）；2.我的范德华表面积的图Drawing Method设为Points后看起来很密集，不如老师原图中的好看；请问这两个问题应该如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-10 12:40
1 用完那个功能后选择2 Export the geometry in new orientation as new.pdb in current folder，把导出的新的pdb文件放VMD里显示

2 VMD里Display - Render mode - normal

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-12-11 00:19
本帖最后由 flyingchow 于 2021-12-11 07:30 编辑

sobereva 发表于 2021-12-10 12:40
1 用完那个功能后选择2 Export the geometry in new orientation as new.pdb in current folder，把导出的 ...

老师，Multiwfn计算完表面积后的后处理选项，没有您说的这个选择。您能不能详细说下，怎么产生新的调整过位置的pdb文件？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-11 04:08

flyingchow 发表于 2021-12-11 00:19
老师，Multiwfn计算完表面积后的后处理选项，没有您说的这个选择。您能不能详细说下，怎么产生新的调整过 ...

贴图方式不对，仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图

显然我说的是计算长宽高功能的后处理菜单

博文里都写得如此明白了，怎么还会搞不明白
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html）

如果想把坐标已经被Multiwfn旋转后的当前体系导出成pdb文件，从而能在VMD等程序中显示，可以选择2 Export the geometry in new orientation as new.pdb in current folder，此时当前目录下就会产生new.pdb。此文件中有个CRYST1字段，记录了此体系的长宽高。

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-12-14 23:00
本帖最后由 flyingchow 于 2021-12-15 00:58 编辑

sobereva 发表于 2021-12-11 04:08
贴图方式不对，仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图

显然我说的是计算长宽高功能的后处理菜单

老师，我想我们说的是用fck文件做完表面积的cub文件，和摆正的长宽高的pdb文件不能重合。所以难以做出如发表文章里那样的图。（pbc的盒子偏离位置）
我用摆正位置的pdb文件来做出promolecular的表面积cub文件，就可以重合了。但似乎不太精确。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-15 07:08

flyingchow 发表于 2021-12-14 23:00
老师，我想我们说的是用fck文件做完表面积的cub文件，和摆正的长宽高的pdb文件不能重合。所以难以做出如 ...

你用摆正之后的pdb文件再重新产生波函数文件，用Multiwfn计算表面顶点不就完了
记得加nosymm

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