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标题: 高斯计算氢转移的反应过程，优化产物总是回到反应物 [打印本页]

作者
Author: wudiazhu 时间: 2021-12-20 15:24
标题: 高斯计算氢转移的反应过程，优化产物总是回到反应物
老师们好，现在想用高斯计算一个酚羟基的H转移到铬酸氢根离子HCrO4-的O上的过程（下图中的H31到O36），但是优化产物总是会回到反应物。各种参数为：电荷及自旋多重度-1 1，使用的计算级别是：pbe1pbe/6-31++G**，Cr原子用SDD赝势，色散矫正em=gd3bj，默认的水溶剂模型IEFPCM。也有尝试过使用GDIIS算法，但不太奏效，请教一下各位老师有什么解决方法么？附件是优化的输出文件。
另外想问一下，这个过程有过渡态么，尝试过使用ts找过渡态，但都很难有唯一虚频，也尝试过做H31-O36键长的柔性扫描，但出来的scan曲线是很离奇的变化，不知道有什么办法或者经验判断这种H转移的过程是否存在过渡态？
谢谢各位老师了！

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作者
Author: fatpig 时间: 2021-12-20 17:56
你这不是生成水了么？确定H31到O36？去其他O上更合理吧。

作者
Author: wudiazhu 时间: 2021-12-20 22:32

fatpig 发表于 2021-12-20 17:56
你这不是生成水了么？确定H31到O36？去其他O上更合理吧。

对，我的目的就是让它先掉一个水，变成CrO3-，从原来的六价Cr变为五价Cr，看了一些文献也是先从掉水开始的。

作者
Author: Ferrocene 时间: 2021-12-21 08:40
你要研究的是氢转移还是质子转移？氢转移的话产物应该是开壳层单重态或者三重态。另外含氧酸根一般不会出现这种两个H挤在一个氧上的结构。

作者
Author: wudiazhu 时间: 2021-12-21 09:56

Ferrocene 发表于 2021-12-21 08:40
你要研究的是氢转移还是质子转移？氢转移的话产物应该是开壳层单重态或者三重态。另外含氧酸根一般不会出现 ...

谢谢解答！我研究的是氢转移，不知道您是怎么判断产物是开壳层单重态或三重态的？照您所说，那反应物也应该和产物一样是开壳层单重态或者三重态对吗。
另外看到文献有说HCrO4-是先掉一个水再进一步反应的过程（如下图），那比较严谨的研究方法是不是得让H跑到HCrO4-的各个O上面通过过渡态能垒判断哪种反应易于发生？
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 02:03

wudiazhu 发表于 2021-12-21 09:56
谢谢解答！我研究的是氢转移，不知道您是怎么判断产物是开壳层单重态或三重态的？照您所说，那反应物也应 ...

算一下两种状态的能量对比便知哪个是实际情况
注意看此文了解怎么算开壳层单重态
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
反应物和产物的自旋态不一定相同

作者
Author: wudiazhu 时间: 2021-12-26 22:07

sobereva 发表于 2021-12-24 02:03
算一下两种状态的能量对比便知哪个是实际情况
注意看此文了解怎么算开壳层单重态
谈谈片段组合波函数与 ...

多谢老师解答！但是现在关键是我优化产物，它的结果总是H会往回跑，又回到反应物了。不过到目前为止我都是用的闭壳层单重态计算，不知道您的意思是不是如果我用开壳层单重态或多重态计算，它的H就不会往回跑了？我现在觉得我的产物结构应该叫中间体才对，中间体再进一步掉一个H2O才变成产物。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-26 23:43

wudiazhu 发表于 2021-12-26 22:07
多谢老师解答！但是现在关键是我优化产物，它的结果总是H会往回跑，又回到反应物了。不过到目前为止我都 ...

做个波函数稳定性测试，如果闭壳层状态不稳定，当闭壳层计算毫无意义

作者
Author: wudiazhu 时间: 2021-12-27 09:14

sobereva 发表于 2021-12-26 23:43
做个波函数稳定性测试，如果闭壳层状态不稳定，当闭壳层计算毫无意义

好的，多谢老师！

作者
Author: Longshang 时间: 2023-2-19 19:41

wudiazhu 发表于 2021-12-21 09:56
谢谢解答！我研究的是氢转移，不知道您是怎么判断产物是开壳层单重态或三重态的？照您所说，那反应物也应 ...

你好，很高兴你能同意好友申请

我才刚学习高斯想优化铬酸根离子的结构，现在使用的泛函是B3LYP, 电荷和自旋度为（-2,1），Cr使用cc-PVDZ基组，其他原子使用6-31g+(d,p)，这个没啥问题吧。你是怎么设置的呢？另外就是我想请问一下你这张Cr(VI)去除路径是来自哪篇文献呢？我一直没找到，期待你的回复，谢谢啦

作者
Author: wudiazhu 时间: 2023-2-19 22:34

Longshang 发表于 2023-2-19 19:41
你好，很高兴你能同意好友申请我才刚学习高斯想优化铬酸根离子的结构，现在使用的泛函是B3LYP ...

你好，仅优化铬酸根离子的话CrO42-，不妨使用更大的泛函和基组，我当时是因为有其他分子而需要保证计算级别的一致，我设置的参数在一楼有说。
Cr(Ⅵ)去除路径是下面这篇文献里的，https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0021979721015976，希望能帮到你。

作者
Author: Longshang 时间: 2023-2-19 22:43

wudiazhu 发表于 2023-2-19 22:34
你好，仅优化铬酸根离子的话CrO42-，不妨使用更大的泛函和基组，我当时是因为有其他分子而需要保证计算级 ...

非常感谢，我会多试试的

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