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标题: 求助：多肽高温MD（分子动力学）后两个氨基酸之间出现不规则化学键 [打印本页]

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-12-21 10:44
标题: 求助：多肽高温MD（分子动力学）后两个氨基酸之间出现不规则化学键
本帖最后由 jiaxing6821 于 2021-12-21 10:45 编辑

请问各位老师，本人将一条有结构的多肽链升温至600k欲将其跑至无序状态，在进行了20nsMD后，多肽已呈现无序结构，但VMD结果显示有两个残基间出现不规则化学键，请问该如何处理呢？十分感谢您的解答！

作者
Author: 牧生 时间: 2021-12-21 13:41
99%概率是因为.top和.gro文件中，物质出现的顺序不一致造成的。

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-12-21 13:55

牧生发表于 2021-12-21 13:41
99%概率是因为.top和.gro文件中，物质出现的顺序不一致造成的。

那请问要怎么纠正这个问题呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-12-21 14:04
你在gmx grompp这一步，有没有出现了一个提示，比如这样的
Warning: atom name XXX in topol.top and XXXX.gro does not match (XXXX - XXX)
如果有这个，就用文本编辑软件打开gro文件，找到residue 378和378，看一下和.top中出现的顺序是否一致。

我以前也犯过相似的错误，参考第6楼和9楼，解决了。
http://bbs.keinsci.com/thread-24586-1-1.html

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-12-21 20:19

牧生发表于 2021-12-21 14:04
你在gmx grompp这一步，有没有出现了一个提示，比如这样的
Warning: atom name XXX in topol.top and XXXX ...

我是跑完MD模拟后出现这个情况，搭体系的时候没有出现您说的这个提示，请问是因为我的高温让蛋白的那个氨基酸跑散了吗？那我应该怎么补救呢？十分感谢您在百忙抽出时间的耐心解答！祝您冬至快乐！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 02:06

jiaxing6821 发表于 2021-12-21 20:19
我是跑完MD模拟后出现这个情况，搭体系的时候没有出现您说的这个提示，请问是因为我的高温让蛋白的那个氨 ...

不把截图发出来根本没法判断是怎么回事
仔细看模拟轨迹，判断结构是怎么变化的，什么原因导致的自然能估计出来

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-12-25 22:53

sobereva 发表于 2021-12-24 02:06
不把截图发出来根本没法判断是怎么回事
仔细看模拟轨迹，判断结构是怎么变化的，什么原因导致的自然能估 ...

Sob老师，在搭建体系时和动力学模拟后第一帧都出现了这个情况，请问影响模拟结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-26 00:00

jiaxing6821 发表于 2021-12-25 22:53
Sob老师，在搭建体系时和动力学模拟后第一帧都出现了这个情况，请问影响模拟结果吗？

看不清楚。用licorice方式显示，看看和相邻氨基酸之间的成键方式有没有问题，结构有无异常的扭曲

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-12-27 10:29
本帖最后由 jiaxing6821 于 2021-12-27 10:46 编辑

sobereva 发表于 2021-12-26 00:00
看不清楚。用licorice方式显示，看看和相邻氨基酸之间的成键方式有没有问题，结构有无异常的扭曲

Sob老师，是这样的情况

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-27 16:37

jiaxing6821 发表于 2021-12-27 10:29
Sob老师，是这样的情况

没什么问题，不用管

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-12-27 19:31

sobereva 发表于 2021-12-27 16:37
没什么问题，不用管

好的，谢谢Sob老师！

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