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标题: 让蛋白分子在周期性水箱中居中的问题求助 [打印本页]

作者
Author: wangxm 时间: 2021-12-15 20:56
标题: 让蛋白分子在周期性水箱中居中的问题求助
用Amber跑了一个蛋白质带周期性水箱的分子动力学，我的蛋白质有AB两根链，正常结束之后，用cpptraj处理轨迹文件md1.mdcrd，使用的命令如下
cpptraj
parm md1.prmtop
trajin md1.mdcrd
center:1-673 (我的蛋白质一共有673个氨基酸）
image familiar
trajout md1_reimage.mdcrd
go
处理完之后用VMD加载md1.prmtop和md1_reimage.mdcrd文件，观察轨迹时发现，在轨迹后半段，有一根链突然穿过水盒子跑到了水盒子另外一端，求问这种情况应该怎么解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 15:39
让cpptraj把轨迹变成非周期性的。如果只是想观看方便，在VMD里把相邻镜像里的蛋白也显示出来亦可

作者
Author: wangxm 时间: 2021-12-17 15:14

sobereva 发表于 2021-12-16 15:39
让cpptraj把轨迹变成非周期性的。如果只是想观看方便，在VMD里把相邻镜像里的蛋白也显示出来亦可

好的，非常感谢老师的指导。

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