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标题: 求助扩散系数模拟的准确性问题 [打印本页]

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Author: fwan1006 时间: 2021-12-17 17:13
标题: 求助扩散系数模拟的准确性问题
各位老师好，我之前用gromacs模拟了很多直链烷烃混合物体系，现在我能直接从其中3ns的NPT过程中提取体系的扩散系数吗？

模拟过程中MSD-t曲线基本上是下面这个形状，我取的是900-2100ps的区间拟合扩散系数，出来的结果普遍的要比相同条件下的实验值高几倍，通常能和实验值保持在同一个数量级，这样的结果合理吗？还是我有哪里需要改的？我用的是OPLS-AA力场，因为我看很多扩散系数的模拟都是用MS做的，不知道我用gromacs模拟出来的这个误差是不是可以接受？
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Author: Lacrimosa 时间: 2021-12-18 12:25
先用NPT跑平衡，再换NVT算扩散系数比较好，模拟时间尽量长一点。也有很多文章里通过改变体系大小（盒子尺寸L）对D-（1/L）作图外推出扩散系数的，也可以尝试

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-18 22:28
此类体系MSD的计算用GROMACS是首选

没具体细节没法说，别人更没法告诉你怎么改进。别人都不知道你的体系建模合不合理、用的什么参数、模拟用的什么设置。以如今的计算条件，MD完全可以跑得更长。如上面所述，建议盒子平衡后改为NVT

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-12-20 20:57

Lacrimosa 发表于 2021-12-18 12:25
先用NPT跑平衡，再换NVT算扩散系数比较好，模拟时间尽量长一点。也有很多文章里通过改变体系大小（盒子尺寸 ...

谢谢您，我做了3ns的NVT模拟，它在整个模拟过程中都呈现比较良好的了线性，这个模拟时间上应该足够了吧？但是模拟结果相比于实验值还是有一定的差距。我想再请问一下这和我用的控温器关系大吗？我用的是V-rescal，是不是该改用nose-hoover呢？

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-12-20 20:59

sobereva 发表于 2021-12-18 22:28
此类体系MSD的计算用GROMACS是首选

没具体细节没法说，别人更没法告诉你怎么改进。别人都不知道你的体系 ...

谢谢老师！想再问一下，模拟扩散系数选什么控温器有说法吗？我现在用v-rescal做NVT模拟，出来的结果和实验值还是有一定差距，是不是该用nose-hoover呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-20 21:22

fwan1006 发表于 2021-12-20 20:59
谢谢老师！想再问一下，模拟扩散系数选什么控温器有说法吗？我现在用v-rescal做NVT模拟，出来的结果和 ...

总是使用V-rescale就完了

不要指望NH会有更好结果。误差从别的地方考虑

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Author: fwan1006 时间: 2022-1-2 11:01

sobereva 发表于 2021-12-20 21:22
总是使用V-rescale就完了

不要指望NH会有更好结果。误差从别的地方考虑

老师您好，我还想请教一些问题：
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用gmx msd计算扩散系数的时候，我针对混合物体系做，根据爱因斯坦公式计算的话，体系总体的扩散系数应该等于各个物质扩散系数按分子数的加权平均，就是说选0计算得到的扩散系数应该等于选2和3计算得到的扩散系数的加权平均，但是实际结果只能说是大致相等，存在一定的误差，这正常吗？

另外一个问题是，一些文献中有报导混合物体系的互扩散系数，比如说D7-10，这是否对应于我选2的计算结果呢？

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