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标题: 求助：酶——配体结合能为正 [打印本页]

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Author: 溪临昭煌 时间: 2021-12-20 11:22
标题: 求助：酶——配体结合能为正
各位老师好，我在300K下使用CHARMM力场计算酶与底物的结合能（复合物结构为解出来的共晶），模拟时间为10ns。在模拟过程中酶与底物的相对位置非常稳定，没有构象变化，但是我使用MM/PBSA计算结合能的时候算出来的结合能为正（>0）请问各位老师
1.这是否说明结合能的计算结果有误？（构象稳定但是结合能为正）
2.较为稳定的结合方式的结合能是否一定为负？
谢谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-21 18:47
你可以跑动力学跑到100ns再看看是否依然不出来
理应结合自由能为负。为正可能是MMPBSA设置、用法上的问题，你也可以考虑改用其它方法诸如SMD、TI/FEP等方法算结合自由能。
另外值得一提的是，即便结合自由能为正，若解离自由能垒很高，照样可能MD中能结合在一起，不过这应该不是你当前的情况。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2021-12-22 09:32

sobereva 发表于 2021-12-21 18:47
你可以跑动力学跑到100ns再看看是否依然不出来
理应结合自由能为负。为正可能是MMPBSA设置、用法上的问题 ...

谢谢老师的回复。再请教老师一个问题：如果这个复合物有自发跑出来的趋势，那么按说是不是不会解出来以这种结合方式存在的晶体呢？

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-22 09:54

溪临昭煌发表于 2021-12-22 09:32
谢谢老师的回复。再请教老师一个问题：如果这个复合物有自发跑出来的趋势，那么按说是不是不会解出来以这 ...

注意配体和配体附近残基的处理，尤其是质子化状态

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-22 11:58

溪临昭煌发表于 2021-12-22 09:32
谢谢老师的回复。再请教老师一个问题：如果这个复合物有自发跑出来的趋势，那么按说是不是不会解出来以这 ...

一般来说是，但溶液下和晶体状态还是有区别的

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