计算化学公社

标题: 求助：gromacs建立索引文件的时候原子名有重复怎么办 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-12-13 21:14
标题: 求助：gromacs建立索引文件的时候原子名有重复怎么办
我想用gromacs建立我的模拟体系中高分子中氧原子的索引文件，可是体系中离子中的氧原子的名字和高分子的有一样的，请问该如何建立这个索引文件呢？

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-12-13 21:25
&可以表示交集，因此你可以这样写 a O1 & "group" group用高分子组的序号

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-12-13 21:34

SpongeBob 发表于 2021-12-13 21:25
&可以表示交集，因此你可以这样写 a O1 & "group" group用高分子组的序号

请问高分子组的序号要怎么知道？是输入残基名吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-14 05:25

邱美佳发表于 2021-12-13 21:34
请问高分子组的序号要怎么知道？是输入残基名吗？

看默认的组里有没有现成的，没有就用残基名
也可以按照残基号来选取，肯定是已知的

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-12-14 10:39

sobereva 发表于 2021-12-14 05:25
看默认的组里有没有现成的，没有就用残基名
也可以按照残基号来选取，肯定是已知的

已解决，谢谢卢老师

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