计算化学公社

标题: 求助: gmx蛋白-配体模拟,氨基酸配体如何处理 [打印本页]

作者
Author: casea 时间: 2021-12-17 20:48
标题: 求助: gmx蛋白-配体模拟,氨基酸配体如何处理
本帖最后由 casea 于 2021-12-19 19:33 编辑

求助各位老师：
最近在做蛋白和配体的分子模拟，配体是L-色氨酸。蛋白初始结构是从pdbbank上下载的，pdbid：3E2T。铁离子力场参数是使用12-6 LJ Nonbonded Model(ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/12_6.php)获得的
色氨酸底物是从pdb文件中保存下来，用adt加氢之后，使用acpype生成的top文件，电荷为bcc电荷。跑完分子动力学之后，发现氨基酸配体不在活性位点区域。
请问gromacs对这种配体是氨基酸的体系跑分子动力学，是否需要对氨基酸配体的相关文件进行修改？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-18 22:32
必须交代清楚细节，初始结构怎么来的、色氨酸的拓扑文件怎么来的、用的什么原子电荷，等等

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)