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标题: 分子动力学模拟密度与实验值相差较大怎么办？ [打印本页]

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2021-12-17 13:47
标题: 分子动力学模拟密度与实验值相差较大怎么办？
本帖最后由 yaoyuan0711 于 2021-12-17 14:05 编辑

各位老师好！我想用GMX模拟酮连氮分子的性质（该分子的各种物性数据几乎没有），用packmol搭建了10*10*10nm的盒子，放了2000个分子，top文件是经过acpype产生的，经过能量极小化-预平衡步骤，最后在100ns下计算产生相的性质，其中密度为854kg/cm3，而实验值为930kg/m3，误差大概8%，这个误差感觉太大了，应该怎么处理比较合适？另外这样会不会对计算其他性质（比如蒸发焓，粘度等）有很大影响？
初始结构： (, 下载次数 Times of downloads: 33)
产生相： (, 下载次数 Times of downloads: 31)

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作者
Author: fhh2626 时间: 2021-12-17 15:22
这个误差并不算大，首先这并不是常见的小分子，广义小分子力场中很可能并不会过多考虑这种类型小分子的性质，另外你如果是直接生成的默认力场的话，力场的质量恐怕也一般（GAFF1+AM1-BCC?），如果要用GAFF的话，起码要GAFF2+RESP才说得过去，用CGENFF的话倒是有可能不用拟合电荷（如果惩罚值较低的话）

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2021-12-17 15:27

fhh2626 发表于 2021-12-17 15:22
这个误差并不算大，首先这并不是常见的小分子，广义小分子力场中很可能并不会过多考虑这种类型小分子的性质 ...

因为缺少各种物性，主要是想通过计算尽可能算准这些分子的性质，用的是GAFF + RESP2电荷。

论坛里面有人说packmol构建模型后，要先NVT高温退火（1000K），消除结构的不合理性。不知道我现在这种做法对不对？有没有必要高温退火呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-12-17 15:33

yaoyuan0711 发表于 2021-12-17 15:27
因为缺少各种物性，主要是想通过计算尽可能算准这些分子的性质，用的是GAFF + RESP2电荷。

论坛里面有 ...

那可能这个力场就是这样了，你可以试试别的力场（CGENFF，OPLS-AA）

对于粘性大的液体有可能退火会有用

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2021-12-17 15:39

fhh2626 发表于 2021-12-17 15:33
那可能这个力场就是这样了，你可以试试别的力场（CGENFF，OPLS-AA）

对于粘性大的液体有可能退火会有 ...

好的，谢谢您了

作者
Author: get-it 时间: 2021-12-17 21:32
用PBE/LDA算液态铜在熔点处的密度，和实验相比也有5%的误差。8%不算大吧。
当然，金属和分子差别很大，仅供参考。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-18 22:24
有机分子液体的密度通常来说属于相对容易模拟准的量，密度都能差这么多，其它很多属性可能明显离谱
如前面说的，先尝试其它力场。实在不行就只能考虑针对当前分子自己优化力场参数了。

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-1-26 13:55

sobereva 发表于 2021-12-18 22:24
有机分子液体的密度通常来说属于相对容易模拟准的量，密度都能差这么多，其它很多属性可能明显离谱
如前面 ...

再问一下sob老师，还是我这个体系，我换成了OPLS-AA力场（top文件是LigParGen产生的），输入文件还是按照您在培训班讲的，模拟了100ns，密度从970缓慢增加到1000kg/m3，能量也是在缓慢下降，这样正常吗？100ns还不足以平衡？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-5 05:18

yaoyuan0711 发表于 2022-1-26 13:55
再问一下sob老师，还是我这个体系，我换成了OPLS-AA力场（top文件是LigParGen产生的），输入文件还是按照 ...

跟你的压浴设置有关
一般来说设置得当的话，100ns怎么也平衡了

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-2-7 16:30

sobereva 发表于 2022-2-5 05:18
跟你的压浴设置有关
一般来说设置得当的话，100ns怎么也平衡了

平衡相的压力设置：
Pcoupl = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5

产生相的压力设置：
Pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5

另外产生相中(100ns)压力平均值是0.268 bar，RMSD值245.136 bar，这样有没有问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-8 01:18

yaoyuan0711 发表于 2022-2-7 16:30
平衡相的压力设置：
Pcoupl = Berendsen
pcoupltype = isotropic

可能平衡相还没真正达到平衡
用Berendsen一直跑，直到观看密度曲线真的平衡了再切换成PR压浴

作者
Author: 1355447622 时间: 2023-9-21 09:15

sobereva 发表于 2021-12-18 22:24
有机分子液体的密度通常来说属于相对容易模拟准的量，密度都能差这么多，其它很多属性可能明显离谱
如前面 ...

sob老师，对于常见有机液体，密度差异在2%左右属于合理范围吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-22 02:47

1355447622 发表于 2023-9-21 09:15
sob老师，对于常见有机液体，密度差异在2%左右属于合理范围吗？

还可以

作者
Author: davi 时间: 2024-3-15 13:48
老师，您好。我npt的目标压力是一个大气压，跑完的压力，密度vs时间图是下面这样，参考密度是0.61925g/cm*3，我平均密度是0.6324g/cm*3。是否合理呢，我还需要继续平衡吗?感觉压力平均如何怎么也跑不到一个大气压的平均值啊

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