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标题: 求助如果两个分子在动力学过程中超出盒子，如何处理周期性来计算他们之间的距离？ [打印本页]

作者
Author: landian666 时间: 2021-12-16 15:28
标题: 求助如果两个分子在动力学过程中超出盒子，如何处理周期性来计算他们之间的距离？
求助如果两个分子在动力学过程中超出盒子，如何处理周期性来计算他们之间的距离？
我分别用 -pbc whole -pbc nojump处理了轨迹，不过还是感觉超出盒子时计算的不是实际质心的距离，而是跨过盒子后的距离。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 15:37
如果你是想计算考虑了PBC情况下的距离，直接在VMD里标记上bond标签，在Graphics - Labels里直接看其距离变化就完了

作者
Author: landian666 时间: 2021-12-16 16:52

sobereva 发表于 2021-12-16 15:37
如果你是想计算考虑了PBC情况下的距离，直接在VMD里标记上bond标签，在Graphics - Labels里直接看其距离变 ...

我是想考察这两个分子的实际距离，是不是需要去掉周期性PBC后，然后计算他们之间的距离？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-16 16:57

landian666 发表于 2021-12-16 16:52
我是想考察这两个分子的实际距离，是不是需要去掉周期性PBC后，然后计算他们之间的距离？

我不知道你所谓的实际距离是怎么定义的
如果你认为不考虑PBC就是实际距离，就处理轨迹不按照PBC记录轨迹然后计算

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