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标题: 采用polyrate的VRC-VTST方法计算CF2+CF2=C2F4无能垒反应速率出现infinity结果的问题 [打印本页]

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-17 19:51
标题: 采用polyrate的VRC-VTST方法计算CF2+CF2=C2F4无能垒反应速率出现infinity结果的问题
本人现在想用polyrate的VRC-VTST方法计算无能垒反应速率，计算之前想先对经典文献中（Barrierless association of CF 2 and dissociation of C2F4 by variational transition-state theory and system-specific quantum Rice–Ramsperger–Kassel theory）的结果进行复现，然而结果与文献完全对应不上，计算结果（.fu15文件）输出如下：
The following are VRC-VTST calculation results.

Summary of forward rate constants (cm**3 molecule-1 s-1) :

T(K)       CVT    muVT(E) muVT(E,J)
298.00    Infinity  1.69E+06  1.67E+02
350.00    Infinity  9.65E+05  9.53E+01
400.00    Infinity  6.04E+05  5.97E+01
600.00    Infinity  1.46E+05  1.44E+01
800.00    Infinity  5.34E+04  5.28E+00
900.00    Infinity  3.54E+04  3.49E+00
  1000.00    Infinity  2.45E+04  2.42E+00
而文献结果数量级为1e-13。请问什么原因造成？

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-17 19:52
这一楼我把输入文件（.dat）贴出（驻点距离选为0.23A）：
*General

  TITLE
  CH3 + CH3 --> C2H6
  Test of VRC-VTST for barrierless association reaction
  END

  ATOMS
1 C
2 C
3 F
4 F
5 F
6 F
  END

  VRC

  VRCOPT
NMC  400
JMAX 200
JSTEP 2
  END

*SECOND

  HESSCAL  ghook
  NUMTYPE  quadratic

*REACT1

  INITGEO GEOM

  STATUS 2

  GEOM
1          -0.31189700 -0.58188500 0.00000000
3          0.31189700 -1.73608800 0.00000000
4          -1.61863100 -0.70070100 0.00000000
  END

  PIVOT
1          -0.41356563 -0.78819421 0.00000059
2          -0.21022837 -0.37557579 -0.00000059
  END

  SPECIES NONLINRP

  ELEC
1 0.0
  END

*REACT2

  INITGEO GEOM

  STATUS 2

  GEOM
2          -0.31189700 -0.58188500 0.00000000
5          0.31189700 -1.73608800 0.00000000
6          -1.61863100 -0.70070100 0.00000000
  END

  PIVOT
1          -0.41356563 -0.78819421 0.00000059
2          -0.21022837 -0.37557579 -0.00000059
  END

  SPECIES NONLINRP

  ELEC
1 0.0
  END

*PROD1

  INITGEO  GEOM

  STATUS 2

  GEOM
1    0.31189700 0.58188500 0.00000000
2    -0.31189700 -0.58188500 0.00000000
3    0.31189700 -1.73608800 0.00000000
4    -1.61863100 -0.70070100 0.00000000
5    -0.31189700 1.73608800 0.00000000
6    1.61863100 0.70070100 0.00000000
  END

  SPECIES  NONLINRP

*START

  ELEC
1 0.0
  END

*PATH

SVRC
  1.4 6.0 0.1
END

*RATE

  SIGMAF  0.5

  TEMP
298.
350.
400.
600.
800.
900.
1000.
  END

作者
Author: dantevinsky 时间: 2021-12-20 14:49
这个可能的错误有很多吧，至少得把fu6附上来。
还有，polyrate里面的VRC-VTST计算一定要注意一下intel compiler与OpenMPI版本。要不然结果可能有问题

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-20 20:34

dantevinsky 发表于 2021-12-20 14:49
这个可能的错误有很多吧，至少得把fu6附上来。
还有，polyrate里面的VRC-VTST计算一定要注意一下intel com ...

感谢您的回复，这个是我的fu6文件，麻烦您帮我查看一下，我大概看了一下，是最后的Free Energy using CVT计算出来的结果是infinity，具体什么原因我依旧不明白

另外，我用的并行编译器是mpich-4.0，不知道这个编译器是否会对结果造成影响？

作者
Author: dantevinsky 时间: 2021-12-21 09:09
注意你的反应能部分，这个反应能明显不对，反应物同产物之间的能量差太大了。
建议：
1. 不知道你有没有跑过dir testrun下的ch3案例，你可以试试能否重复出结果；
2. 强烈建议你采用polyrate manual中建议的compiler；

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-21 09:45

dantevinsky 发表于 2021-12-21 09:09
注意你的反应能部分，这个反应能明显不对，反应物同产物之间的能量差太大了。
建议：
1. 不知道你有没有 ...

1.我尝试跑过ch3测试算例，结果可以跟testo里面的结果对应上。
2.我全文搜索了“compiler”，没看到polyrate manual建议的compiler是哪个版本，请问一下您用的是哪个版本？
3.我目前只安装了polyrate，并未安装gaussian，会不会是这个原因造成polyrate求解能量出错？

作者
Author: dantevinsky 时间: 2021-12-21 10:57

594yy 发表于 2021-12-21 09:45
1.我尝试跑过ch3测试算例，结果可以跟testo里面的结果对应上。
2.我全文搜索了“compiler”，没看到poly ...

3. 啊，那这大概率是原因，测试算例的成功是因为polyrate文件夹内附加了对应CH3的势能面。建议你安装Gaussian与Gaussrate。

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-21 11:00

dantevinsky 发表于 2021-12-21 10:57
3. 啊，那这大概率是原因，测试算例的成功是因为polyrate文件夹内附加了对应CH3的势能面。建议你安装Gaus ...

十分感谢解答，我安装Gaussian和Gaussrate试试。

作者
Author: 594yy 时间: 2021-12-21 16:39

dantevinsky 发表于 2021-12-21 10:57
3. 啊，那这大概率是原因，测试算例的成功是因为polyrate文件夹内附加了对应CH3的势能面。建议你安装Gaus ...

很抱歉又来打扰您了。我现在安装好了Gaussian，路径在“/home/west/g09”;也安装好了Gaussrate，我看Gaussrate教程上说要在shuttle文件上设置“set gausspath=/usr/local/g03/g03.d01/g03”, 我按照这个方法设置了自己的高斯路径为：set gausspath=/home/west/g09，可是运行测试算例时候仍然报错（.fu6里面写着：Error searching Gaussian checkpoint file for energy），应该是我路径没有设置对，请问您当时安装Gaussrate是如何设置路径的呢？附件是我测试c2h6算例的.fu6输出结果。

作者
Author: dantevinsky 时间: 2021-12-21 20:06

594yy 发表于 2021-12-21 16:39
很抱歉又来打扰您了。我现在安装好了Gaussian，路径在“/home/west/g09”;也安装好了Gaussrate，我看Gaus ...

你的文件夹下面应该有中间计算的gaussian文件吧，看看他们。我个人在这里的fu6文件中看不出来更多的信息

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2022-4-18 21:53
老师你好，我也在用polyrate，遇到很多问题，方便加个QQ请教吗？

作者
Author: 594yy 时间: 2022-5-2 10:52

小西瓜123 发表于 2022-4-18 21:53
老师你好，我也在用polyrate，遇到很多问题，方便加个QQ请教吗？

欢迎交流，1067222013

作者
Author: bxpu 时间: 2022-8-31 15:14
本帖最后由 bxpu 于 2022-8-31 15:15 编辑

dantevinsky 发表于 2021-12-20 14:49
这个可能的错误有很多吧，至少得把fu6附上来。
还有，polyrate里面的VRC-VTST计算一定要注意一下intel com ...

老师，您好！目前我在安装polyrate中的VRC-VTST后运行时出现问题，我想问一下怎么看intel compiler与OpenMPI版本是对的呢？我在安装时出现了“....did not find Intel Fortran compiler - ifort”和"....did not find Intel C compiler"如图所示，是不是由于服务器上缺少啥才导致安装失败的呢？C:\Users\PBX\Desktop

作者
Author: dantevinsky 时间: 2022-9-1 09:25

bxpu 发表于 2022-8-31 15:14
老师，您好！目前我在安装polyrate中的VRC-VTST后运行时出现问题，我想问一下怎么看intel compiler与Open ...

你这个机子环境变量中没有intel编译器，你看看是不是没有load相关模块，或者是没有安装相关编译器。
尽量选择intel的编译器安装VRC-VTST；mpi编译器推荐选择openmpi，安装时也采用与安装VRC-VTST一致版本的intel编译器。

作者
Author: bxpu 时间: 2022-9-1 11:15

dantevinsky 发表于 2022-9-1 09:25
你这个机子环境变量中没有intel编译器，你看看是不是没有load相关模块，或者是没有安装相关编译器。
尽 ...

老师，我问了一下管理服务器的师兄，服务器上的确没有intel编译器，师兄说，如果安装tintel编译器会影响其他软件的运行，不建议安装。同时我想问一下在服务器里可以同时安装RP版和VRC版吗？我在另一个文件里安装VRC版，结果VRC版安装问题还没解决，我原先装的RP版也运行不了了。

作者
Author: dantevinsky 时间: 2022-9-1 15:32

bxpu 发表于 2022-9-1 11:15
老师，我问了一下管理服务器的师兄，服务器上的确没有intel编译器，师兄说，如果安装tintel编译器会影响 ...

可以同时安装啊，没问题的。只要是在不同文件夹下分开安装的，就没有问题。
你看看是不是主目录下的.poly_path被再次安装时覆盖了，修改一下就行。

作者
Author: Hamilton1758 时间: 2024-3-5 13:38

594yy 发表于 2021-12-17 19:52
这一楼我把输入文件（.dat）贴出（驻点距离选为0.23A）：
*General

status=2 里面没有计算能量。polyrate中有已计算好的势能面文件，需要用gaussian来计算势能面

作者
Author: Hamilton1758 时间: 2024-3-6 12:49

bxpu 发表于 2022-8-31 15:14
老师，您好！目前我在安装polyrate中的VRC-VTST后运行时出现问题，我想问一下怎么看intel compiler与Open ...

没有intel c compiler, ifort也没有安装

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