计算化学公社

标题: 模拟氮、氧掺杂石墨烯时，能量极小化报错 [打印本页]

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Author: a9471163 时间: 2021-12-15 13:58
标题: 模拟氮、氧掺杂石墨烯时，能量极小化报错
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-15 14:11 编辑

各位老师，最近有个氮、氧掺杂石墨烯（氧掺杂比例高，达到30%，氮极少，0.6%左右的掺杂比）在gaff力场下用gromacs模拟，拓扑文件是acpype产生的，原子电荷是universal力场优化石墨烯结构以后（因为原子数有500多个，没有用DFT做结构优化），用orca5.0的b97-3c在隐式SMD水模型下计算了单点能，然后用multiwfn最新版计算resp电荷（即：载入文件，选择选项7-18-1，使用multiwfn自带算法进行，计算过程未调用高斯），但所得的RESP电荷个人推测是有点问题。
因为测试发现一旦使用这套RESP电荷值，能量极小化就提示：未达到收敛限，但能量极小化无法继续，自动停止（如图），此时原子上的最大受力仍然有10的5次方，强行跑后续模拟则会提示很多lincs warning最后崩溃，如果所有原子的原子电荷改成0，则可以正常模拟（但显然这么模拟不准确），所以求助各位老师，此时如何计算得到可用的电荷值，以便模拟可以正常跑呢？

继续测试发现，若氧化石墨烯中氧掺杂比例从30%降低到10%以下，则使用同样一套模拟流程是可以正常跑模拟的，正常的氧化石墨烯（简称GO）和不正常的GO我都打包上传了，里面有计算过程用到的全部文件和参数，可以清楚地看到所用GO的构型（请看压缩包的mol2文件）。有没有大佬可以指导一下我那个不正常的GO是不是建模的结构有问题呢，还是其他原因造成的？

个人已经尽力检查建模结构是否合理，是通过这几种方式判断的：
1、根据化学常识，观察并判断原子的排列和连接方式，没发现异常
2、根据文献，羧基布置在GO边缘并且在该pH下全部质子化，羟基、环氧基、N原子布置在GO的中间，这也与文献一致
3、根据acpype的Check Weird Bonds检查键连关系，没有发现有不正确的成键方式
4、计算了分子的净电荷，由于羧基去质子化带来15个负电荷
5、我在模拟前一般会通过xtb或universal力场优化分子结构，若优化后分子明显有不合理的构型，说明初始结构不合理，我会积极调整，但本次用universal优化结构，没有发现不正常现象
6、根据实验表征结果，实验证明氧掺杂比例达到30%是可能发生的并且此时氮含量较低，说明所用模型中的掺杂比例没有错
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 14:57
我没时间具体看你的文件，但光是这么一条

计算了分子的净电荷，由于羧基去质子化带来15个负电荷

就意味着结果没意义。那么多负电荷之间库仑互斥极强，体系自然不可能稳定。如果是在水中模拟因而羧基自发质子解离，也应当考虑抗衡离子或者引入H3O+
建议你先看看已发表的文章里算氧化石墨烯都是用的什么模型。对于常见体系，自己做之前一定先多看看前人的文章免得瞎算、踩坑

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-16 16:45
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-16 16:54 编辑

sobereva 发表于 2021-12-16 14:57
我没时间具体看你的文件，但光是这么一条
就意味着结果没意义。那么多负电荷之间库仑互斥极强，体系自然不 ...

谢谢卢老师提醒，我的模型中羧基有15个，如果分子很小的话，这么多羧基可能还是有问题的；如果分子足够大了，是可以容纳这么多羧基的，比如这篇文献：New Insight into the Aggregation of Graphene Oxide Using Molecular Dynamics Simulations and Extended Derjaguin−Landau−Verwey−Overbeek Theory，他布置的羧基比我的还多（如图）

您的提醒让我想起了最关键的一点，可能不是边缘羧基的问题（我跑能量极小化之前也引入抗衡离子Na+了），而是我的模型中，碳氧个数比不合理，我看到文献计算氧化石墨烯，用的比例是C20 O2 (OH)2 (COOH)1，即文献C/O=21:6=3.5，而我的模型C/O=1.69。实验XPS表征证明，所合成的材料的C/O=2.34，我的C/O偏离了实验值和文献模拟氧化石墨烯的值，导致过多的O带来很大的静电斥力
但遗憾的是，为了验证我的想法即C/O不合理导致模拟崩溃，我又建立了一个C239 H82 N3 O77的模型，此时C/O降低到了3.10，如果按实验表征来说的话，这个比例是可能存在的，但实际模拟就遇到能量极小化可以顺利完成，正式NPT模拟后提示很多lincs warning最后崩溃的问题，我目前打算换个gromos力场试试，或许是gaff不适合模拟这种分子内静电斥力大一些的体系
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 17:00
原理上GAFF描述这个体系没问题

最好把问题简化，是否考虑边缘的羧基、是否考虑环氧基、是否考虑羟基，全都进行测试，搞清楚问题在哪里，然后细致分析

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-16 17:07

sobereva 发表于 2021-12-16 17:00
原理上GAFF描述这个体系没问题

好的，谢谢您，有人也建议我把SMD水溶剂模型改成CPCM（water）计算单点能，并且计算RESP2代替RESP，我也正在计算，分子大了一些，在等结果，不知道能不能对模拟有改善，听说是orca中SMD模型会严重影响模型的收敛情况，换成CPCM就会好很多

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-17 12:34

sobereva 发表于 2021-12-16 14:57
我没时间具体看你的文件，但光是这么一条
就意味着结果没意义。那么多负电荷之间库仑互斥极强，体系自然不 ...

sob老师，想请教一下gaff力场下模拟使用Qeq电荷准确度能接受吗，我只知道Qeq适合跟universal力场搭配，现在我这个体系使用Qeq电荷是可以跑模拟的

另外，您说的很有道理，我领会了您的意思，后面会试一下先引入抗衡离子再去计算单点能和RESP，而不是设置成-15的负电去计算单点能，因为化学价是-15，但实际电荷值不会那么负的，我之前计算完RESP观察钠离子也就是0.8左右的电荷值，而不会到1

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-17 12:44

a9471163 发表于 2021-12-17 12:34
sob老师，想请教一下gaff力场下模拟使用Qeq电荷准确度能接受吗，我只知道Qeq适合跟universal力场搭配，现 ...

QEq太烂，对静电势描述太差

显然不能带着抗衡离子算RESP电荷，RESP电荷是对氧化石墨烯自己而言计算的

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-17 12:54

sobereva 发表于 2021-12-17 12:44
QEq太烂，对静电势描述太差

显然不能带着抗衡离子算RESP电荷，RESP电荷是对氧化石墨烯自己而言计算的

好的老师，测试发现这个崩溃，确实很有可能是一个不大的分子基面去承受-15个负电，负电荷太多了，导致排斥大所以崩溃的，但根据文献，又觉得这个模型上长15个羧基也是合理的
目前有两条路：
1、有文献是让羧基全部去质子化的，这种做法适合羧基少的模型，比如3-5个羧基，否则基面上负电太多，容易崩溃；也有文献是让一部分羧基去质子化去模拟的，我可以试试后面那条路，也许适合我这个模型

2、能否把氧化石墨烯没有去质子化的状态拿去计算RESP，算完以后把所有的羧基H删了，那个H也就带0.X的正电，所以剩下的基面上，负电也就明显弱了一些，估计模拟不会崩溃，您看是否值得试一下这种方法

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-17 21:14

a9471163 发表于 2021-12-17 12:54
好的老师，测试发现这个崩溃，确实很有可能是一个不大的分子基面去承受-15个负电，负电荷太多了，导致排 ...

1 原理上，genion会把抗衡阳离子加到静电势最负的位置，就算羧基多，Na离子如果在羧基附近充分，也能很大程度抵消静电互斥。一部分去质子化也不是不可以，去质子化的羧基之间的静电相互作用本身也会影响羧基的pKa使得去质子化状态稳定化程度降低

2 原理上不能。解离下来的质子带一个单位正电荷，相应地在羧基上留下一个单位负电荷。要和实际相符

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-18 10:51

sobereva 发表于 2021-12-17 21:14
1 原理上，genion会把抗衡阳离子加到静电势最负的位置，就算羧基多，Na离子如果在羧基附近充分，也能很大 ...

老师您好，我那个氧化石墨烯体系，想请教一下有没有办法通过调整参数，继续让模拟更稳定，昨天看您的PPT把步长从2飞秒改到1飞秒，效果明显，可以延长模拟时间，最后模拟5纳秒，最后仍然崩溃，每次崩溃前都有共性报错是：One or more water molecules can not be settled（用或不用lincs基本都是这个时间段模拟崩溃，都是这个报错）。如果能模拟10纳秒以上我也就满足了，下面这是我的mdp文件（请看附件）

我那个GO又对比了几篇文献，觉得自己的模型合适，文献如果是把一部分羧基去质子化，那也是只有10%的羧基不做去质子化（如下图），我15个羧基，就相当于只有1个羧基不做去质子化，那基面就带-14的负电，这跟我之前计算用的-15相差无几，而且我RESP电荷计算方法也无误，模拟时抗衡离子也加的非常规范。所以就想看看能不能继续调整NPT模拟的参数，让这个模拟能更稳定，非常感谢老师
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-18 22:20

a9471163 发表于 2021-12-18 10:51
老师您好，我那个氧化石墨烯体系，想请教一下有没有办法通过调整参数，继续让模拟更稳定，昨天看您的PPT ...

用柔性水。此时不牵扯到用settle约束

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Author: a9471163 时间: 2021-12-19 11:56

sobereva 发表于 2021-12-18 22:20
用柔性水。此时不牵扯到用settle约束

非常感谢sob老师，我今天试试

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-19 23:47

sobereva 发表于 2021-12-18 22:20
用柔性水。此时不牵扯到用settle约束

老师您好，已经尝试使用柔性水进行正式的NPT模拟，结果如下：1、模拟前做能量极小化的方法是：使用cg算法，手动修改能量极小化的收敛限，逐渐降低收敛限，然后用上一次优化完的结构继续、反复做能量极小化，最后最大力能优化到小于700
2、进行限制性分子动力学模拟，模拟步长1飞秒报错，使用0.1飞秒跑完了该模拟，但苯环已经扭曲变形（如图，自知继续NPT正式模拟已无意义，但还是稍微尝试了一下，果不其然NPT模拟报错，报错内容如下）
3、开始进行正式NPT模拟，使用柔性水，报错内容如下（模拟步长0.5飞秒也不行，中途崩溃，想请问一下没必要尝试强行模拟了吧，测试到这一步，是不是可以理解成就是模型不合理，导致RESP电荷计算的不合理）
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作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-20 07:38
本帖最后由喵星大佬于 2021-12-20 07:59 编辑

仔细检查你的成键项参数，尤其是涉及环氧的

扭曲到这个程度不可能是静电作用计算的问题，一定是成键参数有问题，盲猜是环氧的键角和二面角项

另外，一般的分力场(尤其是键角仅用谐振势的)对于这种高张力小环是描述很差的，结果普遍不可信。

你仔细看你的图，有问题的地方基本都是因为环氧的C试图变成正四面体构型而导致的扭曲，或者是由于环氧本身键角太小而模拟时另外三个C与O都在同一个半球(没有imprepor项限制)导致的。描述环氧这种需要专门的原子类型和成键项参数，包括限制另外三个原子进入同一半球的improper二面角项，不记得gaff有没有这个了，印象中是没有，基本可以确定这块一定是有问题的。最后就是看你要模拟的是什么性质了，如果实在搞不定参数可以用gfn-ff搞搞看

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-20 11:39

喵星大佬发表于 2021-12-20 07:38
仔细检查你的成键项参数，尤其是涉及环氧的

扭曲到这个程度不可能是静电作用计算的问题，一定是成键参数 ...

非常感谢您的提醒，gfn-ff计算速度很慢，想请教一下OPLS-AA能不能做这种体系，有文献是OPLS-AA做的氧化石墨烯，但环氧的比例比我的模型少，我这个是生物炭，按实验表征的30%的氧比例建模的，这时候O掺杂是到了极限的，几乎没法再加上去更多的氧

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-20 11:50
本帖最后由喵星大佬于 2021-12-20 12:42 编辑

a9471163 发表于 2021-12-20 11:39
非常感谢您的提醒，gfn-ff计算速度很慢，想请教一下OPLS-AA能不能做这种体系，有文献是OPLS-AA做的氧化石 ...

去看原文有没有相应的原子类型，有就可以没有就不行

gfn-ff确实速度很慢，不过还是跟你模拟的目的有关系，就是你想看这种结构的什么特征

速度来说其实用gfn-ff/alpb跑个几百ps甚至更长倒也是说不行，主要不用担心有没有参数的问题，这种体系显然是有参数的，不放心稍微跑几步也能看出来了

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-20 14:00
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-20 14:02 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-20 11:50
去看原文有没有相应的原子类型，有就可以没有就不行

非常感谢您的建议，刚才做了计算，证明：六元环，特别是有环氧基的六元环扭曲，是力场造成的——我是把所有原子电荷设置成0，然后跑的模拟，这是模拟3纳秒之后的结构。这时候六元环的扭曲也是很明显的，这并不是电荷造成的。您说的完全正确。但事实证明，如果不加电荷做模拟，是没有任何报错的，我能否认为，没有报错的模拟结果就是可以用的呢？这种六元环有点扭曲也正常吧，因为它不像苯环那样是共面的结构。现在已经证明，模拟中途崩溃报错，完全是电荷的问题，没加电荷就不会报错
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作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-20 15:19
当然不能用，怎么可能会有这种结构。。。。

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-20 15:22
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-20 15:39 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-20 15:19
当然不能用，怎么可能会有这种结构。。。。

老师，有重大进展了，我刚才问了同学（因为是跟他合作做这个文章的），他实验那边数据搞错了，本来是氧质量比占30%，他之前一直以为是摩尔比占30%，这大大高估了实验方面所得材料的O含量，事实上这种高O比例的材料可能根本就不存在，所以sob老师之前回复说GAFF模拟氧化石墨烯没问题是对的，是我们高估了O含量，做了个实际中可能完全不存在的体系，我估计gaff力场开发的时候就没考虑这种不可能存在的体系
然后也体现了计算的优越性，他能帮我们检验并发现实验中存在的一些问题

PS：gfn-ff/alpb有空了倒是可以试试，毕竟这个可能完全不存在的模型倒也有点意思，如果能用这个模型，把模拟正常跑起来会很有成就感

另外，真不能小看M$,虽然我不喜欢M$，但universal力场下做这个材料的计算居然那个六元环没变形，说明精度还可以的哦（如图） (, 下载次数 Times of downloads: 26)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-20 18:13
本帖最后由喵星大佬于 2021-12-20 18:16 编辑

a9471163 发表于 2021-12-20 15:22
老师，有重大进展了，我刚才问了同学（因为是跟他合作做这个文章的），他实验那边数据搞错了，本来是氧质 ...

其实UFF可以用瓜丝跑，MS里面的Focite模块能跑，免费的GULP程序和Lammps也是可以跑的。UFF结构合理是很正常的，因为里面有这种原子类型，而且UFF的键角项针对不同的结构有专门优化，实际上有平面三角形、四面体(通常用的)、平面四边形和pentagonal bipyramidal总共4中键角函数，可以描述各种奇奇怪怪的体系，对于环氧有inversion项(和一般说的improper项类似，定义用的原子顺序不同)限制所有原子不指向同一个半球，所以是OK的
其他的比如Tripos力场，MM2/3力场和MMFF94都是有相应的原子类型和参数的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-20 18:33
本帖最后由喵星大佬于 2021-12-20 18:35 编辑

a9471163 发表于 2021-12-20 15:22
老师，有重大进展了，我刚才问了同学（因为是跟他合作做这个文章的），他实验那边数据搞错了，本来是氧质 ...

然后还有个问题，GAFF力场用的键角和二面角项可能是借用的一般醚类的，但是这个时候就有个要求，如果初始的结构不够合理(实际上就是说4跟键偏向于一个半球)，那么由于平衡键角设定的问题，所有键角都会往一起收缩(见下面画的灵魂示意图)导致出现你那个情况，粉色表示当前键角大于平衡键角力是收缩的，绿色表示小于平衡键角力是扩张的，当所有和中心C相连的原子在同一个半球而又没有其他额外限制势的情况下就会出现圆锥角越收越小的情况，也就是你碰到的情况
但在结构合理的情况下一般模拟条件这个角是翻不过来的所以也不算完全不能用
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作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-20 23:00
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-20 23:04 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-20 18:13
其实UFF可以用瓜丝跑，MS里面的Focite模块能跑，免费的GULP程序和Lammps也是可以跑的。UFF结构合理是很正 ...

太生动了大佬，我明白了

因为那个gromacs是要用OBGMX才能产生uff的拓扑，社长帖子《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》说OBGMX程序给出的参数实际上是对原UFF力场的近似。个别原子类型识别可能有误。所以我心里面感觉M$内置的uff力场可能准一点，相比起gromacs用uff而言，出错概率可能低一点吧，您怎么看

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-21 04:39
本帖最后由喵星大佬于 2021-12-21 11:55 编辑

a9471163 发表于 2021-12-20 23:00
太生动了大佬，我明白了因为那个gromacs是要用OBGMX才能产生uff的拓扑，社长帖子《几种生成有 ...

看OBGMX的原文就知道了，对于主要近似的就是键角项，总的来说就是用Gromos96形式的键角项代替原版的键角项(gmx不支持)，基本上当差不差，你这个体系原子类型很少，对着原文检查一下有没有判断错基本就OK。原版UFF用的就是QEq电荷，但是我不记得是动态更新的还是定死的，不过Gromacs不支持动态更新QEq电荷就是了(lammps似乎可也)。
还有就是你这个模型为啥中间要掏个洞啊

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-21 16:08
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-21 16:10 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-21 04:39
看OBGMX的原文就知道了，对于主要近似的就是键角项，总的来说就是用Gromos96形式的键角项代替原版的键角 ...

这是多孔生物炭，布置孔洞模型的。
太详细了大佬，我学到很多

您觉得QEq换成RESP，搭配UFF力场以后准确度能提高吗，sob老师说RESP描述静电势比QEq准，但QEq确实是UFF的原配啊
我下一步打算试试oplsaa配RESP2电荷，uff力场配RESP电荷模拟这个体系，还有就是ztop拟合力场参数以后模拟，看看哪种更好

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-21 16:43

a9471163 发表于 2021-12-21 16:08
这是多孔生物炭，布置孔洞模型的。
太详细了大佬，我学到很多您觉得QEq换成RESP，搭配UFF力场 ...

用什么电荷主要看你要模拟的过程和模拟的目的

如果就以结构来说，只看着一个结构的稳定性啊之类的目的，用什么电荷区别倒是不大。这个体系的结构相对刚性，长程静电作用影响有限。所以其实在有些有机力场比如Tripos力场里面直接就没有静电项。但你要是模拟这个结构的吸附过程啊什么的电荷就有影响了，但具体多大不好说

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-21 17:13

喵星大佬发表于 2021-12-21 16:43
用什么电荷主要看你要模拟的过程和模拟的目的

如果就以结构来说，只看着一个结构的稳定性啊之类的目的 ...

嗯嗯我是做吸附的静电势对静电吸附力影响很大的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-21 17:28

a9471163 发表于 2021-12-21 17:13
嗯嗯我是做吸附的静电势对静电吸附力影响很大的

那你用resp电荷就好了，你这个体系还不涉及什么包埋原子之类的，也没很多构象，各种ESP电荷应该都差不多

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-22 09:53
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-22 09:54 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-21 17:28
那你用resp电荷就好了，你这个体系还不涉及什么包埋原子之类的，也没很多构象，各种ESP电荷应该都差不多
...

谢谢老师，想请教一下对于opls-aa力场，resp2电荷可以跟1.2×CM5在同一体系里混用吗，我的体系有不带电小分子，给它们分配1.2×CM5电荷，此外，sob老师曾经说过，opls-aa下带电分子用RESP2较好。但我查文献没看到这么混合使用电荷的。会有一些不合理么 (, 下载次数 Times of downloads: 34) (, 下载次数 Times of downloads: 37)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-22 09:55

a9471163 发表于 2021-12-22 09:53
谢谢老师，想请教一下对于opls-aa力场，resp2电荷可以跟1.2×CM5在同一体系里混用吗，我的体系有不带电小 ...

当然是不能混用

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-22 10:26
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-22 10:28 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-22 09:55
当然是不能混用

嗯嗯，sob老师刚回复了，说都用resp2就行，我开始算了，这个体系用opls-aa效果很好，配个resp2，初步用opls-aa试算（没加电荷的时候），没发现像gaff力场下面的那种环氧基多的区域变形成四面体的问题

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-22 12:42

a9471163 发表于 2021-12-22 10:26
嗯嗯，sob老师刚回复了，说都用resp2就行，我开始算了，这个体系用opls-aa效果很好，配个resp2，初步用op ...

opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-24 18:20

喵星大佬发表于 2021-12-22 12:42
opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

大佬您好，我计算RESP2（0.5）作为分子动力学模拟的原子电荷，遇到一个问题即最终的RESP2（0.5）不是整数，在gromacs里加抗衡离子无法中和掉所有电荷，具体描述在帖子http://bbs.keinsci.com/thread-27106-1-1.html#pid183643。想请教一下有解决办法吗，非常感谢

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-26 23:55
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-26 23:56 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-22 12:42
opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

老师您好，想请教一下这种情况您遇到过么，cgenff力场不报错可能量极小化做不了http://bbs.keinsci.com/thread-27132-1-1.html
另外cgenff力场和MMFF力场相比于GAFF而言，参数更多么，能不能很好的描述GO上的环氧基团呢

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-27 14:56

喵星大佬发表于 2021-12-22 12:42
opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

大佬，实在是麻烦您了，我的氧化石墨烯在cgenff力场下终于是可以模拟了，多亏了您的帮助，可我还差一个有机小分子（双酚A）的模拟在相同力场下跑不起来，报错归纳到帖子http://bbs.keinsci.com/thread-27141-1-1.html#pid183898里面了，您看能否支支招呢，感谢~

作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-31 22:59

喵星大佬发表于 2021-12-22 12:42
opls有1000多个原子类型想必是有环氧相关的

大佬您好，能顺利模拟结束离不开您的帮助，祝您元旦快乐，在数据处理时有1个疑惑，您能否支支招，谢谢您咯~http://bbs.keinsci.com/thread-27222-1-1.html

作者
Author: a9471163 时间: 2022-2-1 23:03

喵星大佬发表于 2021-12-20 07:38
仔细检查你的成键项参数，尤其是涉及环氧的

扭曲到这个程度不可能是静电作用计算的问题，一定是成键参数 ...

老师您好，祝您春节快乐，虎年吉祥，您之前让我认识到oplsaa力场是适合模拟生物炭的，非常感谢您，您之前推断说：扭曲到这个程度不可能是静电作用计算的问题，这个判断总体上也是非常准确的，不过我今天有了新发现。在一个多孔生物炭模拟中（这个模型比之前的更复杂些因为分子的表面缺陷有很多），我发现仅当力场参数合理但原子电荷不合适时，同样模拟报错，并且官能团出现扭曲，所以这个“扭曲到这个程度”也有一部分原因确实是静电作用不合理造成的，新帖在http://bbs.keinsci.com/thread-27631-1-1.html#pid187255，感谢大佬观看和探讨~

作者
Author: zhujiabao 时间: 2025-10-16 10:12

a9471163 发表于 2021-12-20 15:22
老师，有重大进展了，我刚才问了同学（因为是跟他合作做这个文章的），他实验那边数据搞错了，本来是氧质 ...

老师您好，想跟您请教一下“他之前一直以为是摩尔比占30%，这大大高估了实验方面所得材料的O含量，事实上这种高O比例的材料可能根本就不存在”。氧化石墨或者氧化石墨烯中，我理解这个氧碳比是正常范围之内的，为什么您会认为这是不存在的呢？我最近也碰到类似的问题了，实在费解

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