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标题: 研究低共融溶剂体系的氢键网络可选择的计算方法 MD？AIMD? [打印本页]

作者
Author: madhatter 时间: 2021-12-21 22:05
标题: 研究低共融溶剂体系的氢键网络可选择的计算方法 MD？AIMD?
最近在做低共熔溶剂（两种组分以氢键网格为主要结构形成的低温熔盐，类离子液体）的研究，用经典MD去讨论了金属离子溶剂壳，在看了sob老师的弱相互作用力的例子，我在思考加入一种可以跟原组分也可以形成氢键作用的组分，是否区域的氢键网格分布排列会发生变化，可以可视化氢键网格结构吗，并且讨论这种结构变化吗？如果可以，orca的AIMD？还是经典MD也可以。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-22 01:14
得说明体系具体特征，否则没法判断是否有合适的参数、体系用AIMD能否跑得动
跑完了轨迹，结构想怎么分析怎么分析

作者
Author: madhatter 时间: 2021-12-22 11:01
本帖最后由 madhatter 于 2021-12-22 21:18 编辑

sobereva 发表于 2021-12-22 01:14
得说明体系具体特征，否则没法判断是否有合适的参数、体系用AIMD能否跑得动
跑完了轨迹，结构想怎么分析怎 ...

谢谢sob老师回复。看过相关体系用aimd计算但是原子量降低了很多算的体系原子径向分布，应该可以算动，就是纠结这种方法结合实验结论的可信性。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-22 12:02

madhatter 发表于 2021-12-22 11:01
谢谢sob老师回复，例如氯化胆碱和尿素，胆碱的氢与尿素的氧形成氢键，熔点降低形成共熔体，假设通过md可 ...

普通力场就可以算，诸如GAFF
可以这么讨论

作者
Author: madhatter 时间: 2021-12-22 15:28

sobereva 发表于 2021-12-22 12:02
普通力场就可以算，诸如GAFF
可以这么讨论

谢谢sob老师，我搞一搞

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