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标题: 膜和蛋白体系加电压，请问电场的数值是用电压值除以体系盒子的尺寸吗？ [打印本页]

作者
Author: bingzan 时间: 2021-12-16 14:42
标题: 膜和蛋白体系加电压，请问电场的数值是用电压值除以体系盒子的尺寸吗？
我的体系是四个蛋白和一个混合生物膜，要给体系z方向加5V电压，用的平台是gromacs。gromacs加电压的方式是在mdp文件中加电场，单位是V/纳米。盒子尺寸我是从gro文件末尾读出来的。想请教两个问题：
1.如果盒子的尺寸是10x10x10（nm^3），那么电场是不是5V/10nm=0.5Vnm？

2.文献中说加5V电压，是不是代表模拟也是5V？
3..我在mdp里加了描述电场的一行之后，进行mdrun的命令时，出现下图中的报错，请问是为什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 15:18
1、2是

3 先不加电场或者只加非常小的电场再试。如果只有大电场时候崩溃，把步长设很小再试

作者
Author: bingzan 时间: 2021-12-16 15:23

sobereva 发表于 2021-12-16 15:18
1、2是

3 先不加电场或者只加非常小的电场再试。如果只有大电场时候崩溃，把步长设很小再试

明白啦，谢谢老师指点！

作者
Author: 五月雨 时间: 2024-3-21 01:16

sobereva 发表于 2021-12-16 15:18
1、2是

3 先不加电场或者只加非常小的电场再试。如果只有大电场时候崩溃，把步长设很小再试

请问sob老师，0.5V/nm的电场强度是不是太高了，现实实验中会用到这么高的场强吗

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