计算化学公社

标题: 公社群聊Q&A整理：2016.02.09 10 ~ 2016.02.15 12 [打印本页]
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2016-2-15 14:54
标题: 公社群聊Q&A整理：2016.02.09 10 ~ 2016.02.15 12
相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html


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大过年的记录不多

  1. 2016.02.09 10:21:07
  2. Q:
  3.     --------Markdown Markdown--------

  5. A:
  6.     --------Markdown Markdown--------
  7.      aux文件里有这样的信息
  8.     例如
  9.     [图片]

  11. ----------------------------------------------------
  12. 2016.02.09 10:21:29
  13. Q:
  14.     请教各位老师 [图片]这上面的每个频率对应的一个对称性，它们与轨道对称性[图片]有关联么？体现在那里呢

  16. A:
  17.      前面是振动模式的对称性，后面是轨道对称性，没直接联系

  19. ----------------------------------------------------
  20. 2016.02.10 11:23:49
  21. Q:
  22.     [图片]
  23.     [图片]
  24.     请问这样做势能面二面角扫描怎么错了呀？

  26. A:
  27.     scan后别甭写z-matrix

  29. Q:
  30.     不写也是报错

  32. A:
  33.     贴报错提示

  35. Q:
  36.     [图片] 我是谁 分享文件 19:42:38
  37.     "yiwan.gjf" 下载
  38.     [图片] 我是谁 分享文件 19:42:39
  39.     "yiwan.chk" 下载
  40.     [图片] 我是谁 分享文件 19:42:39
  41.     "yiwan.out" 下载
  42.     sob老师，不好意思，刚回来，这是出错的输入输出和chk文件

  44. A:
  45.     体系初始结构不合理，氢原子都叠一块去了
  46.     [图片]
  47.     提示很清楚
  48.     [图片]
  49.     貌似你要扫描乙烷旋转势垒，看这个例子
  50.     [图片]
  51.         
  52. Q:
  53.     谢谢sob老师，我大概明白了。不过如果对于像下面的较复杂分子要做侧链的二面角扫描，3,4,14,17二面角扫描，总是会出现侧链上其它原子灰不动的情况，在定义结构的时候有什么技巧呢？

  55. A:
  56.     用柔性扫描就行了，都会跟着动
  57.         
  58. ----------------------------------------------------
  59. 2016.02.10 21:04:16
  60. Q:
  61.      论坛上的Google搜索框的镜像不能用了，建议换一个，比如 https://opennet.xyz/
  62.         
  63. A:
  64.      之前都换过N多个了，都是过一阵就没法用，感觉好麻烦
  65.          
  66. Q:
  67.     [表情]同，最近墙越来越烦了
  68.     自己组内有个类似的小工具，也是成天换
  69.          
  70. A:
  71.      刚试了一下，原先的还能用
  72.          
  73. Q:
  74.     [表情]可能我自己网络不稳定，sorry
  75.     我这里试的是能进google，不过不是站内搜索

  77. A:
  78.     之后再点一次搜索就行了

  80. Q:
  81.     不会自动添加site:bbs.keinsci.com吗

  83. A:
  84.     会啊

  86. ----------------------------------------------------
  87. 2016.02.10 21:39:54
  88. Q:
  89.     如果想要比较激发态和基态的能量梯度，激发态用tddft，基态用dft，在方法上会不会不自洽，有什么更好的办法吗

  91. A:
  92.     没有问题
  93.     没有更好的做法

  95. ----------------------------------------------------
  96. 2016.02.10 23:36:24
  97. Q:
  98.     请问，高斯D01版中，amber力场是哪个版本呀？

  100. A:
  101.     96

  103. ----------------------------------------------------
  104. 2016.02.11 18:53:54
  105. Q:
  106.     老师们 我想问下 在用mp2方法算的时候 选择全电子计算和不选 有什么区别
  107.     [图片]
  108.     就是这个左下角 有个include all electrons

  110. A:
  111.     [图片]
  112.     选了就是不用冻核近似

  114. ----------------------------------------------------
  115. 2016.02.11 19:06:38
  116. Q:
  117.     分子振动是指分子内原子间进行的周期性来回运动，而不包含分子的移动和转动，移动是啥样的？有没有案例啥的[表情]

  119. A:
  120.     不是移动，而是平动

  122. Q:
  123.     [图片]在请教一下哈，这三个最低的振动频率是怎么规定的？他好像不是这个分子的最低的三个振动频率对吧
  124.     对的哈，数值确实很像

  126. A:
  127.     [图片]
  128.     [图片]
  129.         
  130. Q:
  131.     [图片]
  132.     这图里的
  133.     5列输出和三列有不同吗
  134.     请教一下  老师，Gaussian 输出文件的振动频率列表里，给出的约化质量是振动摸对应的原子们的约化质量吧？比如 OH 伸缩，对应的是 O，H 两个原子的约化质量，  H-O-H 弯曲对应的是 H，O，H 三个原子的约化质量。这样理解对吗？

  136. A:
  137.     不是，公式在官方文档Vibrational Analysis in Gaussian里面有

  139. Q:
  140.     http://www.gaussian.com/g_whitepap/vib.htm
  141.     刚好在看[表情]
  142.     gaussian的log里输出的 Force constants in Cartesian coordinates是没有经过mass weight的吧？

  144. A:
  145.      没经过质权
  146.          
  147. ----------------------------------------------------
  148. 2016.02.11 19:06:38
  149. Q:
  150.     老师，分子光谱的谱宽会受哪些方面的影响，比如分子自身的性质，溶液等等，老师有没有这方面的资料介绍

  152. A:
  153.     赖文的分子光谱的书里有讨论

  155. ----------------------------------------------------
  156. 2016.02.11 20:23:05
  157. Q:
  158.      请教大神，g03优化好的结构，用g09计算不收敛，out显示程序把电子态认错了，但是我根据out调了，计算在1401就出错。我不知道是不是调错了（因为我在超算上算的，out文件里输出的文件内容都是输出多遍，不太好看，关于这点，您能有办法吗？我就是按照您课件上的环境变量设置的），请问您我该怎么办，我想到的办法就是用g03算，但是现在一直找不到安装包，我在论坛里也没有找到。

  160. A:
  161.      论坛里那个g09的帖子里的地址里就有g03
  162.     就是量化版的资源分享区里粗体字显示的那个帖子

  164. ----------------------------------------------------
  165. 2016.02.11 20:28:58
  166. Q:
  167.      那在计算时，输出文件重复输出，这个有办法解决吗？例如用8个cpu算，就会重复输出八遍

  169. A:
  170.     应该是超算上运算环境设定有问题，这种输出大抵是同时跑了8个Gaussian进程

  172. ----------------------------------------------------
  173. 2016.02.11 21:59:59
  174. Q:
  175.     请教一个关于基组的问题，[图片]这里说DZP++基组是double zeta for carbon and Oxygen, (那么就是说2*(2s1p)=4s2p)接着说极化基组1p for 氢原子，5d for carbon and oxygen。最后说弥散基组是2s2p fo rCarbon and oxygen，1p for 氢原子。最终相加的话，carbon and oxygen是6s4p5d，氢原子是3s1p.
  176.     显然跟文章的不一样，我的理解肯定有问题。。。
  177.     第二点就是为何[图片]中间还有一个/   ?

  179. A:
  180.     /前是收缩前，/后是收缩后

  182. Q:
  183.     sob,/前是STO吗？/后是GTO吗？

  185. A:
  186.     否
  187.    
  188.     是primitive GTF收缩成contracted GTF

  190. Q:
  191.     好！非常感谢SOB，我在想想
  192.     sob,double zeta for Hydorgen is 2*(1s)=2s??

  194. A:
  195.     说明有2个s型的收缩型高斯函数，具体有多少primitive GTF就看基组具体情况了

  197. Q:
  198.     恩，那么6-311++G(d,p)应该就是3s2p2d???这是CGTF，我的理解对吗？sob

  200. A:
  201.     你算的氢？

  203. Q:
  204.     ethanol，CH3CH2OH，，，别人用这个基组做了计算，另外一个人用DZP++基组，都是同样的MP2 theory，我有点困惑不清楚那个基组是大的，，，

  206. A:
  207.     先得明确是对什么元素而言的
  208.     同样的基组对不同的元素用的各类GTF数目明显不一样

  210. Q:
  211.     我导师的意思是说6-311++G(d,p)比DZP++大

  213. A:
  214.     显然比DZP++之流大

  216. Q:
  217.     那还是我弄错了，，，我一直以为dunning系列的基组都比people系列的大，囧

  219. A:
  220.     DZP是老掉牙的如今非主流的基组，不要用它
  221.     这和dunning后来发展的相关一致性系列完全不是一码事

  223. Q:
  224.      如何判断6-311 是 triple-zeta？我有点迷，，，

  226. A:
  227.     读读群共享里基组入门资料小合集就明白了

  229. Q:
  230.     6-311 是 triple-zeta
  231.     DZP 是 double-zeta
  232.     没错吧？

  234. A:
  235.     y

  237. ----------------------------------------------------
  238. 2016.02.11 23:41:31


  241. ----------------------------------------------------
  242. 2016.02.11 23:49:32
  243. Q:
  244.     SOB，the correlation of entropy and high frequency vibration modes is harmonic approximation? while with low frequency modes is arharmonic?
  245.     另外一个问题，关于entropy的，高斯用Harmonic apprixmation 计算S，在high freq. 区域harmonic 表现很好。但在low freq 区域不准确。所以在我们计算gibbs free energy的时候就干掉了这些low freq的S.这些low freq对应是一个hinder rotation
  246.     谢谢SOB，我去看看

  248. A:
  249.      意义不明。
  250.     高频模式非谐振特征弱（除非是体系温度很高，跑到振动激发态，这会涉及到谐振势描述不好的区域）。低频模式非谐振特征强。
  251.      低频对熵的贡献比高频大得多。你用专门计算熵的频率校正因子去计算熵就完了，结果是可用的，除非是牵扯到受阻转子处理，那就另谈了。

  253. Q:
  254.     我的分子是乙醇，低频的时候对应是OH的torsion mode and CH3 rotation，，，这些应该是hinder rotation

  256. A:
  257.     [图片]

  259. Q:
  260.          二位这个讨论很有意义。我做的体系就有类似这样的想象。比如 H3N…H^+…NH3 这个体系，共享的质子具有很强的非谐性特征，Gaussian MP2/6-311++G(d,p) 计算谐振频率在  1950 cm^-1, 经过 VPT2 非谐性矫正后，频率红移到 485 cm^-1

  262. A:
  263.     高斯里直接支持受阻转子处理，写freq=hinderedrotor

  265. ----------------------------------------------------
  266. 2016.02.12 11:41:16
  267. Q:
  268.     弱弱的问下，分子朝向是个什么概念，怎么确定其朝向，是不是根据分子点群各旋转轴有关系？
  269.      看sob老师的文章，分子轨道的组成提高要确定轨道组成需要只要知道分子朝向，以前没注意过这个问题，搞不明白

  271. A:
  272.      在gview里显示笛卡尔坐标轴，或者在Multiwfn主功能0里，看分子相对于笛卡尔坐标轴的方向。基函数、原子轨道的XYZ都是根据笛卡尔坐标轴来说的
  273.    
  274. Q:
  275.     谢谢sob老师是，不是讨论轨道组成都需要把坐标 轴标出来，要考虑分子朝向原因是不是由于波函数是空间函数，所以得考虑它？

  277. A:
  278.     你单独讨论诸如px,py,pz各自的贡献的时候才需要表明分子朝向，否则谁知道你计算时分子相对于x,y,z轴朝哪个方向？

  280. ----------------------------------------------------
  281. 2016.02.12 12:14:43
  282. Q:
  283.     有点明白，过年也没出去玩玩sob老师
  284.     借问题搭讪.

  286. A:
  287.     最近群内话题太diverse了，年后要重新converge

  289. ----------------------------------------------------
  290. 2016.02.12 16:20:00
  291. Q:
  292.     谢谢，EPR怎么得到？想表征一下性质，充实分析
  293.     计算
  294.     不会实验呢
  295.     multiWFN可以算自旋密度差吧？

  297. A:
  298.     计算EPR直接用原子核处的自旋密度，不牵扯到自旋密度做差

  300. Q:
  301.     好的，谢谢  ，去学习！

  303. A:
  304.     [图片]
  305.     高斯做开壳层体系计算末尾就会输出原子核处自旋密度，就是图上的值
  306.     计算例子可参考
  307.     J. Phys. Chem. A, 101, 3174 (1997)

  309. Q:
  310.     好的，谢谢老师，马上看！[图片]
  311.      老师，请问那个截图在基础班讲义还是WFN使用？

  313. A:
  314.     看截图最上方就知道了

  316. Q:
  317.     是啊，找了半天，再好好找找[表情]

  319. A:
  320.     很多截图是后来增补的幻灯片，之前的培训班讲义上没有，下次才有

  322. Q:
  323.      哦，我说没找见，我研究那个例子去，期待下次培训班
  324.      老师，那个646.3和1594.9是什么？

  326. A:
  327.     [图片]

  329. Q:
  330.     谢谢老师，我看那篇文献去
  331.      [图片]老师，这个例子也没有吧？

  333. A:
  334.     之前提供的没有
  335.     就是算个PH4单点而已

  337. Q:
  338.      老师，算个单点，用multiwfn能化EPR谱吗？这样的[图片]

  340. A:
  341.     画不了

  343. ----------------------------------------------------
  344. 2016.02.12 18:05:31
  345. Q:
  346.     老师请问，计算光谱性质的基组选择比优化基组大一些有意义吗？我一直认为优化和性质计算应该选择同样的基组和泛函才有意义对不对？

  348. A:
  349.     有
  350.     完全不对
  351.     仅有freq和IRC必须和opt级别一致

  353. Q:
  354.     好的
  355.     谢谢老师
  356.     但是如我们需要计算振动的话，我们就必须选择和优化一致的泛函对吧？因为振动需要freq的计算

  358. A:
  359.     y

  361. Q:
  362.     谢谢老师[表情]
  363.     老师，对于发射谱的计算，我们是不是可以选择强吸收态计算，比如s1-2的f=0,s3,s4才开始有阵子强度，是不是我们计算发射谱时可以忽略s1,s2的贡献？

  365. A:
  366.     没法简单作此结论，如果没有实验谱的话

  368. Q:
  369.     也就是说，需要和实验谱进行对照，然后决定要不要考虑S1,S2的贡献？

  371. A:
  372.     恩

  374. Q:
  375.     好的，谢谢老师
  376.     老师再麻烦您一下，来个实例心里放心哈哈，老师您看像这样的结果，[图片]是不是可以不考虑s1,s2的贡献，因为如果考虑了s1,s2总的理论光谱宽度要比实验宽出很多很多，只计算S3的话我们的谱型可以和实验吻合的很好，是不是我们可以考虑只关心S3的发射？

  378. A:
  379.     恩

  381. ----------------------------------------------------
  382. 2016.02.12 19:55:12
  383. Q:
  384.     高斯模拟吸收光谱和荧光光谱用不一样的泛函，这可以吗？

  386. A:
  387.     激发态优化用不同的泛函还说得过去，但是荧光发射能和吸收能计算的泛函不一样就显得有点违和

  389. Q:
  390.     我用同样的泛函和基组，吸收光谱对得上，荧光对不上，换个泛函时，荧光对上后，吸收对不上，这种情况如何选择泛函？谢谢！

  392. A:
  393.     测试不同HF成份的泛函，找个能差不多都照顾上的

  395. ----------------------------------------------------
  396. 2016.02.12 22:11:12
  397. Q:
  398.     求FeO体系的自旋多重度怎么设置
  399.     带几个电荷？
  400.     我就是还搞不懂
  401.     看文献说一个Fe3+是五个单电子
  402.     这可能不是Fe(iii)，是Fe(V)，maybe

  404. A:
  405.     Fe基态3d6 4s2，从s走2个从d走1个电子，就是3d5，故5个单电子半满填充d
  406.     FeO+基态是六重态

  408. Q:
  409.     sob老师说的不错，其实搞死在手，就不用这么麻烦，直接2，4，6一算就知道了
  410.     等有了很多经验，就更简单，也不用先计算，就知道是几了
  411.     多谢了
  412.     那两个FeO也直接用2.4.6直接算咯？
  413.     两个，那就很复杂了，已经没有2，4，6....了
  414.     电子都是偶数了
  415.     sob老师刚才说的是奇数电子情况

  417. A:
  418.     [图片]

  420. ----------------------------------------------------
  421. 2016.02.12 23:25:19
  422. Q:
  423.     请教sob老师 Multiwfn处理体系的原子个数有上限吗？

  425. A:
  426.     无

  428. ----------------------------------------------------
  429. 2016.02.13 11:39:00
  430. Q:
  431.     “”Fe基态3d6 4s2，从s走2个，从d再走1个电子，就是3d5，故5个单电子半满填充d“”：补充：还要看配体，如果是强场配体如CO，应该是单电子数目为1；如果是弱场配体如H2O，应该为5.
  432.     讲起细节来真的是很复杂了

  434. A:
  435.      我说的是Fe3+，没考虑配体的情况

  437. ----------------------------------------------------
  438. 2016.02.13 11:39:58
  439. Q:
  440.     文献求助：现在小弟想下一篇文献，试过SCI-HUB，无法下载。是RSC的，哪位兄弟能帮我下到的，感激不尽啊！
  441.     文献名称是：Extraction of lanthanides using 1-hydroxy-6-N-octylcarboxamido-2(1H)-pyridinone as an extractant via competitive ligand complexations between aqueous and organic phases
  442.     刊名、期号为RSC Adv., 2015,5, 107054-107057

  444. A:
  445.      求sci-hub.io能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
  446.     字号不得超过12号，群规里有明确规定
  447.     零容忍
  448.     [图片]

  450. Q:
  451.     @Sob,我要申述。sci-hub.io我已经试了一整天了。跳转的页面是这样的，确实下不了。[图片]
  452.     @娃娃，一样的都跳到我刚才的页面

  454. A:
  455.      申诉无效！下不了的不可能给你扣分
  456.     [图片]

  458. ----------------------------------------------------
  459. 2016.02.13 11:41:18
  460. Q:
  461.     不指定电荷高斯好像是会on the fly的算一个…记得不太清楚，你看看g09ug

  463. A:
  464.      高斯算电荷不会on the fly，即便是QEq，也只是针对最初结构计算一次

  466. ----------------------------------------------------
  467. 2016.02.13 14:46:44
  468. Q:
  469.     QEq电荷和RESP电荷哪个好？

  471. A:
  472.      QEq计算速度快，RESP更合理但算起来麻烦，而且主要处理的是有机体系，所以前者适合作为近似、快速、粗略地获得原子电荷，但静电势重现性显著不如RESP。在群共享原子电荷方法的对比里有讨论

  474. ----------------------------------------------------
  475. 2016.02.13 18:05:30
  476. Q:
  477.     各位老师：J mol Model 期刊，投稿收费吗

  479. A:
  480.     no

  482. ----------------------------------------------------
  483. 2016.02.15 11:27:40
  484. Q:
  485.     根据《GAFF立场在Gromacs中的实现》
  486.     从leap.in脚本文件来生成小分子的amber参数文件, 我无法得到 lig.prmtop与lig.inpcrd
  487.     请问哪里出问题
  488.    
  489.     Checking 'lig'....
  490.     Checking parameters for unit 'lig'.
  491.     Checking for bond parameters.
  492.     Checking for angle parameters.
  493.     Unit is OK.
  494.     saveAmberParm: Improper number of arguments!
  495.     usage:  saveAmberParm <unit> <topologyfile> <coordfile>
  496.     Writing pdb file: lig.pdb
  497.     Quit

  499. A:
  500.      明显saveAmberParm命令用得不对

  502. Q:
  503.     antechamber -i lig.log -fi gout -o lig.mol2 -fo mol2 -c resp -rn LIG
  504.     ？
  505.     leap.in 有问题？还是antechamber 命令不对？

  507. A:
  508.     leap.in

  510. Q:
  511.     source leaprc.ff99SB
  512.     source leaprc.gaff
  513.     loadamberparams lig.frcmod
  514.     lig=loadmol2 lig.mol2
  515.     check lig
  516.     saveamberparm lig.prmtop lig.inpcrd
  517.     savepdb lig lig.pdb
  518.     quit
  519.     小瓜的指引

  521. A:
  522.     不要用脚本，先自行一步一步搞清楚用法，弄明白了再用脚本图方便
  523.     saveamberparm后面第一个参数是unit，即lig

  525. Q:
  526.     lig.frcmod文件已经生成了
  527.     改为 saveamberparm com lig.prmtop lig.inpcrd ？

  529. A:
  530.     Sobereva(190258442)  11:30:39
  531.     saveamberparm后面第一个参数是unit，即lig

  533. ----------------------------------------------------
  534. 2016.02.15 12:25:15
  535. Q:
  536.     请问关于Multiwfn引用的那个网页在哪，谁知道

  538. A:
  539.     [图片]

  541. ----------------------------------------------------
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