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标题: 求助：分子模拟时体系建模，发现与实验表征的元素比例存在不可消除的偏差 [打印本页]

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Author: a9471163 时间: 2021-12-16 17:10
标题: 求助：分子模拟时体系建模，发现与实验表征的元素比例存在不可消除的偏差
本帖最后由 a9471163 于 2021-12-16 18:07 编辑

各位老师，这个表格是实验上通过元素分析仪表征得到的四种生物炭的元素比例，我想建模进行生物炭的gromacs模拟，但建模时发现，元素分析仪给的H元素比例太低了，我进行了多次建模尝试，都不能满足这么低的H原子含量。大家对氧化石墨烯结构可能也有所了解，一旦共轭结构被羟基、环氧基等含氧官能团破坏，必然会造成在六元碳环上增加很多H原子，如果我们模拟不加这些H的话，碳原子就是不饱和的，这时候模拟用主流力场比如gaff，acpype也是不给过的，会报错说有Weird Bonds，所以现在就有个困惑，是实验表征不准呢，还是我计算建模时有没考虑到的因素呢
（我现在没什么很好的办法满足氢原子的比例，第四个生物炭建模时，就选择首先满足O原子占比30%，因为这个计算重点想关注氧原子比例的变化对于生物炭性质的影响，此时分子式是C248 H88 N3 O147 C原子、H原子的占比都有偏离，模型可以看我上传的mol2，不知各位老师有什么高见）
想请教一下，假如我模型里带着不饱和的C原子，这样H原子比例就降低了，这种模型有力场可以做模拟吗
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作者
Author: a9471163 时间: 2021-12-20 15:07
问题已解决，有机元素分析仪（EA）使用CHNS/CHN模式测试非O元素，[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]是样品在1150℃、纯氧氛围的氧化管中完全燃烧产生CO2[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]、H2[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]O、NOx[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]、SO2[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]、SO3[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]等气体，随后该混合气在还原管（850℃、还原铜）中进一步还原为CO2[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]、H2[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]O、N2[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]、SO2[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]等气体经过吸附-解吸柱分离后通过色谱柱进行分离后热导检测，得到C、H、N、S元素含量。该测试是绝对定量的，很准确，随后通过作差法求出O元素的比例。
[color=rgba(0, 0, 0, 0.75)]

但该测试得到的是质量分数，之前有人告诉我是摩尔分数，我就一直按摩尔分数在考虑建模，所以出现了偏差，查文献后并且问表征实验的公司后确定是质量分数。

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