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标题: 新手求助：pH REMD的做法 [打印本页]

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Author: wangxm 时间: 2021-12-17 15:37
标题: 新手求助：pH REMD的做法
请教各位老师：
   本人最近在做恒定pH的副本交换分子动力学模拟，但对其中一些问题仍存在疑惑：
   1.在做REMD之前的恒压平衡是指做经典的MD呢，还是做恒定pH的CpHMD呢？
   2.我先按照正常流程在pH为7.5时计算了恒定pH的CpHMD，然后取其prmtop文件和inpcrd文件，以及cpin（共滴定13个残基）文件，继续进行pH REMD模拟,需要的mdin.ref文件及groupfile.ref文件如下：
      但是在运行过程中，mdinfo文件大小始终为0，是为什么？运行过程中最影响耗时的是什么因素，与滴定的残基个数有关吗？

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