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标题: 求助关于能量、密度参数计算 [打印本页]

作者
Author: 半亩心田种清欢 时间: 2021-12-16 11:06
标题: 求助关于能量、密度参数计算
本帖最后由半亩心田种清欢于 2021-12-16 17:36 编辑

请问老师，最近读到一个文献，里面的参数计算（对应下面贴的两张图，分别文献里面的图四图五）不知道是用gromacs是怎么计算出来的，想请教各位老师帮忙回答

作者
Author: 半亩心田种清欢 时间: 2021-12-16 11:07
文献里面的图四图五，谢谢老师回答

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 15:19

半亩心田种清欢发表于 2021-12-16 11:07
文献里面的图四图五，谢谢老师回答

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: 半亩心田种清欢 时间: 2021-12-16 16:44
标题: 关于能量、密度等参数计算的问题
请问老师，最近读到一个文献，里面的参数计算（对应下面贴的两张图，分别文献里面的图四图五）不知道是用gromacs是怎么计算出来的，想请教各位老师帮忙回答

作者
Author: 半亩心田种清欢 时间: 2021-12-16 16:45

sobereva 发表于 2021-12-16 15:19
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

收到，对不起，老师，我已重新发帖

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 16:55

半亩心田种清欢发表于 2021-12-16 16:45
收到，对不起，老师，我已重新发帖

干嘛重新发？这会导致论坛里出现一个无意义的帖子，拉低论坛信息密度、破坏论坛秩序

之前帖子有不合适的地方直接编辑原帖

作者
Author: 半亩心田种清欢 时间: 2021-12-16 17:38

sobereva 发表于 2021-12-16 16:55
干嘛重新发？这会导致论坛里出现一个无意义的帖子，拉低论坛信息密度、破坏论坛秩序

之前帖子有不合适 ...

已在原帖中重新编辑并改正，对不起，老师，还望老师不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-17 12:52
我没时间细看文章，也许：

密度图：对模拟的轨迹每一帧得到横坐标和纵坐标对应的几何参数，作为两列放到诸如origin里绘制概率密度图

势能图：可能得用能量组设置得到各个时刻两个组之间的非键相互作用能，然后再对轨迹做划分，得到分子在不同r处的帧号，对处在不同r区间内的帧号的非键作用取平均，再绘制势能与r的关系图

反正这些都没现成的命令/程序，必须自己写诸如VMD tcl脚本

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