计算化学公社

标题: 同时运行两个CP2K程序的计算速度问题 [打印本页]

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Author: SpongeBob 时间: 2021-12-16 21:52
标题: 同时运行两个CP2K程序的计算速度问题
本人用CP2K8.2计算，服务器共有52个核，命令为mpirun -np 16 cp2k.popt 0.inp | tee 0.out。当我同时运行两个命令的时候，可以发现的确调用了32个线程，但是每个程序的计算速度却也下降了大概一半。请问有什么比较好的处理方式吗？

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Author: Aridea 时间: 2021-12-16 22:52
52核是双路各6核总共104线程吧，我这边用的openmpi，psmp也有两个任务降速的问题，cpu核心绑定也不太管用，不知啥情况
有大佬用intelmpi或者队列管理多任务是怎样的？

作者
Author: 丁越 时间: 2021-12-17 09:03
本帖最后由丁越于 2021-12-17 09:08 编辑

Aridea 发表于 2021-12-16 22:52
52核是双路各6核总共104线程吧，我这边用的openmpi，psmp也有两个任务降速的问题，cpu核心绑定也不太管用， ...

也不至于降一半吧。反正我用的时候跑多个任务是会慢一点，但是没有这么夸张。另外为啥不用popt呢？
我看到在跑MD任务的时候发现你要是把任务的核数不设置为n^2数，就会有个警告说不这样设置有可能会导致性能损失，不知道这是什么缘故。

作者
Author: Aridea 时间: 2021-12-17 09:29

丁越发表于 2021-12-17 09:03
也不至于降一半吧。反正我用的时候跑多个任务是会慢一点，但是没有这么夸张。另外为啥不用popt呢？
我看 ...

之所以用psmp是之前测试过openmpi编译的cp2k 7.1-8.1的psmp比popt快一点（超线程里OMP_XXX_XXX=2,快多少不同机子会有差异）
这个n^2核数要求的确实没验证过不知道影响显著不

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-17 12:42
先尝试绑定
通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时
http://sobereva.com/553（http://bbs.keinsci.com/thread-17751-1-1.html）

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-12-18 15:08
本帖最后由 SpongeBob 于 2021-12-18 17:29 编辑

sobereva 发表于 2021-12-17 12:42
先尝试绑定
通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时
http://sobereva.com/553（http://bbs.keins ...

老师你好，我尝试使用rankfile来绑定内核，但是遇到了一些问题，我的rankfile如下，运行命令mpirun -np 8 -rf CPU1.txt cp2k.popt 0.inp，但是报错，似乎是rankfile格式问题，但是我并没有找到问题所在 (, 下载次数 Times of downloads: 15)
我使用--cpu-list 0,1,2,3,4,5,6,7命令已经实现了想要的效果。
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: abin 时间: 2021-12-18 18:33
使用队列管理器，比如slurm，
自动绑定。
你只需 srun 或者 mpirun 即可，不用理会其他事情。

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Author: SpongeBob 时间: 2021-12-19 11:45

abin 发表于 2021-12-18 18:33
使用队列管理器，比如slurm，
自动绑定。
你只需 srun 或者 mpirun 即可，不用理会其他事情。

好的我尝试一下，十分感谢

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